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- PDB-5j4z: Architecture of tight respirasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j4z
タイトルArchitecture of tight respirasome
要素
  • (COMPLEX I B14. ...) x 2
  • (COMPLEX I SDAP/NDUFAB1) x 3
  • (COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT ...) x 12
  • (COMPLEX III SUBUNIT ...) x 7
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 5
  • COMPLEX I 13KDA/NDUFS6
  • COMPLEX I 15KDA/NDUFS5
  • COMPLEX I 18KDA/NDUFS6
  • COMPLEX I 24KDA/NDUFV2
  • COMPLEX I 30KDA/NDUFS3
  • COMPLEX I 39KDA/NDUFA9
  • COMPLEX I 42KDA/NDUFA10
  • COMPLEX I 49KDA/NDUFS2
  • COMPLEX I 51KDA/NDUFV1
  • COMPLEX I 75KDA/NDUFS1
  • COMPLEX I B13/NDUFA5
  • COMPLEX I B14/NDUFA6
  • COMPLEX I B15/NDUFB4
  • COMPLEX I B16.6/NDUFA13
  • COMPLEX I B17.2/NDUFA12
  • COMPLEX I B18/NDUFB7
  • COMPLEX I B22/NDUFB9
  • COMPLEX I B8/NDUFA2
  • COMPLEX I B9/NDUFA3
  • COMPLEX I ESSS/NDUFB11
  • COMPLEX I KFYI/NDUFC1
  • COMPLEX I MWFE/NDUFA1
  • COMPLEX I ND1
  • COMPLEX I ND2
  • COMPLEX I ND3
  • COMPLEX I ND4
  • COMPLEX I ND4L
  • COMPLEX I ND5
  • COMPLEX I ND6
  • COMPLEX I PDSW/NDUFB10
  • COMPLEX I PGIV/NDUFA8
  • COMPLEX I PSST/NDUFS7
  • COMPLEX I TYKY/NDUFS8
  • COMPLEX IV COX4
  • COMPLEX IV COX5A
  • COMPLEX IV COX5B
  • COMPLEX IV COX6B1
  • COMPLEX IV COX6C
  • COMPLEX IV COX7B
  • COMPLEX IV COX7C
  • COMPLEX IV COX8B
  • Cytochrome b
  • Cytochrome b-c1 complex subunit 6
キーワードELECTRON TRANSPORT / membrane protein complex / supercomplex / respirasome
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / : / : / : / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase ...respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / : / : / : / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / electron transport coupled proton transport / : / membrane => GO:0016020 / electron transport chain / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 ...COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / Cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 4 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Letts, J.A. / Fiedorczuk, K. / Sazanov, L.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105674180 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: The architecture of respiratory supercomplexes.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Leonid A Sazanov /
要旨: Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) ...Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) supercomplexes determined by cryo-electron microscopy. We identify two distinct arrangements of supercomplex CICIIICIV (the respirasome)-a major 'tight' form and a minor 'loose' form (resolved at the resolution of 5.8 Å and 6.7 Å, respectively), which may represent different stages in supercomplex assembly or disassembly. We have also determined an architecture of supercomplex CICIII at 7.8 Å resolution. All observed density can be attributed to the known 80 subunits of the individual complexes, including 132 transmembrane helices. The individual complexes form tight interactions that vary between the architectures, with complex IV subunit COX7a switching contact from complex III to complex I. The arrangement of active sites within the supercomplex may help control reactive oxygen species production. To our knowledge, these are the first complete architectures of the dominant, physiologically relevant state of the electron transport chain.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Derived calculations
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / entity / Item: _em_software.name / _entity.pdbx_description
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COMPLEX I ND3
B: COMPLEX I PSST/NDUFS7
C: COMPLEX I 30KDA/NDUFS3
D: COMPLEX I 49KDA/NDUFS2
E: COMPLEX I 24KDA/NDUFV2
F: COMPLEX I 51KDA/NDUFV1
G: COMPLEX I 75KDA/NDUFS1
H: COMPLEX I ND1
I: COMPLEX I TYKY/NDUFS8
J: COMPLEX I ND6
K: COMPLEX I ND4L
L: COMPLEX I ND5
M: COMPLEX I ND4
N: COMPLEX I ND2
O: COMPLEX I 18KDA/NDUFS6
P: COMPLEX I 13KDA/NDUFS6
Q: COMPLEX I 15KDA/NDUFS5
R: COMPLEX I MWFE/NDUFA1
S: COMPLEX I B8/NDUFA2
T: COMPLEX I B9/NDUFA3
U: COMPLEX I B13/NDUFA5
V: COMPLEX I B14/NDUFA6
W: COMPLEX I PGIV/NDUFA8
X: COMPLEX I 39KDA/NDUFA9
Y: COMPLEX I 42KDA/NDUFA10
Z: COMPLEX I B14.7/NDUFA11
a: COMPLEX I B17.2/NDUFA12
b: COMPLEX I B16.6/NDUFA13
c: COMPLEX I SDAP/NDUFAB1
d: COMPLEX I B8/NDUFA2
e: COMPLEX I SDAP/NDUFAB1
f: COMPLEX I SDAP/NDUFAB1
g: COMPLEX I B15/NDUFB4
h: COMPLEX I B18/NDUFB7
i: COMPLEX I B22/NDUFB9
j: COMPLEX I PDSW/NDUFB10
k: COMPLEX I ESSS/NDUFB11
0: COMPLEX I KFYI/NDUFC1
1: COMPLEX I B14.5B/NDUFC2
2: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 1
3: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 2
4: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 2
5: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 3
6: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 4
7: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 5
8: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 6
9: COMPLEX I B18/NDUFB7
z: COMPLEX I B18/NDUFB7
y: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 11
x: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 12
w: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 13
v: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 14
u: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 15
t: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 16
AA: COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1
AB: COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2
AC: Cytochrome b
AD: COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1
AE: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AF: COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA
AG: COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C
AH: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
AI: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AJ: COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA
AK: COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA
AL: COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1
AM: COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2
AN: Cytochrome b
AO: COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1
AP: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AQ: COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA
AR: COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C
AS: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
AT: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AU: COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA
AV: COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA
BN: Cytochrome c oxidase subunit 1
BO: Cytochrome c oxidase subunit 2
BC: Cytochrome c oxidase subunit 3
BD: COMPLEX IV COX4
BE: COMPLEX IV COX5A
BP: COMPLEX IV COX5B
BG: Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial
BH: COMPLEX IV COX6B1
BI: COMPLEX IV COX6C
BJ: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
BK: COMPLEX IV COX7B
BL: COMPLEX IV COX7C
BM: COMPLEX IV COX8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,285,297109
ポリマ－1,276,88989
非ポリマー8,40820
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 40種, 45分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQSdTUVWXYabcef...

