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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iwe
タイトルE45Q mutant of phenazine biosynthesis protein PhzF in complex with (5R,6R)-6-azaniumyl-5-ethoxycyclohexa-1,3-diene-1-carboxylate
要素Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
キーワードISOMERASE / complex / substrate analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / phenazine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-W81 / Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Diederich, C. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, オーストリア, 2件
組織認可番号国
ERA-Chemistry networkBL587-3 ドイツ
ERA-Chemistry networkI-668 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mechanisms and Specificity of Phenazine Biosynthesis Protein PhzF.
著者: Diederich, C. / Leypold, M. / Culka, M. / Weber, H. / Breinbauer, R. / Ullmann, G.M. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9598
ポリマ－32,2561
非ポリマー7047
水4,360242
1
A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子

A: Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,91916
ポリマ－64,5112
非ポリマー1,40814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.032, 56.032, 155.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

21A-569-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / Phenazine/pyocyanine biosynthesis protein PhzF


分子量: 32255.576 Da / 分子数: 1 / 変異: E45Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 19 residues consist of the N-terminal expression tag and are neither natural nor visible in the structure
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phzF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (pLysS)
参照: UniProt: Q51792, trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 249分子

#2: 化合物 ChemComp-W81 / (5R,6R)-6-azaniumyl-5-ethoxycyclohexa-1,3-diene-1-carboxylate


分子量: 183.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.085M sodium acetate pH 4.6, 0.17M ammonium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol, temperature 293.15K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→77.87 Å / Num. obs: 31593 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSv.052データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U1V

