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万見
- PDB-5j0a: Crystal structure of PDZ-binding kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j0a
タイトルCrystal structure of PDZ-binding kinase
要素(Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase) x 2
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AXY142 kinase activity / JUN kinase kinase activity / histone H3Y41 kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / stress-activated MAPK cascade / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of inflammatory response / cellular response to UV / mitotic cell cycle ...histone H2AXY142 kinase activity / JUN kinase kinase activity / histone H3Y41 kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / stress-activated MAPK cascade / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of inflammatory response / cellular response to UV / mitotic cell cycle / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TOPK, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Zou, Q.W. / Zhou, H. / Yang, X.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of an inactive dimer of PDZ-binding kinase
著者: Dong, C. / Tang, X. / Xie, Y. / Zou, Q. / Yang, X. / Zhou, H.
履歴
登録2016年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase
B: Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,24816
ポリマ－67,6312
非ポリマー1,61714
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12210 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area27550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.558, 97.905, 162.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase / Cancer/testis antigen 84 / CT84 / MAPKK-like protein kinase / Nori-3 / PDZ-binding kinase / ...Cancer/testis antigen 84 / CT84 / MAPKK-like protein kinase / Nori-3 / PDZ-binding kinase / Spermatogenesis-related protein kinase / SPK / T-LAK cell-originated protein kinase


分子量: 33629.012 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-320 / 変異: T198E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBK, TOPK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96KB5, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: タンパク質 Lymphokine-activated killer T-cell-originated protein kinase / Cancer/testis antigen 84 / CT84 / MAPKK-like protein kinase / Nori-3 / PDZ-binding kinase / ...Cancer/testis antigen 84 / CT84 / MAPKK-like protein kinase / Nori-3 / PDZ-binding kinase / Spermatogenesis-related protein kinase / SPK / T-LAK cell-originated protein kinase


分子量: 34001.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-319 / 変異: T198E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBK, TOPK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96KB5, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→32.76 Å / Num. obs: 32541 / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.74→2.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.74→32.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1070756.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1580 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 31109 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.4405 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.61 Å20 Å20 Å2
2--20.98 Å20 Å2
3----15.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→32.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2380 0 48 164 2592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 172 5.8 %
Rwork0.355 2769 -
obs--53 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION3./so4.par./so4.top
X-RAY DIFFRACTION4./coma.par./coma.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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