PDB-5j5g: X-Ray Crystal Structure of Acetylcholine Binding Protein (AChBP) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j5g

タイトル

X-Ray Crystal Structure of Acetylcholine Binding Protein (AChBP) in Complex with 6-(4-methoxyphenyl)-N4,N4-bis[(pyridin-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.036 Å

データ登録者

Kaczanowska, K. / Harel, M. / Camacho Hernandez, A.G. / Taylor, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Substituted 2-Aminopyrimidines Selective for alpha 7-Nicotinic Acetylcholine Receptor Activation and Association with Acetylcholine Binding Proteins.
著者: Kaczanowska, K. / Camacho Hernandez, G.A. / Bendiks, L. / Kohs, L. / Cornejo-Bravo, J.M. / Harel, M. / Finn, M.G. / Taylor, P.

履歴

登録	2016年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j5g.cif.gz	470.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j5g.ent.gz	390.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j5g_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j5g_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	5j5g_validation.xml.gz	94.1 KB	表示
CIF形式データ	5j5g_validation.cif.gz	130.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j5fC 5j5hC 5j5iC 4qacS 4qaa 4qab S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qaa-1 5j5f-2 4qaa-2 5j5i-1 5j5f-1 4zjt-2 5j5i-2 5j5h-2 4qab-1 4zk1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

256 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.720, 125.748, 118.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / AchBP

分子量: 24859.496 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pFLAG-CMV3 / 細胞株 (発現宿主): Hek293s Gnt1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154

#2: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-6GF / 6-(4-methoxyphenyl)-N~4~,N~4~-bis[(pyridin-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine

分子量: 398.460 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂N₆O

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.26 M ammonium phosphate monobasic, 35% v/v glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月15日 / 詳細: 3 x 3 CCD array

放射

モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 154549 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 1.068 / Net I/av σ(I): 21.667 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 1146080

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.04-2.08	6.1	0.588	7236	0.887	0.252	0.642	0.712	94.2
2.08-2.11	6.8	0.561	7747	0.917	0.231	0.607	0.728	100
2.11-2.15	6.9	0.496	7689	0.936	0.202	0.536	0.739	100
2.15-2.2	7.1	0.463	7753	0.943	0.186	0.499	0.753	100
2.2-2.25	7.3	0.434	7747	0.955	0.172	0.468	0.784	100
2.25-2.3	7.5	0.403	7727	0.964	0.158	0.433	0.796	100
2.3-2.35	7.6	0.362	7678	0.971	0.141	0.388	0.793	100
2.35-2.42	7.6	0.331	7739	0.975	0.128	0.355	0.821	100
2.42-2.49	7.7	0.297	7736	0.98	0.115	0.319	0.835	100
2.49-2.57	7.7	0.277	7734	0.982	0.107	0.297	0.845	100
2.57-2.66	7.7	0.237	7754	0.986	0.092	0.255	0.868	100
2.66-2.77	7.7	0.201	7716	0.989	0.078	0.216	0.895	100
2.77-2.89	7.7	0.171	7779	0.992	0.066	0.183	0.937	100
2.89-3.05	7.7	0.135	7710	0.995	0.052	0.145	0.998	100
3.05-3.24	7.7	0.111	7767	0.996	0.043	0.119	1.07	100
3.24-3.49	7.6	0.088	7780	0.996	0.034	0.094	1.28	100
3.49-3.84	7.6	0.08	7784	0.996	0.031	0.086	1.771	100
3.84-4.39	7.5	0.072	7769	0.996	0.028	0.077	2.233	99.9
4.39-5.54	7.4	0.058	7781	0.998	0.023	0.062	1.785	100
5.54-50	7.6	0.049	7923	0.999	0.019	0.053	1.519	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.22 Å	49.54 Å
Translation	7.22 Å	49.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX	2.5.5	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QAC

4qac

解像度: 2.036→49.54 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	1996	1.29 %
R_work	0.1663	152493	-
obs	0.1669	154489	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.28 Å² / B_iso mean: 27.7174 Å² / B_iso min: 9.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.036→49.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17224	0	490	1322	19036
B_iso mean	-	-	35.07	30.77	-
残基数	-	-	-	-	2149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	25083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2811
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3259
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.407	6882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0364-2.0873	0.2391	133	0.196	10212	10345	94
2.0873-2.1437	0.2317	146	0.1781	10885	11031	100
2.1437-2.2068	0.2222	147	0.1696	10876	11023	100
2.2068-2.2781	0.2033	131	0.1671	10959	11090	100
2.2781-2.3595	0.2081	147	0.1697	10892	11039	100
2.3595-2.4539	0.2498	151	0.171	10907	11058	100
2.4539-2.5656	0.2735	132	0.1775	10925	11057	100
2.5656-2.7009	0.2258	145	0.1756	10943	11088	100
2.7009-2.8701	0.2363	144	0.1773	10908	11052	100
2.8701-3.0916	0.2033	142	0.1695	10948	11090	100
3.0916-3.4027	0.2327	140	0.171	10999	11139	100
3.4027-3.8949	0.1985	148	0.1541	10922	11070	100
3.8949-4.9065	0.1625	145	0.1418	11013	11158	100
4.9065-49.5541	0.1934	145	0.1743	11104	11249	100

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