#1: タンパク質 COMPLEX I ND3


分子量: 8698.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#2: タンパク質 COMPLEX I PSST/NDUFS7


分子量: 13196.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#3: タンパク質 COMPLEX I 30KDA/NDUFS3


分子量: 16528.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#4: タンパク質 COMPLEX I 49KDA/NDUFS2


分子量: 32698.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#5: タンパク質 COMPLEX I 24KDA/NDUFV2


分子量: 16174.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#6: タンパク質 COMPLEX I 51KDA/NDUFV1


分子量: 36600.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#7: タンパク質 COMPLEX I 75KDA/NDUFS1


分子量: 55757.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#8: タンパク質 COMPLEX I ND1


分子量: 25294.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#9: タンパク質 COMPLEX I TYKY/NDUFS8


分子量: 14715.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#10: タンパク質 COMPLEX I ND6


分子量: 14570.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#11: タンパク質 COMPLEX I ND4L


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#12: タンパク質 COMPLEX I ND5


分子量: 48953.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#13: タンパク質 COMPLEX I ND4


分子量: 38740.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#14: タンパク質 COMPLEX I ND2


分子量: 29379.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#15: タンパク質 COMPLEX I 18KDA/NDUFS6


分子量: 8868.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#16: タンパク質 COMPLEX I 13KDA/NDUFS6


分子量: 7251.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#17: タンパク質 COMPLEX I 15KDA/NDUFS5


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#19: タンパク質 COMPLEX I B8/NDUFA2


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#20: タンパク質 COMPLEX I B9/NDUFA3


分子量: 4528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#21: タンパク質 COMPLEX I B13/NDUFA5


分子量: 8188.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#22: タンパク質 COMPLEX I B14/NDUFA6


分子量: 9549.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#23: タンパク質 COMPLEX I PGIV/NDUFA8


分子量: 8783.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#24: タンパク質 COMPLEX I 39KDA/NDUFA9


分子量: 26315.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#25: タンパク質 COMPLEX I 42KDA/NDUFA10


分子量: 27421.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#27: タンパク質 COMPLEX I B17.2/NDUFA12


分子量: 9464.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#28: タンパク質 COMPLEX I B16.6/NDUFA13


分子量: 7847.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#29: タンパク質 COMPLEX I SDAP/NDUFAB1


