PDB-5iuw: Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iuw

タイトル

Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in complexed with NAD+ and IAA

要素

Aldehyde dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Lee, S.G. / McClerklin, S. / Kunkel, B. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase-dependent auxin synthesis contributes to virulence of Pseudomonas syringae strain DC3000.
著者: McClerklin, S.A. / Lee, S.G. / Harper, C.P. / Nwumeh, R. / Jez, J.M. / Kunkel, B.N.

履歴

登録	2016年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5iuw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/5iuw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5iuuC 5iuvSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gtl-d 4lih-2 6b4r-d 5tei-1 5iuv-1 4qf6-1 1o9j-d 4wj9-1 2xdr-d 7jwv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase family protein

B: Aldehyde dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.799, 84.883, 166.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1237- HOH

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase family protein 分子量: 52779.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (strain DC3000) (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88BC5
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₂ / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG8000, 100 mM Tris

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→45.83 Å / Num. obs: 68374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.143 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IUV

5iuv

解像度: 2.093→45.829 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	2009	2.94 %
R_work	0.1505	-	-
obs	0.1517	68364	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→45.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7386	0	114	855	8355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	10426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.708	2710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0925-2.1449	0.2657	142	0.2049	4561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1449-2.2029	0.2025	138	0.1817	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2029-2.2677	0.2282	143	0.1782	4707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.3409	0.2529	138	0.1729	4689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3409-2.4245	0.2354	148	0.1703	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4245-2.5216	0.2112	139	0.1613	4688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5216-2.6364	0.2108	141	0.1568	4699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6364-2.7753	0.1709	139	0.1582	4732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7753-2.9492	0.2126	143	0.1546	4740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9492-3.1768	0.202	146	0.1535	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1768-3.4964	0.1649	141	0.1422	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4964-4.0021	0.1761	151	0.1299	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0021-5.0412	0.1519	146	0.1165	4841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0412-45.84	0.1631	154	0.1528	5015	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1988	0.0407	0.109	0.0967	0.0488	0.1182	0.0383	-0.0405	0.0161	-0.0446	0.0204	-0.1485	-0.0175	0.1161	0.0045	0.1135	-0.0277	-0.0175	0.1959	-0.0235	0.192	120.2391	125.2426	190.4598
2	0.0925	0.0612	0.0486	0.3235	0.3685	0.7239	0.0467	-0.1154	0.095	0.2182	0.0731	0.0393	-0.0272	0.2937	0.4069	0.1146	0.0002	-0.0367	0.2217	-0.0461	0.1134	108.7424	134.9338	198.0529
3	0.1517	-0.0527	0.1787	0.0732	0.0498	0.0983	0.0245	-0.0149	-0.0616	-0.0127	-0.0094	-0.0284	-0.0561	0.0764	-0	0.1154	-0.0199	0.0003	0.1266	-0.0056	0.1264	109.628	126.8391	180.8169
4	0.047	0.0487	0.0361	0.1306	0.1464	0.0558	-0.0196	-0.1169	0.077	0.0328	0.0356	-0.018	-0.0305	-0.0118	-0	0.1202	0.0016	0.0057	0.1256	0.0071	0.1224	90.214	133.5538	171.0266
