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- PDB-5j16: Crystal structure of Inositol monophosphate bound SaIMPase-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j16
タイトルCrystal structure of Inositol monophosphate bound SaIMPase-II
要素Inositol monophosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / inositol monophosphatase / sugar phosphatase fold / substrate bound complex / SuhB
機能・相同性
機能・相同性情報


Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Inositol monophosphatase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Inositol monophosphate bound SaIMPase-II
著者: Dutta, A. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase family protein
B: Inositol monophosphatase family protein
C: Inositol monophosphatase family protein
D: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,03116
ポリマ－125,8414
非ポリマー1,19012
水3,225179
1
A: Inositol monophosphatase family protein
D: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4348
ポリマ－62,9212
非ポリマー5136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol monophosphatase family protein
C: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5978
ポリマ－62,9212
非ポリマー6776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.942, 78.762, 80.052
Angle α, β, γ (deg.)105.460, 102.280, 109.470
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Inositol monophosphatase family protein / Inositol monophosphatase-II


分子量: 31460.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain MSSA476) (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: SAS1042 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A0A1I9GET0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-IPD / D-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE


分子量: 258.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O9P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 18-22% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→72.787 Å / Num. all: 43376 / Num. obs: 43376 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 12.4 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 172821
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.533.90.38322428461530.2220.4430.3833.493.3
2.53-2.6840.2812.82355359000.1620.3240.2814.695.3
2.68-2.8740.19642255456470.1130.2260.1966.695.8
2.87-3.140.12962094852500.0740.1480.1299.796.3
3.1-3.3940.0799.71924148200.0460.0920.07915.496.9
3.39-3.7940.04516.71771744400.0260.0520.04525.697.5
3.79-4.3840.032231563939210.0180.0370.03234.898.1
4.38-5.3640.02428.71325033180.0140.0280.02443.298.6
5.36-7.5840.02924.81028525790.0170.0330.02938.699.1
7.58-19.74640.01835.9535013480.010.0210.0186294

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.57 Å19.75 Å
Translation2.57 Å19.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T0J

3t0j


解像度: 2.4→72.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2095 / WRfactor Rwork: 0.163 / FOM work R set: 0.8254 / SU B: 8.624 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.4155 / SU Rfree: 0.2581 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 2196 5.1 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1837 41180 96.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.92 Å2 / Biso mean: 38.021 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.87 Å2-0.42 Å2-0.44 Å2
2---1.27 Å2-0.19 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→72.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7740 0 61 179 7980
Biso mean--38.38 32.68 -
残基数----1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.96110848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0633.00217002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96851010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95225.237359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.456151220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1321529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021804
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 150 -
Rwork0.248 2862 -
all-3012 -
obs--91.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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