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万見
- PDB-5j07: Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j07
タイトルMonomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII deleted, apo form, circular permutant P1/2
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / ectopic germ cell programmed cell death / regulation of multicellular organism growth / neuronal action potential / response to axon injury / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / small GTPase binding / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, H. / Lang, L. / Logan, D. / Danielsson, J. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Tricking a Protein To Swap Strands.
著者: Wang, H. / Lang, L. / Logan, D.T. / Danielsson, J. / Oliveberg, M.
履歴
登録2016年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6352
ポリマ－22,6352
非ポリマー00
水1,53185
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3181
ポリマ－11,3181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3181
ポリマ－11,3181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 75.040, 59.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn],Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 11317.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MIB buffer pH 5.0 25 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 12893 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.618

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bcz

4bcz


解像度: 2→32.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 15.047 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.174
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2306 644 5 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1946 12221 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.04 Å2 / Biso mean: 49.806 Å2 / Biso min: 20.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20.96 Å20 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----3.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→32.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 0 85 1680
Biso mean---52.33 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0191615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.881.9442182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80133638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7555228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77125.71456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25315252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.748154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1744.119918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1694.111917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1126.1551144
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.11333197
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free49.725536
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded32.34153226
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 45 -
Rwork0.206 896 -
all-941 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1297-0.0288-0.06580.17620.08130.10550.0203-0.0301-0.0115-0.0426-0.0201-0.02280.02190.0004-0.00010.06340.0039-0.00550.03620.00770.148520.6882-18.2236-0.1497
20.56860.377-0.14510.5358-0.24580.1174-0.08070.0211-0.0923-0.0710.0427-0.06080.0228-0.01390.0380.0523-0.00260.01080.052-0.01290.161324.2713-12.6403-22.2038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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