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万見
- PDB-5ix5: NMR structure of antibacterial factor-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ix5
タイトルNMR structure of antibacterial factor-2
要素Antibacterial factor-related peptide 2
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) / CYANA 2.1
機能・相同性Antibacterial factor-related peptide / Antibacterial factor-related peptide superfamily / Nematode antimicrobial peptide / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / Antibacterial factor-related peptide 2
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Masakatsu, K. / Umetsu, Y. / Rumi, F. / Kikukawa, T. / Ohki, S. / Mizuguchi, M. / Demura, M. / Aizawa, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of ABF-2 (antibacterial factor-2) from C. elegans and the interaction with membrane mimetic systems
著者: Rumi, F. / Kamiya, M. / Umetsu, Y. / Kikukawa, T. / Demura, M. / Aizawa, T.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibacterial factor-related peptide 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1401
ポリマ－7,1401
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4740 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Antibacterial factor-related peptide 2


分子量: 7140.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: abf-2, C50F2.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EC68

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HNCA
1151isotropic23D C(CO)NH
171isotropic23D H(CCO)NH
181isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic23D (H)CCH-COSY
1112isotropic23D 1H-15N NOESY
1121isotropic23D 1H-13C NOESY
1131isotropic22D 1H-13C HSQC
1141isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Antibacterial factor-2, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 15N] Antibacterial factor-2, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAntibacterial factor-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMAntibacterial factor-2[U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 5.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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