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- PDB-5izb: Murin CXCL13 solution structure featuring a folded N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izb
タイトルMurin CXCL13 solution structure featuring a folded N-terminal domain
要素C-X-C motif chemokine 13
キーワードSIGNALING PROTEIN / Chemokine structure N-terminal domain conformational exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis across high endothelial venule / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin ...B cell chemotaxis across high endothelial venule / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / G alpha (i) signalling events / positive regulation of integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / activation of GTPase activity / chemokine activity / fibroblast growth factor binding / lymph node development / cell-cell signaling / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / receptor ligand activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Monneau, Y.R. / Lortat-Jacob, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Murin CXCL13 solution structure featuring a folded N-terminal domain
著者: Monneau, Y.R. / Luo, L. / Vives, R. / Arenzana-Seidedos, F. / Lortat-Jacob, H.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9391
ポリマ－9,9391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-X-C motif chemokine 13 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / Small-inducible cytokine B13


分子量: 9938.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cxcl13, Blc, Scyb13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: O55038
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 15N-edited NOESY
122isotropic33D 13C-edited NOESY
132isotropic33D 13C-HMQC-NOESY-13C,1H-HMQC
143isotropic43D HN(CA)CB
153isotropic43D HNCA
163isotropic43D CBCA(CO)NH
1183isotropic43D HN(CO)CA
173isotropic43D HNCO
183isotropic43D HACACO
193isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1103isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1122isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1133isotropic42D 1H-15N HSQC
1144isotropic12D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
1154isotropic22D COSYdqf
1164isotropic22D TOCSY
1172isotropic42D CBCGCDHD

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1850 uM U-[15N] CXCL13, 95% H2O/5% D2O15Nnoesy95% H2O/5% D2O
solution2280 uM U-[13C,15N] CXCL13, 100% D2O13Cnoesy100% D2O
solution3280 uM U-[13C,15N] CXCL13, 95% H2O/5% D2Oassignment95% H2O/5% D2O
solution4280 uM [U-10% 13C; U-100% 15N] CXCL13, 100% D2Oaro+met100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
850 uMCXCL13[U-15N]1
280 uMCXCL13U-[13C,15N]2
280 uMCXCL13U-[13C,15N]3
280 uMCXCL13[U-10% 13C; U-100% 15N]4
試料状態詳細: 20 mM Phosphate buffer 100 mM NaCl / イオン強度: 120 mM / Label: 1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8504cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, P., Mumenthaler, C., & Wuthrich, K., Herrmann, T.,structure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRFAM-SPARKYLee et al. Bioinformatics 2015 Apr 15; 31(8):1325-7chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: in presence of water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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