PDB-5iwn: Bacterial sodium channel pore domain, high bromide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iwn

タイトル

Bacterial sodium channel pore domain, high bromide

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Bacterial sodium channel / low Br

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.75 Å

データ登録者

Shaya, D. / Findeisen, F. / Rohaim, A. / Minor, D.L.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Unfolding of a Temperature-Sensitive Domain Controls Voltage-Gated Channel Activation.
著者: Arrigoni, C. / Rohaim, A. / Shaya, D. / Findeisen, F. / Stein, R.A. / Nurva, S.R. / Mishra, S. / Mchaourab, H.S. / Minor, D.L.

履歴

登録	2016年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年3月30日	ID: 5HKT
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iwn.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iwn.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hj8C 5hk6C 5hk7C 5hkdC 5iwoC 4ltoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iwo-d 5hk7-d 4lto-d 4ltr-d 4ltq-2 4ltq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

70 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.400, 160.870, 167.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 17463.344 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 143-288 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌) 遺伝子: Mlg_0322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 / 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.25, 30% PEG300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.75→15 Å / Num. obs: 21081 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.258 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	最高解像度: 3.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4LTO

4lto

解像度: 3.75→15 Å / SU ML: 0.422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.1 / ESU R Free: 0.499

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	1142	5.2 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.231	20841	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.9 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.75→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4494	0	2	0	4496

LS精密化シェル

解像度: 3.75→3.84 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.455	86	5 %
R_work	0.418	1327	-
obs	-	-	99.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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