1u1v


解像度: 1.71→46.328 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.89 / 詳細: TLS-refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1734 1612 5.11 %
Rwork0.1492 --
obs0.1505 31532 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→46.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 47 242 2413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9453083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6581367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.76040.2721390.23782457X-RAY DIFFRACTION100
1.7604-1.81720.21651260.20012441X-RAY DIFFRACTION100
1.8172-1.88210.19471340.18192453X-RAY DIFFRACTION100
1.8821-1.95750.21481340.17282440X-RAY DIFFRACTION100
1.9575-2.04660.17141400.1472458X-RAY DIFFRACTION100
2.0466-2.15450.19221250.13772481X-RAY DIFFRACTION100
2.1545-2.28950.17651380.13692440X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.46620.16181310.12822504X-RAY DIFFRACTION100
2.4662-2.71440.1741250.12752505X-RAY DIFFRACTION100
2.7144-3.10710.13981250.12732536X-RAY DIFFRACTION100
3.1071-3.91430.15271510.12552521X-RAY DIFFRACTION100
3.9143-46.34550.1681440.17072684X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5929-0.74580.26211.0797-0.14271.3181-0.0132-0.0143-0.0026-0.0326-0.00160.0308-0.1524-0.08540.01660.1168-0.0064-0.00310.09180.01130.07315.766634.41727.1087
20.81590.63770.90721.78562.20313.8872-0.0122-0.03420.0148-0.0531-0.00490.1271-0.1589-0.20440.0450.1085-0.00280.01370.12330.01910.11819.892734.131117.1868
33.2181-0.0582-0.17161.43780.99992.65380.0547-0.11050.23490.1020.0253-0.1216-0.1113-0.0212-0.08160.1298-0.0023-0.02210.08810.02690.117220.643435.696720.7601
40.4222-0.1417-0.06270.8727-0.34970.3888-0.0238-0.00830.04020.00960.02730.1554-0.01870.01150.00280.0907-0.0007-0.00420.08580.00660.084517.262216.491220.9822
54.9578-1.58130.29182.4451-0.47661.85250.10470.42230.0832-0.5336-0.05640.1580.0997-0.1193-0.02570.2107-0.028-0.04460.09340.01250.130515.22295.42229.4622
60.2095-0.709-0.05182.6766-0.03373.1746-0.07010.02290.0032-0.1243-0.0136-0.1205-0.04020.15520.09230.1206-0.00570.00820.08260.02860.090924.766810.210916.8686
70.6802-0.0002-0.44561.5482-0.49910.83470.02780.0609-0.0008-0.1518-0.02160.0109-0.04880.0097-0.01890.1181-0.0013-0.00580.06910.00290.082121.613314.088218.2896
80.5644-0.1545-0.24012.1215-1.34661.5252-0.0342-0.075-0.06620.1908-0.1033-0.0438-0.11550.11550.11040.1096-0.0293-0.02380.0897-0.01420.085923.29725.734220.8457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 50 )) or ( chain 'B' and resid 2 ) or ( chain 'B' and resid 12 ) or ( chain 'B' and resid 14 ) or ( chain 'B' and resid 20 ) or ( chain 'B' and resid 28 ) or ( chain 'B' and resid 30 ) or ( chain 'B' and resid 32 ) or ( chain 'B' and resid 35 ) or ( chain 'B' and resid 37 ) or ( chain 'B' and resid 39 ) or ( chain 'B' and resid 43 ) or ( chain 'B' and resid 51 ) or ( chain 'B' and resid 62 ) or ( chain 'B' and resid 70 ) or ( chain 'B' and resid 72 ) or ( chain 'B' and resid 73 ) or ( chain 'B' and resid 102 ) or ( chain 'B' and resid 104 ) or ( chain 'B' and resid 108 ) or ( chain 'B' and resid 110 ) or ( chain 'B' and resid 111 ) or ( chain 'B' and resid 112 ) or ( chain 'B' and resid 121 ) or ( chain 'B' and resid 124 ) or ( chain 'B' and resid 125 ) or ( chain 'B' and resid 127 ) or ( chain 'B' and resid 134 ) or ( chain 'B' and resid 138 ) or ( chain 'B' and resid 141 ) or ( chain 'B' and resid 142 ) or ( chain 'B' and resid 158 ) or ( chain 'B' and resid 159 ) or ( chain 'B' and resid 160 ) or ( chain 'B' and resid 162 ) or ( chain 'B' and resid 163 ) or ( chain 'B' and resid 164 ) or ( chain 'B' and resid 165 ) or ( chain 'B' and resid 166 ) or ( chain 'B' and resid 167 ) or ( chain 'B' and resid 168 ) or ( chain 'B' and resid 220 ) or ( chain 'B' and resid 223 ) or ( chain 'B' and resid 241 ) or ( chain 'B' and resid 242 ) or ( chain 'D' and resid 2 ))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 72 )) or ( chain 'B' and resid 5 ) or ( chain 'B' and resid 24 ) or ( chain 'B' and resid 25 ) or ( chain 'B' and resid 31 ) or ( chain 'B' and resid 38 ) or ( chain 'B' and resid 56 ) or ( chain 'B' and resid 67 ) or ( chain 'B' and resid 84 ) or ( chain 'B' and resid 105 ) or ( chain 'B' and resid 114 ) or ( chain 'B' and resid 126 ) or ( chain 'B' and resid 128 ) or ( chain 'B' and resid 129 ) or ( chain 'B' and resid 131 ) or ( chain 'B' and resid 132 ) or ( chain 'B' and resid 133 ) or ( chain 'B' and resid 146 ) or ( chain 'B' and resid 169 ) or ( chain 'B' and resid 170 ) or ( chain 'B' and resid 171 ) or ( chain 'B' and resid 172 ) or ( chain 'B' and resid 177 ) or ( chain 'B' and resid 178 ) or ( chain 'B' and resid 180 ) or ( chain 'B' and resid 183 ) or ( chain 'B' and resid 229 ) or ( chain 'B' and resid 230 ) or ( chain 'E' and resid 1 ))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 98 )) or ( chain 'B' and resid 68 ) or ( chain 'B' and resid 69 ) or ( chain 'B' and resid 89 ) or ( chain 'B' and resid 91 ) or ( chain 'B' and resid 99 ) or ( chain 'B' and resid 103 ) or ( chain 'B' and resid 116 ) or ( chain 'B' and resid 179 ) or ( chain 'B' and resid 189 ) or ( chain 'B' and resid 190 ) or ( chain 'B' and resid 191 ) or ( chain 'B' and resid 204 ) or ( chain 'B' and resid 233 ) or ( chain 'B' and resid 234 ) or ( chain 'B' and resid 237 ) or ( chain 'B' and