5	0.3001	0.0417	-0.0448	0.0741	0.117	0.0749	0.0429	-0.0704	-0.0264	-0.0215	0.0043	-0.0134	-0.0329	0.0625	0.0001	0.1008	-0.0194	-0.0065	0.1329	-0.0071	0.1095	101.94	131.7142	190.4467
6	0.1268	0.1486	0.0451	0.0886	0.0056	0.0241	0.0253	-0.0848	0.0075	0.0068	-0.0152	0.0704	0.0571	0.0093	0.0071	0.1503	-0.0201	-0.0137	0.1321	-0.0039	0.1418	88.0849	120.2947	192.5718
7	0.1215	-0.0023	0.0598	0.053	0.1495	0.3902	0.063	-0.014	-0.1196	0.0336	0	-0.0621	0.031	0.1096	0.0214	0.2268	-0.0102	-0.0674	0.1282	0.0415	0.2257	96.173	97.9702	188.9483
8	0.118	0.1146	-0.1189	0.1392	0.0053	0.1247	0.0509	-0.2764	0.0252	0.0306	-0.0094	-0.0248	0.0289	0.1315	0.0226	0.2006	-0.0233	-0.0415	0.2393	0.0485	0.2207	105.5984	106.4709	200.1655
9	0.02	-0.0556	-0.126	0.1872	0.1671	0.2387	-0.1423	-0.2615	0.0548	0.1768	0.1523	-0.0896	0.2397	0.2239	0.0128	0.2609	-0.0065	-0.063	0.3425	0.0478	0.2383	101.459	99.878	201.8482
10	0.1301	-0.1322	0.0138	0.3374	0.0468	0.2312	0.0609	-0.1203	-0.076	0.127	-0.0823	0.009	0.103	-0.1135	-0.0147	0.1568	-0.0359	-0.0142	0.1233	0.0329	0.1395	85.0275	104.4999	188.4455
11	0.0641	-0.0543	-0.0951	0.0923	-0.0613	0.0822	0.0248	-0.0283	0.0022	-0.0364	-0.0038	-0.0401	0.0082	0.023	-0	0.1421	-0.0138	-0.0104	0.1307	0.0089	0.1259	87.8819	125.9427	179.5574
12	0.2104	0.0285	-0.0752	0.0272	-0.0011	0.0792	0.0292	-0.073	0.0852	-0.1094	0.0281	0.0761	0.0676	-0.1537	-0.0067	0.1177	-0.0131	0.0125	0.2134	-0.0058	0.1725	45.7126	135.7846	188.9336
13	0.2027	0.1228	-0.0694	0.1704	-0.16	0.7501	0.0731	-0.1918	-0.094	0.1068	-0.0162	-0.0467	0.0119	-0.2775	0.1717	0.0928	0.0036	0.0175	0.2192	-0.0008	0.0944	57.2305	128.632	198.9331
14	0.297	0.0214	-0.0149	0.022	0.1633	0.1278	0.0445	0.0365	0.0427	-0.0491	-0.0746	0.0936	0.0299	-0.0945	0	0.1322	-0.0041	0.0078	0.1229	0.0056	0.1359	56.3274	131.5682	180.098
15	0.2506	0.0576	-0.115	0.0332	0.0751	0.2394	0.0343	-0.0205	0.0518	-0.025	-0.033	-0.0152	-0.0033	-0.0409	0.0001	0.1065	-0.0092	0.0115	0.1067	-0.0022	0.1091	67.8652	127.4423	181.2609
16	0.2565	0.2034	-0.0288	0.2601	0.1083	0.2209	0.04	-0.1217	0.0509	-0.0233	-0.0412	-0.0427	-0.0037	-0.0188	-0.0228	0.0846	-0.006	0.0077	0.1213	-0.0215	0.104	72.9083	134.6535	192.4017
17	0.3609	-0.0297	-0.0016	-0.0971	0.0203	0.0513	0.0409	-0.1949	0.0679	0.0647	-0.0225	0.0412	-0.1291	-0.0977	0.0026	0.2961	0.0061	0.0644	0.2135	-0.03	0.2469	65.6565	159.2637	185.7381
18	0.2013	-0.167	0.3573	0.1338	-0.09	0.4314	0.0268	-0.1786	0.0352	0.1616	0.0163	-0.0031	-0.3435	-0.083	0.0123	0.3315	-0.0145	0.0553	0.2092	-0.0503	0.219	71.4991	161.2156	190.2122
19	0.0927	-0.0882	0.0426	0.1157	-0.0229	0.0254	0.0189	-0.0644	0.013	-0.0099	0.004	0.0368	-0.0009	0.011	0	0.145	-0.0084	0.01	0.1176	-0.0152	0.1252	79.9035	140.4294	177.7345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 157 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 158 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 283 through 328 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 329 through 363 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 364 through 395 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 396 through 455 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 456 through 497 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 3 through 29 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 30 through 72 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 73 through 119 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 120 through 210 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 211 through 282 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 283 through 363 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 364 through 422 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 423 through 497 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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