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- PDB-5itv: Crystal structure of Bacillus subtilis BacC Dihydroanticapsin 7-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itv
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis BacC Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase in complex with NADH
要素Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / NAD(P) binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroanticapsin dehydrogenase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Perinbam, K. / Balaram, H. / Row, T.N.G. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017
タイトル: Probing the influence of non-covalent contact networks identified by charge density analysis on the oxidoreductase BacC.
著者: Perinbam, K. / Balaram, H. / Guru Row, T.N. / Gopal, B.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
B: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
C: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
D: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0638
ポリマ－109,4014
非ポリマー2,6624
水2,360131
1
A: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
B: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0314
ポリマ－54,7012
非ポリマー1,3312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19870 Å2
2
C: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
D: Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0314
ポリマ－54,7012
非ポリマー1,3312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18950 Å2
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17660 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area31970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.750, 88.080, 78.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 255 / Label seq-ID: 1 - 255

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Dihydroanticapsin 7-dehydrogenase / Bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC


分子量: 27350.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: bacC, ywfD, BSU37720, ipa-82d / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39640, dihydroanticapsin dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350, 10% v/v Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月15日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→38.1 Å / Num. obs: 46073 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLM7.2.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→38.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.622 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22097 2205 4.8 %RANDOM
Rwork0.20717 ---
obs0.20783 43846 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20.1 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→38.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7391 0 176 131 7698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.98310480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.771317016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1295987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.55526.408309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.707151295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3311516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1252.4043962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9763.5994945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9763.5994946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3032.7193745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3032.7193746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.273.9985536
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.81222.86632374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.80722.87132328
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A157060.03
12B157060.03
21A157260.02
22C157260.02
31A137150.02
32D137150.02
41B157070.03
42C157070.03
51B136790.03
52D136790.03
61C137090.02
62D137090.02
LS精密化 シェル解像度: 2.256→2.315 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 174 -
Rwork0.28 3189 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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