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- PDB-7ssj: Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphatase state -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ssj | |||||||||
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Title | Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphatase state | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / KINASE / RESPONSE REGULATOR / PHOSPHATASE COMPLEX / DEPHOSPHORYLATION / TRANSFERASE-GENE REGULATION COMPLEX | |||||||||
Function / homology | ![]() histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding ...histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A. | |||||||||
Funding support | Uruguay, 1items
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![]() | ![]() Title: An allosteric switch ensures efficient unidirectional information transmission by the histidine kinase DesK from Bacillus subtilis. Authors: Lima, S. / Blanco, J. / Olivieri, F. / Imelio, J.A. / Nieves, M. / Carrion, F. / Alvarez, B. / Buschiazzo, A. / Marti, M.A. / Trajtenberg, F. #1: ![]() Title: Regulation of signaling directionality revealed by 3D snapshots of a kinase:regulator complex in action. Authors: Trajtenberg, F. / Imelio, J.A. / Machado, M.R. / Larrieux, N. / Marti, M.A. / Obal, G. / Mechaly, A.E. / Buschiazzo, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 288.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ssiC ![]() 5iun S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ACDBEF
#1: Protein | Mass: 25534.373 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Fragment: entire cytoplasmic region / Mutation: S150I,S153L,R157I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 15108.367 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Receiver domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 35 molecules ![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 46.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG4000, PEG600, MgCl2, Tris, MES, Li2SO4, MgSO4, Glycerol, AMP-PCP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→82.01 Å / Num. obs: 34302 / % possible obs: 79.6 % / Redundancy: 17.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 21.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1709 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 18.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5IUN ![]() 5iun Resolution: 2.52→82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 1.418 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.328 / SU Rfree Blow DPI: 0.373 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.381
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Displacement parameters | Biso mean: 104.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.52→2.67 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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