分子量: 6741.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#30: タンパク質 COMPLEX I SDAP/NDUFAB1


分子量: 4698.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#31: タンパク質 COMPLEX I SDAP/NDUFAB1


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#32: タンパク質 COMPLEX I B15/NDUFB4


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#33: タンパク質 COMPLEX I B18/NDUFB7


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#34: タンパク質 COMPLEX I B22/NDUFB9


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#36: タンパク質 COMPLEX I ESSS/NDUFB11


分子量: 7081.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#53: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42684.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P24959
#58: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 6 / Mitochondrial hinge protein


分子量: 7920.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: B9VH04
#65: タンパク質 COMPLEX IV COX4


分子量: 16899.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PPE8
#66: タンパク質 COMPLEX IV COX5A


分子量: 12083.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5NXT8
#67: タンパク質 COMPLEX IV COX5B


分子量: 10670.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PW27
#69: タンパク質 COMPLEX IV COX6B1


分子量: 9411.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P4E7
#70: タンパク質 COMPLEX IV COX6C


分子量: 8466.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PXG3

-
タンパク質・ペプチド , 6種, 6分子 Rj0BKBLBM

#18: タンパク質・ペプチド COMPLEX I MWFE/NDUFA1


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#35: タンパク質・ペプチド COMPLEX I PDSW/NDUFB10


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#37: タンパク質・ペプチド COMPLEX I KFYI/NDUFC1


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#72: タンパク質・ペプチド COMPLEX IV COX7B


分子量: 5461.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5QE72
#73: タンパク質・ペプチド COMPLEX IV COX7C


分子量: 5362.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q6E1
#74: タンパク質・ペプチド COMPLEX IV COX8B


分子量: 4738.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PFK9

-
COMPLEX I B14. ... , 2種, 2分子 Z1

#26: タンパク質 COMPLEX I B14.7/NDUFA11


分子量: 10145.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#38: タンパク質・ペプチド COMPLEX I B14.5B/NDUFC2


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA

-
COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT ... , 12種, 13分子 2345678yxwvut

#39: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 1


分子量: 3252.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#40: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 2


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#41: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 3


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#42: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 4


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#43: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 5


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#44: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 6


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#45: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 11


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#46: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 12


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#47: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 13


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#48: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 14


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#49: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 15


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA
#50: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 16


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA

-
COMPLEX III SUBUNIT ... , 7種, 14分子 AAALABAMADAOAFAQAGARAJAUAKAV

#51: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1


分子量: 49652.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q5G6
#52: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2


分子量: 45189.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q0F9
#54: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q0A9
#56: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA


分子量: 12949.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P642
#57: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C


分子量: 8884.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PUP9
#60: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA


分子量: 6937.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P6B2
#61: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA


分子量: 5932.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PSD1

-
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 AEAPAIAT

#55: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / COMPLEX III SUBUNIT 5 / RIESKE ISP


分子量: 21654.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase
#59: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / COMPLEX III SUBUNIT 11 / 8KDA


分子量: 5824.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 5種, 5分子 BNBOBCBGBJ

#62: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I / COMPLEX IV COX1


分子量: 57075.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: O78749, cytochrome-c oxidase
#63: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / COMPLEX IV COX2


分子量: 26015.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: O78750
#64: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III / COMPLEX IV COX3


分子量: 29655.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: O21619
#68: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / COMPLEX IV COX6A2


分子量: 9538.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PI52
#71: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / COMPLEX IV COX7A2


分子量: 6535.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P5H0

-
非ポリマー , 6種, 20分子

#75: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#76: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#77: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#78: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#79: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#80: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1tight respirasomeCOMPLEXSupercomplex I-III2-IV#1-#760NATURAL
2Complex ICOMPLEXNADH-ubiquinone oxidoreductase#1-#521NATURAL
3Complex IIICOMPLEXcytochrom bc1 complex#53-#631NATURAL
4Complex IVCOMPLEXCytochrome c oxidase#64-#761NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.64 MDaNO
220.96 MDaNO
330.48 MDaNO
440.20 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Ovis aries (ヒツジ)9940
32Ovis aries (ヒツジ)9940
43Ovis aries (ヒツジ)9940
54Ovis aries (ヒツジ)9940
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
30.1 %DigitoninC56H92O291
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Single particles dispersed in digitonin
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted 32 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 倍率（補正後）: 81935 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1608
詳細: Images collected in movie mode with 17 frames per second
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 69 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 67650
3次元再構成解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18379 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
精密化最高解像度: 5.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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