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- PDB-5iv4: Crystal structure of the human soluble adenylyl cyclase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iv4
タイトルCrystal structure of the human soluble adenylyl cyclase in complex with the allosteric inhibitor LRE1
要素Adenylate cyclase type 10
キーワードLYASE / human soluble Adenylyl Cyclase complex LRE1 inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / bicarbonate binding / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / positive regulation of glycogen catabolic process / glucose catabolic process / regulation of mitophagy ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / bicarbonate binding / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / positive regulation of glycogen catabolic process / glucose catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / neuron projection extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cilium / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, type 10 / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LRI / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Adenylate cyclase type 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Kleinboelting, S. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSTE1701/11 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Discovery of LRE1 as a specific and allosteric inhibitor of soluble adenylyl cyclase.
著者: Ramos-Espiritu, L. / Kleinboelting, S. / Navarrete, F.A. / Alvau, A. / Visconti, P.E. / Valsecchi, F. / Starkov, A. / Manfredi, G. / Buck, H. / Adura, C. / Zippin, J.H. / van den Heuvel, J. / ...著者: Ramos-Espiritu, L. / Kleinboelting, S. / Navarrete, F.A. / Alvau, A. / Visconti, P.E. / Valsecchi, F. / Starkov, A. / Manfredi, G. / Buck, H. / Adura, C. / Zippin, J.H. / van den Heuvel, J. / Glickman, J.F. / Steegborn, C. / Levin, L.R. / Buck, J.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32022年11月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_audit_support / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,52516
ポリマ－54,2701
非ポリマー1,25515
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.298, 99.298, 99.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylate cyclase type 10 / AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / ...AH-related protein / Adenylate cyclase homolog / Germ cell soluble adenylyl cyclase / sAC / Testicular soluble adenylyl cyclase


分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cys255 modified by BME which is in the purification buffer
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCY10, SAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96PN6, adenylate cyclase

-
非ポリマー , 8種, 373分子

#2: 化合物 ChemComp-LRI / 6-chloro-N~4~-cyclopropyl-N~4~-[(thiophen-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 280.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13ClN4S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.8 200 mM tri-sodium-citrate 15% (w/v) PEG 4000 10% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918007 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→44.42 Å / Num. obs: 599809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 1.192 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 1.79→44.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.647 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20626 2621 5 %RANDOM
Rwork0.15972 ---
obs0.162 49787 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.13 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 76 358 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0791.9675274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1333.0018622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72924.624173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4915670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3561513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2412.7341872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2122.7311869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3394.0732341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3394.0752342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4513.2422025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4373.2412025
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6444.6482917
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.82223.64597
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.82123.6034598
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.789→1.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 192 -
Rwork0.296 3654 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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