PDB-5ix1: Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ix1

タイトル

Crystal structure of mouse Morc3 ATPase-CW cassette in complex with AMPPNP and H3K4me3 peptide

要素

MORC family CW-type zinc finger protein 3
Peptide from Histone H3.1

キーワード

TRANSCRIPTION / Morc3 / ATPase / CW domain / H3K4me3

機能・相同性

機能・相同性情報

Chromatin modifying enzymes / Interleukin-7 signaling / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PKMTs methylate histone lysines ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Li, S. / Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Mouse MORC3 is a GHKL ATPase that localizes to H3K4me3 marked chromatin
著者: Li, S. / Yen, L. / Pastor, W.A. / Johnston, J.B. / Du, J. / Shew, C.J. / Liu, W. / Ho, J. / Stender, B. / Clark, A.T. / Burlingame, A.L. / Daxinger, L. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ix1.cif.gz	363.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ix1.ent.gz	299.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ix1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ix1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ix1_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ix1_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	5ix1_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ix1	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#152 - 2012年8月
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MORC family CW-type zinc finger protein 3

B: MORC family CW-type zinc finger protein 3

P: Peptide from Histone H3.1

Q: Peptide from Histone H3.1

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.353, 149.079, 173.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABPQ

#1: タンパク質	MORC family CW-type zinc finger protein 3 / Nuclear matrix protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 3 分子量: 51950.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Morc3 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: F7BJB9
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from Histone H3.1 分子量: 1607.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68433

#1: タンパク質

MORC family CW-type zinc finger protein 3 / Nuclear matrix protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 3

分子量: 51950.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Morc3 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: F7BJB9

#2: タンパク質・ペプチド

Peptide from Histone H3.1

分子量: 1607.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68433

-
非ポリマー , 4種, 73分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% ethanol, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M HEPES-Na

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 44534 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.762 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 32.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	2242	5.05 %
R_work	0.2176	-	-
obs	0.2182	44441	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.762 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6909	0	66	67	7042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	7120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.79	9611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.725	2683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6295	0.4354	130	0.3978	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6295-2.6604	0.4159	169	0.3716	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6604-2.6927	0.3783	139	0.3775	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6927-2.7267	0.3886	150	0.3582	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7267-2.7625	0.3908	172	0.3649	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7625-2.8002	0.3345	150	0.3518	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8002-2.8401	0.3519	139	0.3583	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8401-2.8824	0.3663	123	0.3249	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8824-2.9273	0.3019	146	0.324	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9273-2.9751	0.2855	167	0.3084	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9751-3.0263	0.3379	133	0.3005	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0263-3.0811	0.3194	139	0.298	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0811-3.1401	0.2888	124	0.2733	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1401-3.204	0.2549	134	0.2631	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.204-3.2733	0.2859	151	0.2552	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2733-3.3491	0.2411	129	0.2549	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3491-3.4325	0.2236	167	0.2489	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4325-3.5248	0.2488	127	0.2246	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5248-3.6279	0.282	120	0.2045	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6279-3.7442	0.2422	166	0.2013	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7442-3.8771	0.2212	137	0.1918	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8771-4.031	0.2081	150	0.178	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.031-4.2128	0.209	141	0.1743	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2128-4.4325	0.1594	170	0.1684	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4325-4.7067	0.1854	143	0.161	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7067-5.0645	0.1981	133	0.1666	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0645-5.5638	0.1995	143	0.1886	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5638-6.3455	0.2268	117	0.1987	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3455-7.9085	0.1657	148	0.195	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9085-19.7625	0.147	153	0.1658	2666	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8815	0.0113	-0.1659	2.8077	0.1599	3.1617	-0.0325	0.2626	0.2674	-0.3658	0.0175	0.0747	-0.3819	-0.1241	-0.0042	0.8326	0.0411	-0.0229	0.6895	0.1554	0.3496	77.0545	71.3784	27.1166
2	3.3309	0.3545	-0.1859	2.482	0.2691	1.7156	-0.0336	-0.0607	-0.4161	-0.1099	-0.0859	-0.3612	0.3203	0.006	0.0708	0.9967	-0.0386	0.0184	0.7548	0.0812	0.4168	80.9659	49.5588	24.8348
3	3.5529	2.7909	-0.4767	4.2862	-1.076	0.9984	-0.0876	0.245	-0.3315	-0.3845	0.0796	-0.0032	0.3764	-0.4721	0.0018	0.6623	-0.0326	0.0053	0.672	0.0584	0.3945	64.7139	43.5231	33.2728
4	2.3223	1.1141	-1.0494	1.7346	-0.9624	1.6285	-0.2733	0.4582	-0.1476	-0.8974	0.1154	-0.041	0.5509	-0.0273	0.1367	1.0488	0.0168	-0.01	0.8155	0.0713	0.4724	73.5303	54.0119	14.2335
5	1.8158	-0.0311	-0.1511	2.6956	0.0194	2.6857	-0.0609	-0.4083	0.297	0.2671	-0.0184	0.0221	-0.5815	-0.1108	0.0691	0.7927	0.0026	-0.0164	0.6845	0.0277	0.3343	79.3906	71.4403	59.5782
6	2.5666	-0.043	-1.1602	3.2737	-0.0451	2.0203	-0.0093	-0.2519	-0.2943	0.3724	-0.1034	0.0955	0.296	-0.0452	0.0935	0.8761	0.0429	-0.0229	0.7562	0.1464	0.3858	78.7678	48.6957	63.1165
7	4.8804	-2.9723	0.7895	6.3339	1.4526	3.3068	-0.0358	0.0235	-0.5946	0.1011	0.0112	0.1136	0.4261	0.0867	-0.0118	0.6337	0.0091	0.0583	0.681	0.1319	0.4482	92.9692	41.0002	48.5755
8	1.2746	-0.6999	-1.3451	2.2022	1.2827	2.9198	0.0841	-0.4829	-0.0718	0.8737	-0.1283	-0.0446	-0.2654	-0.24	0.0918	1.0936	-0.0027	-0.0457	1.0463	0.0677	0.4556	78.632	60.9361	83.2873
9	4.3231	0.5419	-2.1789	5.5317	1.3618	1.6994	-0.6714	1.1232	-0.0092	-0.7336	-0.2074	0.1088	0.5867	-0.2681	0.8922	1.4502	-0.0483	-0.0553	0.9569	0.0107	0.5078	75.4343	53.9182	-0.1005
10	4.4816	1.3961	0.8808	6.1392	2.2186	4.3713	-0.3992	-0.6737	-0.2376	0.4809	-0.2421	-0.2668	0.6306	-0.9475	0.69	1.5808	-0.0268	0.0606	1.1941	0.0285	0.5641	80.619	53.1752	86.1916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 199 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 200 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 364 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 365 through 455 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 200 through 283 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 284 through 384 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 385 through 454 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'P' and (resid 1 through 9 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'Q' and (resid 1 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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