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- PDB-5j28: Ki67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j28
タイトルKi67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex
要素
  • Antigen KI-67
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / PP1 gamma / RepoMan / Ki-67 / Phosphatase / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome segregation / PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of chromatin organization / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / microtubule organizing center / regulation of mitotic nuclear division ...regulation of chromosome segregation / PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of chromatin organization / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / microtubule organizing center / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / entrainment of circadian clock by photoperiod / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / cleavage furrow / blastocyst development / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of glial cell proliferation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / circadian regulation of gene expression / neuron differentiation / regulation of circadian rhythm / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / MAPK cascade / Circadian Clock / presynapse / chromosome / midbody / spermatogenesis / mitochondrial outer membrane / cell population proliferation / dendritic spine / nuclear body / nuclear speck / cell cycle / protein domain specific binding / cell division / focal adhesion / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / nucleolus / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
KI67R / KI67R (NUC007) repeat / K167/Chmadrin repeat / Protein phosphatase 1 binding domain / Protein phosphatase 1 binding / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase ...KI67R / KI67R (NUC007) repeat / K167/Chmadrin repeat / Protein phosphatase 1 binding domain / Protein phosphatase 1 binding / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / SMAD/FHA domain superfamily / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit / Proliferation marker protein Ki-67
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kumar, G.S. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098482 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01NS091336 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: The Ki-67 and RepoMan mitotic phosphatases assemble via an identical, yet novel mechanism.
著者: Kumar, G.S. / Gokhan, E. / De Munter, S. / Bollen, M. / Vagnarelli, P. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
C: Antigen KI-67
D: Antigen KI-67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6907
ポリマ－80,4634
非ポリマー2273
水4,179232
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
C: Antigen KI-67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3564
ポリマ－40,2312
非ポリマー1252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
D: Antigen KI-67
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3333
ポリマ－40,2312
非ポリマー1021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.832, 90.832, 206.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit / PP-1G / Protein phosphatase 1C catalytic subunit


分子量: 35044.363 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CC / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36873, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Antigen KI-67


分子量: 5187.017 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 496-536 / Mutation: T525M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKI67 / プラスミド: pet-M30 MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46013
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.9 M Sodium Malonate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.331 Å / Num. obs: 64993 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0861 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSNov 3, 2014データ削減
AimlessNov 3, 2014データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INB

5inb


解像度: 2→39.331 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 1998 3.08 %
Rwork0.1538 --
obs0.1593 64920 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 15 232 5381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8617156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7323160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.05020.27971420.21594470X-RAY DIFFRACTION97
2.0502-2.10570.25331410.20774500X-RAY DIFFRACTION97
2.1057-2.16760.23121420.20134501X-RAY DIFFRACTION97
2.1676-2.23760.23321440.19874465X-RAY DIFFRACTION97
2.2376-2.31750.24121410.1994479X-RAY DIFFRACTION97
2.3175-2.41030.24611430.18194464X-RAY DIFFRACTION97
2.4103-2.520.18321440.17254510X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.65280.22561460.17334481X-RAY DIFFRACTION97
2.6528-2.8190.21571450.17064495X-RAY DIFFRACTION97
2.819-3.03660.19571420.15684490X-RAY DIFFRACTION97
3.0366-3.3420.21851420.16314490X-RAY DIFFRACTION97
3.342-3.82520.18391380.14494505X-RAY DIFFRACTION97
3.8252-4.81790.11991430.12094504X-RAY DIFFRACTION97
4.8179-38.64540.20181450.13864534X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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