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- PDB-5iwl: CD47-diabody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iwl
タイトルCD47-diabody complex
要素
  • 5F9 diabody
  • Leukocyte surface antigen CD47
キーワードCELL ADHESION / receptor / diabody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Di, W. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2016
タイトル: CD47-blocking immunotherapies stimulate macrophage-mediated destruction of small-cell lung cancer.
著者: Weiskopf, K. / Jahchan, N.S. / Schnorr, P.J. / Cristea, S. / Ring, A.M. / Maute, R.L. / Volkmer, A.K. / Volkmer, J.P. / Liu, J. / Lim, J.S. / Yang, D. / Seitz, G. / Nguyen, T. / Wu, D. / ...著者: Weiskopf, K. / Jahchan, N.S. / Schnorr, P.J. / Cristea, S. / Ring, A.M. / Maute, R.L. / Volkmer, A.K. / Volkmer, J.P. / Liu, J. / Lim, J.S. / Yang, D. / Seitz, G. / Nguyen, T. / Wu, D. / Jude, K. / Guerston, H. / Barkal, A. / Trapani, F. / George, J. / Poirier, J.T. / Gardner, E.E. / Miles, L.A. / de Stanchina, E. / Lofgren, S.M. / Vogel, H. / Winslow, M.M. / Dive, C. / Thomas, R.K. / Rudin, C.M. / van de Rijn, M. / Majeti, R. / Garcia, K.C. / Weissman, I.L. / Sage, J.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 2.02020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity_poly / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5F9 diabody
A: 5F9 diabody
C: Leukocyte surface antigen CD47
D: Leukocyte surface antigen CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,36512
ポリマ－76,7384
非ポリマー1,6288
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.280, 103.280, 131.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体 5F9 diabody


分子量: 25510.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 12858.470 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain (UNP residues 19-132) / Mutation: C15G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08722
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: sodium cacodylate pH 6.0, 17% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127085 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 20405 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 2.562 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.10 r2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSJune 17, 2015データ削減
XDSJune 17, 2015データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→44.722 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 1299 6.37 %
Rwork0.2211 19083 -
obs0.224 20382 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.43 Å2 / Biso mean: 64.6616 Å2 / Biso min: 24.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→44.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5250 0 104 7 5361
Biso mean--74.97 35.07 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6177479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1223197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8002-2.91230.33681440.343420692213100
2.9123-3.04480.32071390.306120922231100
3.0448-3.20530.33951450.2921032248100
3.2053-3.4060.34771450.265320962241100
3.406-3.66890.27611390.23520902229100
3.6689-4.03790.26051420.216721252267100
4.0379-4.62160.2531500.182721212271100
4.6216-5.82080.22431450.174821492294100
5.8208-44.72720.21821500.19592238238899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9182.0577-1.04181.9594-0.41114.8413-0.1693-0.16490.2169-0.0053-0.0984-0.1373-0.14090.04160.24140.4941-0.0087-0.08030.25280.04990.4866-27.5823.6659-0.1524
25.1932-0.0221-1.14255.1406-0.81123.159-0.51050.2651-0.8645-0.58910.3617-0.33350.80670.35120.10590.7151-0.09660.22010.4426-0.08820.65138.657925.839711.4597
36.31152.0656-0.24931.6318-0.46842.0526-0.05420.03040.0623-0.06660.04260.05660.05360.11770.04680.3916-0.04690.05620.3282-0.00510.3793-7.841135.563922.3254
42.9938-1.1751-0.04462.2639-1.37863.0009-0.04150.1479-0.406-0.6477-0.1820.08021.12970.26350.22220.73010.03230.03170.301-0.00390.5424-27.85624.714610.9803
54.916-2.9435-4.7191.78962.86254.53010.2315-0.35370.26010.48110.8810.9966-0.6333-1.0377-0.83780.47310.17210.15291.06520.32590.7015-55.243522.02319.5697
67.15642.63231.10278.40041.70647.58890.17040.27091.11470.6170.77741.64440.2201-2.4501-1.05730.4748-0.0791-0.0061.32740.35040.7931-70.1216.761321.2029
75.54911.9625-3.28793.3664-5.44288.724-0.23480.92980.2208-1.20760.08710.02530.9129-2.27130.45440.5809-0.306-0.08810.91960.19110.5804-52.867511.00194.916
88.6174-6.0806-5.53635.21861.98468.3608-0.1786-0.05180.4468-0.25190.5027-0.93230.47390.0166-0.32510.6452-0.0858-0.02220.36060.02130.4527-52.32737.104918.8486
91.1303-0.61770.06315.2222-3.5992.6945-0.54460.8404-0.0109-0.48961.00160.6109-0.399-1.5365-0.6110.5647-0.1287-0.14210.8797-0.04470.3994-59.46327.409815.8411
100.3043-1.5647-1.088.43345.74363.91810.34020.14290.05610.82960.8389-0.4110.2074-0.12-1.14550.5634-0.0646-0.02560.54180.10580.6104-65.782211.312225.111
112.536-3.0261-4.43464.20524.20569.02570.20180.70360.4637-0.3337-0.06520.049-0.4685-1.2593-0.17630.45450.0192-0.09510.46660.06520.5555-52.608714.850216.979
121.90420.9045-2.78061.76620.14727.580.4653-0.07191.18070.23910.64210.0171-0.1203-0.6141-0.90930.55370.1113-0.00180.6120.16130.5842-56.761420.09717.7973
130.9676-2.03712.1055.3194-3.54245.29340.2351-0.18360.18370.1180.3242-0.4601-0.1727-0.2804-0.30020.56970.16840.02670.5168-0.10610.41238.684858.095812.7069
146.6358-5.06941.43736.10581.36723.0283-0.02060.17961.56190.19160.54760.2207-1.10110.3964-0.69340.68-0.05930.15660.41080.05230.600821.1367.63650.9079
153.5332-0.78781.20428.3271.63592.44970.8419-0.1817-0.36250.5057-0.35890.4127-0.04191.1311-0.6350.327-0.06130.12610.5573-0.05010.629415.038452.459317.5271
162.3681-1.0463-1.14377.7234-4.01846.7008-0.3339-0.1834-0.3680.18380.22680.11370.2184-0.48620.06790.29110.00090.08410.4592-0.01880.480919.373446.95364.9869
175.8368-0.6541-4.08642.3625-0.08643.04530.2413-0.06210.3936-0.16130.1371-0.1264-0.03390.6117-0.71820.3685-0.0133-0.08970.31540.01690.481623.161753.68476.7039
184.74412.17833.60555.53410.4223.10870.819-1.0028-0.8870.0427-0.1727-0.5754-0.1764-0.9878-0.75010.4232-0.02640.09570.44340.07070.379123.210361.0372-2.4689
191.70571.8327-1.9583.5466-0.19094.4292-0.04810.10560.25170.10770.62770.6403-0.29510.1295-0.78830.34250.0890.01140.44860.01730.445112.952752.17355.1104
204.43163.8385-3.68825.2947-5.54019.71730.140.19930.5842-0.46990.47830.50860.3837-0.1681-0.50530.4467-0.0010.08270.3931-0.03310.427110.875558.91014.1182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 125 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 126 through 233 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 125 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 233 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 8 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 9 through 21 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 22 through 36 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 37 through 58 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 59 through 79 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 80 through 89 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 90 through 102 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 103 through 114 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 8 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 9 through 21 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 22 through 32 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 33 through 58 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 59 through 79 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 80 through 89 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 90 through 102 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 103 through 114 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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