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- PDB-5j5d: Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5d
タイトルCrystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Dap pathway / L-lysine / alpha-ketopimelic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxoheptanedioic acid / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Navratna, V. / Gopal, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Inhibition of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate synthase by alpha-ketopimelic acid and its other structural analogues
著者: Shrivastava, P. / Navratna, V. / Silla, Y. / Dewangan, R.P. / Pramanik, A. / Chaudhary, S. / Rayasam, G. / Kumar, A. / Gopal, B. / Ramachandran, S.
履歴
登録2016年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1084
ポリマ－30,8881
非ポリマー2203
水1,74797
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,43316
ポリマ－123,5534
非ポリマー88112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation7_558y,x,-z+31
crystal symmetry operation8_778-y+2,-x+2,-z+31
Buried area10450 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area37330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.780, 84.780, 83.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-541-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / Dihydrodipicolinate Synthase


分子量: 30888.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WP25, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-6GT / 2-oxoheptanedioic acid / 2-Ketopimelic acid / 2-オキソヘプタン二酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.34M tri-sodium citrate, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / 数: 83110 / Rsym value: 0.106 / D res high: 2.4 Å / D res low: 59.948 Å / Num. obs: 12296 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.5948.7810.0320.0326.3
5.377.5910.0550.0557
4.385.3710.060.067.2
3.794.3810.0690.0697.3
3.393.7910.090.097.3
3.13.3910.1250.1257.3
2.873.110.1750.1757.1
2.682.8710.2510.2516.7
2.532.6810.3180.3186.2
2.42.5310.420.425.7
反射解像度: 2.4→55 Å / Num. all: 12296 / Num. obs: 12296 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 83110
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.535.70.42197.3
7.59-556.30.032199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
MOSFLMデータ収集
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XXX

1xxx


解像度: 2.4→48.781 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 593 4.83 %RANDOM
Rwork0.1954 ---
obs0.1981 12276 98.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 13 97 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6812966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0721307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.64150.30221480.25152794X-RAY DIFFRACTION97
2.6415-3.02370.31111430.24812866X-RAY DIFFRACTION98
3.0237-3.80940.26411490.19262915X-RAY DIFFRACTION99
3.8094-48.79060.19421530.15693108X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3577-0.7098-0.28271.82230.59850.2279-0.03680.31810.2777-0.29020.0865-1.053-0.13510.7126-0.03510.6491-0.04810.33850.52890.11250.7712112.616598.0621104.6818
21.90910.4431-0.30881.8233-0.4731.4167-0.05660.89930.5298-0.8964-0.0501-0.0758-0.59160.1277-0.00070.8015-0.14520.0680.6150.28460.34191.0943102.955297.9298
32.86930.0275-0.0810.3470.4770.6632-0.01980.77570.4831-0.7315-0.0426-0.4692-0.39720.26420.05920.7279-0.34640.28930.78590.29150.3825100.7168102.317597.8196
42.32320.3394-0.5371.0830.02881.382-0.17540.7533-0.2812-0.79240.1727-0.41-0.1240.3640.10610.4976-0.08140.18980.4686-0.03950.289595.647484.3598101.6798
51.1616-1.35270.44151.8157-0.17990.6091-0.08010.93090.142-0.8804-0.1717-0.7396-0.16870.63850.18560.5895-0.09850.36320.8306-0.04170.594105.12384.944698.313
61.72360.4070.13311.1344-0.29581.0055-0.03370.4350.1867-0.3971-0.104-0.5125-0.18630.51740.11450.2844-0.13040.06510.33390.11620.346100.598994.1935114.4891
71.80330.1713-1.91480.67080.79163.4660.03770.22650.5251-0.0532-0.0257-0.4877-0.57540.4349-0.07520.557-0.2585-0.05950.34570.06190.6905103.6994112.2485121.3377
81.4260.2768-0.1971.04830.26251.3206-0.04570.4620.7304-0.4142-0.10950.055-0.6759-0.17510.11150.53920.0253-0.11130.31260.13670.426481.6092108.4162111.5069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:11)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:76)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 77:88)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 89:129)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 130:138)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 139:223)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 224:239)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 240:300)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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