resid 239 ) or ( chain 'E' and resid 2 ))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 99 through 159 )) or ( chain 'B' and resid 1 ) or ( chain 'B' and resid 3 ) or ( chain 'B' and resid 15 ) or ( chain 'B' and resid 16 ) or ( chain 'B' and resid 21 ) or ( chain 'B' and resid 23 ) or ( chain 'B' and resid 26 ) or ( chain 'B' and resid 29 ) or ( chain 'B' and resid 34 ) or ( chain 'B' and resid 36 ) or ( chain 'B' and resid 40 ) or ( chain 'B' and resid 41 ) or ( chain 'B' and resid 42 ) or ( chain 'B' and resid 47 ) or ( chain 'B' and resid 48 ) or ( chain 'B' and resid 49 ) or ( chain 'B' and resid 52 ) or ( chain 'B' and resid 53 ) or ( chain 'B' and resid 57 ) or ( chain 'B' and resid 58 ) or ( chain 'B' and resid 59 ) or ( chain 'B' and resid 64 ) or ( chain 'B' and resid 71 ) or ( chain 'B' and resid 76 ) or ( chain 'B' and resid 81 ) or ( chain 'B' and resid 83 ) or ( chain 'B' and resid 92 ) or ( chain 'B' and resid 93 ) or ( chain 'B' and resid 101 ) or ( chain 'B' and resid 118 ) or ( chain 'B' and resid 130 ) or ( chain 'B' and resid 137 ) or ( chain 'B' and resid 139 ) or ( chain 'B' and resid 144 ) or ( chain 'B' and resid 145 ) or ( chain 'B' and resid 150 ) or ( chain 'B' and resid 151 ) or ( chain 'B' and resid 156 ) or ( chain 'B' and resid 181 ) or ( chain 'B' and resid 182 ) or ( chain 'B' and resid 185 ) or ( chain 'B' and resid 188 ) or ( chain 'B' and resid 192 ) or ( chain 'B' and resid 193 ) or ( chain 'B' and resid 194 ) or ( chain 'B' and resid 195 ) or ( chain 'B' and resid 196 ) or ( chain 'B' and resid 197 ) or ( chain 'B' and resid 198 ) or ( chain 'B' and resid 199 ) or ( chain 'B' and resid 201 ) or ( chain 'B' and resid 203 ) or ( chain 'B' and resid 226 ) or ( chain 'B' and resid 228 ) or ( chain 'B' and resid 231 ) or ( chain 'B' and resid 232 ) or ( chain 'B' and resid 235 ) or ( chain 'B' and resid 238 ) or ( chain 'B' and resid 240 ) or ( chain 'D' and resid 1 ) or ( chain 'F' and resid 1 ))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 160 through 182 )) or ( chain 'B' and resid 10 ) or ( chain 'B' and resid 27 ) or ( chain 'B' and resid 44 ) or ( chain 'B' and resid 54 ) or ( chain 'B' and resid 74 ) or ( chain 'B' and resid 79 ) or ( chain 'B' and resid 86 ) or ( chain 'B' and resid 87 ) or ( chain 'B' and resid 95 ) or ( chain 'B' and resid 97 ) or ( chain 'B' and resid 119 ) or ( chain 'B' and resid 122 ) or ( chain 'B' and resid 135 ) or ( chain 'B' and resid 136 ) or ( chain 'B' and resid 148 ) or ( chain 'B' and resid 153 ) or ( chain 'B' and resid 154 ) or ( chain 'B' and resid 155 ) or ( chain 'B' and resid 157 ) or ( chain 'B' and resid 200 ) or ( chain 'B' and resid 202 ) or ( chain 'B' and resid 206 ) or ( chain 'B' and resid 207 ) or ( chain 'B' and resid 211 ) or ( chain 'B' and resid 212 ) or ( chain 'B' and resid 213 ))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 199 )) or ( chain 'B' and resid 6 ) or ( chain 'B' and resid 7 ) or ( chain 'B' and resid 8 ) or ( chain 'B' and resid 11 ) or ( chain 'B' and resid 55 ) or ( chain 'B' and resid 78 ) or ( chain 'B' and resid 80 ) or ( chain 'B' and resid 82 ) or ( chain 'B' and resid 106 ) or ( chain 'B' and resid 117 ) or ( chain 'B' and resid 147 ) or ( chain 'B' and resid 152 ) or ( chain 'B' and resid 205 ) or ( chain 'B' and resid 224 ))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 200 through 245 )) or ( chain 'B' and resid 4 ) or ( chain 'B' and resid 17 ) or ( chain 'B' and resid 22 ) or ( chain 'B' and resid 45 ) or ( chain 'B' and resid 50 ) or ( chain 'B' and resid 65 ) or ( chain 'B' and resid 77 ) or ( chain 'B' and resid 85 ) or ( chain 'B' and resid 90 ) or ( chain 'B' and resid 94 ) or ( chain 'B' and resid 98 ) or ( chain 'B' and resid 113 ) or ( chain 'B' and resid 115 ) or ( chain 'B' and resid 123 ) or ( chain 'B' and resid 143 ) or ( chain 'B' and resid 173 ) or ( chain 'B' and resid 174 ) or ( chain 'B' and resid 175 ) or ( chain 'B' and resid 176 ) or ( chain 'B' and resid 208 ) or ( chain 'B' and resid 209 ) or ( chain 'B' and resid 210 ) or ( chain 'B' and resid 214 ) or ( chain 'B' and resid 215 ) or ( chain 'B' and resid 216 ) or ( chain 'B' and resid 227 ) or ( chain 'C' and resid 1 ))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 246 through 278 )) or ( chain 'B' and resid 9 ) or ( chain 'B' and resid 13 ) or ( chain 'B' and resid 18 ) or ( chain 'B' and resid 19 ) or ( chain 'B' and resid 33 ) or ( chain 'B' and resid 46 ) or ( chain 'B' and resid 60 ) or ( chain 'B' and resid 61 ) or ( chain 'B' and resid 63 ) or ( chain 'B' and resid 66 ) or ( chain 'B' and resid 75 ) or ( chain 'B' and resid 88 ) or ( chain 'B' and resid 96 ) or ( chain 'B' and resid 100 ) or ( chain 'B' and resid 107 ) or ( chain 'B' and resid 109 ) or ( chain 'B' and resid 120 ) or ( chain 'B' and resid 140 ) or ( chain 'B' and resid 149 ) or ( chain 'B' and resid 161 ) or ( chain 'B' and resid 184 ) or ( chain 'B' and resid 186 ) or ( chain 'B' and resid 187 ) or ( chain 'B' and resid 217 ) or ( chain 'B' and resid 218 ) or ( chain 'B' and resid 219 ) or ( chain 'B' and resid 221 ) or ( chain 'B' and resid 222 ) or ( chain 'B' and resid 225 ) or ( chain 'B' and resid 236 ))

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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