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- PDB-5j3q: Crystal structure of S. pombe Dcp1:Edc1 mRNA decapping complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3q
タイトルCrystal structure of S. pombe Dcp1:Edc1 mRNA decapping complex
要素
  • Edc1
  • mRNA-decapping enzyme subunit 1
キーワードHYDROLASE / decapping / mRNA decay / EVH1
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / meiotic cell cycle / P-body / mRNA processing ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / meiotic cell cycle / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein C18G6.09c / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Valkov, E. / Muthukumar, S. / Chang, C.T. / Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dcp2-Dcp1 mRNA-decapping complex in the activated conformation.
著者: Valkov, E. / Muthukumar, S. / Chang, C.T. / Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: Edc1
C: mRNA-decapping enzyme subunit 1
D: Edc1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0734
ポリマ－36,0734
非ポリマー00
水2,558142
1
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: Edc1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0372
ポリマ－18,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
2
C: mRNA-decapping enzyme subunit 1
D: Edc1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0372
ポリマ－18,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.635, 70.085, 96.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 1


分子量: 15294.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dcp1, SPBC3B9.21 / プラスミド: pnEApG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質・ペプチド Edc1


分子量: 2742.089 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 155-180 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10108
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M PCB buffer (sodium propionate, sodium cacodylate and BIS-TRIS propane in a molar ratio of 2:1:2, (pH 6.0)), 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月28日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→19.54 Å / Num. obs: 24087 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J3Y, CHAIN A

5j3y


解像度: 1.87→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9552 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9425 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 1178 4.9 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2082 24032 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7854 Å20 Å20 Å2
2---4.2228 Å20 Å2
3---0.4374 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.279 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 0 142 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012372HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d813SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes62HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes341HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2372HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion307SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2733SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.95 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 151 5.24 %
Rwork0.2175 2733 -
all0.2191 2884 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.349-0.08590.19941.7280.08661.5897-0.0044-0.17870.20250.0313-0.0544-0.039-0.1366-0.04240.0588-0.1353-0.00020.00260.0011-0.0403-0.0922-16.7154-30.203914.7573
23.96632.2093-2.23571.7693-2.29111.08460.00670.25570.225-0.1561-0.0411-0.14740.03920.15170.0344-0.05120.1082-0.0186-0.0170.22060.035-13.8659-19.86882.0339
34.02480.6968-0.1331.64510.31631.7041-0.01260.0350.04780.0248-0.0201-0.0526-0.08570.04570.0326-0.12670.00270.008-0.0275-0.0173-0.0988-16.76854.9033-6.468
46.98870.5273-2.99572.7596-2.67462.65230.00990.28380.093-0.1602-0.0858-0.1435-0.03310.20760.0759-0.0337-0.04610.02450.00580.1298-0.0255-13.100118.1237-16.1719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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