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万見
- PDB-5iul: Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iul
タイトルCrystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphotransfer state with high Mg2+ (150 mM) and BeF3
要素
  • Sensor histidine kinase DesK
  • Transcriptional regulatory protein DesR
キーワードTRANSFERASE / Two-component regulatory system / Kinase / Response regulator / Phosphotransfer complex / Phosphotransfer
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding ...histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain ...Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / Transcriptional regulatory protein DesR / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3.153 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Imelio, J.A. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Regulation of signaling directionality revealed by 3D snapshots of a kinase:regulator complex in action.
著者: Trajtenberg, F. / Imelio, J.A. / Machado, M.R. / Larrieux, N. / Marti, M.A. / Obal, G. / Mechaly, A.E. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年1月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Sensor histidine kinase DesK
C: Transcriptional regulatory protein DesR
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Sensor histidine kinase DesK
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,28818
ポリマ－130,0436
非ポリマー2,24512
水32418
1
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Sensor histidine kinase DesK
C: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,18310
ポリマ－65,0223
非ポリマー1,1627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
2
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Sensor histidine kinase DesK
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1058
ポリマ－65,0223
非ポリマー1,0835
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.186, 116.680, 91.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
Sensor histidine kinase DesK


分子量: 24956.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Fragment: entire cytoplasmic region / 変異: H188E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desK, yocF, BSU19190 / プラスミド: pACYC-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: タンパク質 Transcriptional regulatory protein DesR


分子量: 15108.367 Da / 分子数: 2 / 断片: Receiver domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: desR, yocG, BSU19200 / プラスミド: pACYC-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34723

-
非ポリマー , 4種, 30分子

#3: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEGi3350, tri-potassium citrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.153→38.59 Å / Num. obs: 28033 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 84.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.153→3.163 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 17, 2015データスケーリング
Aimless0.5.15データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.153→38.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.396
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1361 4.86 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 28015 97.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 291.57 Å2 / Biso mean: 89.62 Å2 / Biso min: 35.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.4072 Å20 Å23.5979 Å2
2---25.844 Å20 Å2
3---14.4368 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.153→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8709 0 132 18 8859
Biso mean--121.07 65.57 -
残基数----1102
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3430SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes288HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1273HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8912HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1194SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance36HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle41HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10167SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8912HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11981HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.08
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.27 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 132 4.81 %
Rwork0.24 2615 -
all-2747 -
obs--92.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74810.03710.38670.5517-1.35117.3662-0.00550.12260.10450.0272-0.00410.1102-0.11470.13210.0096-0.0456-0.077-0.0787-0.02940.1313-0.1808-15.776614.7325-9.3735
25.7114-0.90871.75127.24970.52194.03710.0247-0.16950.61450.49150.04670.2277-0.4638-0.6981-0.0714-0.06610.0515-0.03030.09810.1971-0.3972-42.922221.9975-28.9856
36.2267-2.88792.52037.9856-0.74546.3641-0.1340.41040.3838-0.2752-0.2557-0.1922-0.1337-0.06790.3897-0.1599-0.2037-0.12960.05350.0644-0.34777.595934.6137-20.1424
45.84851.17763.15331.11260.622.62170.0081-0.3065-0.02470.1137-0.1311-0.10040.1184-0.28030.1229-0.0874-0.17340.00270.00670.0053-0.2666-66.522418.361923.2932
56.0279-0.87020.16686.5908-0.12116.408-0.1030.5021-0.4492-0.4443-0.0579-0.24880.42670.12750.1609-0.153-0.1083-0.06560.0379-0.1219-0.3804-69.607810.7936-9.6342
65.1384-0.93380.73968.29662.79158.65450.14650.1514-0.43910.1043-0.07830.23090.5067-0.3476-0.0682-0.1594-0.087-0.09990.01320.1262-0.3901-87.0171-1.385237.2654
75.72440.09490.34465.7713-0.51726.56070.0612-0.0272-0.45170.12480.0110.38830.6368-0.3319-0.0722-0.0741-0.06030.0163-0.26770.0043-0.1145-34.98911.30264.8794
85.62861.16490.90236.13130.53538.3916-0.03090.33010.4887-0.3510.0566-0.5088-0.56140.5219-0.0257-0.0089-0.06420.1515-0.28690.0613-0.0914-43.84830.356413.8747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|154 - B|243 }A155 - 242
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|155 - A|242 B|154 - B|243 }B154 - 243
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|1 A|245 - A|368 }A1
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|1 A|245 - A|368 }A245 - 368
5X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 B|245 - B|367 }B1
6X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 B|245 - B|367 }B245 - 367
7X-RAY DIFFRACTION4{ E|155 - E|239 D|155 - D|242 }E155 - 239
8X-RAY DIFFRACTION4{ E|155 - E|239 D|155 - D|242 }D155 - 239
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|1 E|245 - E|368 }E1
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|1 E|245 - E|368 }E245 - 368
11X-RAY DIFFRACTION6{ D|1 D|245 - D|368 }D1
12X-RAY DIFFRACTION6{ D|1 D|245 - D|368 }D245 - 368
13X-RAY DIFFRACTION7{ C|1 - C|131 }C1 - 131
14X-RAY DIFFRACTION8{ F|1 - F|131 }F1 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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