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- PDB-7ssj: Crystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphatase state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ssj
タイトルCrystal structure of the DesK-DesR complex in the phosphatase state
要素
  • Sensor histidine kinase DesK
  • Transcriptional regulatory protein DesR
キーワードTRANSFERASE / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / KINASE / RESPONSE REGULATOR / PHOSPHATASE COMPLEX / DEPHOSPHORYLATION / TRANSFERASE-GENE REGULATION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein kinase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding ...histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / protein kinase activity / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / : / DesK N-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / : / DesK N-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Transcriptional regulatory protein DesR / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.
資金援助ウルグアイ, 1件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)FCE_1_2017_1_136291ウルグアイ
引用
ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2023
タイトル: An allosteric switch ensures efficient unidirectional information transmission by the histidine kinase DesK from Bacillus subtilis.
著者: Lima, S. / Blanco, J. / Olivieri, F. / Imelio, J.A. / Nieves, M. / Carrion, F. / Alvarez, B. / Buschiazzo, A. / Marti, M.A. / Trajtenberg, F.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Regulation of signaling directionality revealed by 3D snapshots of a kinase:regulator complex in action.
著者: Trajtenberg, F. / Imelio, J.A. / Machado, M.R. / Larrieux, N. / Marti, M.A. / Obal, G. / Mechaly, A.E. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2022年11月16日ID: 5IUN
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Transcriptional regulatory protein DesR
C: Sensor histidine kinase DesK
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Transcriptional regulatory protein DesR
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,88419
ポリマ－121,9286
非ポリマー1,95613
水39622
1
A: Sensor histidine kinase DesK
B: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase DesK
B: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,52512
ポリマ－81,2854
非ポリマー1,2408
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area30980 Å2
手法PISA
2
C: Sensor histidine kinase DesK
D: Sensor histidine kinase DesK
E: Transcriptional regulatory protein DesR
F: Transcriptional regulatory protein DesR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,62113
ポリマ－81,2854
非ポリマー1,3369
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.691, 94.691, 240.85
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACDBEF

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase DesK


分子量: 25534.373 Da / 分子数: 3 / 断片: Fragment: entire cytoplasmic region / 変異: S150I,S153L,R157I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desK, yocF, BSU19190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: タンパク質 Transcriptional regulatory protein DesR


分子量: 15108.367 Da / 分子数: 3 / 断片: Receiver domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: desR, yocG, BSU19200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34723

-
非ポリマー , 5種, 35分子

#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, PEG600, MgCl2, Tris, MES, Li2SO4, MgSO4, Glycerol, AMP-PCP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→82.01 Å / Num. obs: 34302 / % possible obs: 79.6 % / 冗長度: 17.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.52→2.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1709 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 18.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20191129data processing
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.10.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IUN

5iun
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.52→82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 1.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.328 / SU Rfree Blow DPI: 0.373 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.381
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1720 -RANDOM
Rwork0.2533 ---
obs0.2551 34302 79.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4929 Å20 Å20 Å2
2--1.4929 Å20 Å2
3----2.9858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7955 0 116 22 8093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9911005HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3004SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1428HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8045HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1128SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance36HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle41HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6167SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.07
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.67 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3559 38 -
Rwork0.3312 --
obs0.3326 687 10.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92671.4095-0.97483.4573-0.758900.09690.4693-0.0360.4693-0.07860.2616-0.0360.2616-0.01840.3353-0.5328-0.1736-0.01020.0938-0.1243-14.4079-23.97153.5847
24.85390.5643-0.65244.40640.67565.5559-0.38720.2618-0.24940.26180.2349-0.0232-0.2494-0.02320.15230.2415-0.2426-0.1509-0.13230.002-0.1992-13.5317-28.58726.3183
35.5818-4.09755.139-2.5514-0.20472.1058-0.16820.17560.30570.17560.07960.25050.30570.25050.08850.2823-0.2885-0.027-0.0210.034-0.0146-5.3549-52.92261.2975
41.2607-0.4072-0.05430.0276-0.33380.8083-0.72470.0760.36140.0760.2812-0.16080.3614-0.16080.44350.0855-0.27270.27750.0698-0.35310.039723.8038-74.811127.7094
55.9080.90592.88256.64892.04435.2391-0.0069-1.4420.4875-1.442-0.03910.48910.48750.48910.0460.2722-0.1650.59730.1092-0.1816-0.294120.7788-68.41930.6326
65.14853.05821.2453.4735-1.070911.4201-0.513-0.36530.108-0.3653-0.20920.3570.1080.3570.7222-0.31530.14660.34830.02460.19810.070817.0187-78.279553.2564
7-3.34622.95491.81365.1050.8892.377-0.21290.0081-0.43730.00810.1259-0.2773-0.4373-0.27730.0870.2616-0.22510.02210.0811-0.0190.131711.6889-47.011428.1928
8-0.0163-1.37820.83575.32224.60-0.00270.1203-0.18790.1203-0.0015-0.2518-0.1879-0.25180.00420.258-0.18620.1315-0.1672-0.17870.2583-5.2353-88.741726.6931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|151 - A|243 }A151 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|244 - A|369 A|401 - A|402 A|503 - A|503 }A244 - 369
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|244 - A|369 A|401 - A|402 A|503 - A|503 }A401 - 402
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|244 - A|369 A|401 - A|402 A|503 - A|503 }A503
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|501 - A|501 B|303 - B|303 B|302 - B|302 }A501
6X-RAY DIFFRACTION3{ A|501 - A|501 B|303 - B|303 B|302 - B|302 }B303
7X-RAY DIFFRACTION3{ A|501 - A|501 B|303 - B|303 B|302 - B|302 }B302
8X-RAY DIFFRACTION4{ C|150 - C|243 D|149 - D|243 }C150 - 243
9X-RAY DIFFRACTION4{ C|150 - C|243 D|149 - D|243 }D149 - 243
10X-RAY DIFFRACTION5{ C|244 - C|369 C|401 - C|402 C|502 - C|502 }C244 - 369
11X-RAY DIFFRACTION5{ C|244 - C|369 C|401 - C|402 C|502 - C|502 }C401 - 402
12X-RAY DIFFRACTION5{ C|244 - C|369 C|401 - C|402 C|502 - C|502 }C502
13X-RAY DIFFRACTION6{ D|244 - D|369 D|401 - D|402 D|502 - D|502 }D244 - 369
14X-RAY DIFFRACTION6{ D|244 - D|369 D|401 - D|402 D|502 - D|502 }D401 - 402
15X-RAY DIFFRACTION6{ D|244 - D|369 D|401 - D|402 D|502 - D|502 }D502
16X-RAY DIFFRACTION7{ C|501 - C|501 E|304 - E|304 E|302 - E|302 }C501
17X-RAY DIFFRACTION7{ C|501 - C|501 E|304 - E|304 E|302 - E|302 }E304
18X-RAY DIFFRACTION7{ C|501 - C|501 E|304 - E|304 E|302 - E|302 }E302
19X-RAY DIFFRACTION8{ D|503 - D|503 F|301 - F|301 }D503
20X-RAY DIFFRACTION8{ D|503 - D|503 F|301 - F|301 }F301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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