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- PDB-5isz: Crystal structure of LS01-TCR/M1-HLA-A*02 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5isz
タイトルCrystal structure of LS01-TCR/M1-HLA-A*02 complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • TCRalpha chain
  • TCRbeta chain
  • influenza M1 for peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR-HLA*A2 / M1 / influenza / matrix protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Viral mRNA Translation / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / viral budding from plasma membrane / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / structural constituent of virion / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Matrix protein 1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Stern, L.J. / Selin, L.K. / Song, I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI038996 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109858 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI49320 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Broad TCR repertoire and diverse structural solutions for recognition of an immunodominant CD8(+) T cell epitope.
著者: Song, I. / Gil, A. / Mishra, R. / Ghersi, D. / Selin, L.K. / Stern, L.J.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: influenza M1 for peptide
D: TCRalpha chain
E: TCRbeta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3078
ポリマ－94,0305
非ポリマー2763
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area38380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.810, 75.460, 121.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pML1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11635.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pML1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 TCRalpha chain


分子量: 22189.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 TCRbeta chain


分子量: 27385.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド influenza M1 for peptide


分子量: 966.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03485*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 606分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 % / Mosaicity: 1.27 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% (w/v) PEG 4000, 100 mM Na-HEPES pH 7.0, 200 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→120.066 Å / Num. obs: 65704 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.178 / Net I/av σ(I): 2.93 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.06-2.175.50.491.5184.9
2.17-2.35.30.4241.7188.3
2.3-2.465.30.3542190.8
2.46-2.665.30.2782.5193.3
2.66-2.915.40.2392.8195
2.91-3.265.60.2093.1196
3.26-3.7660.1843.4197.5
3.76-4.616.70.1574199.5
4.61-6.517.10.1234.91100
6.51-36.0256.80.0778.4198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.57 Å35.99 Å
Translation7.57 Å35.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OGA

1oga


解像度: 2.06→29.143 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 2841 5 %
Rwork0.1838 --
obs0.1846 56793 80.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6611 0 18 603 7232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6929277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8344046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.09550.27911180.2362309X-RAY DIFFRACTION69
2.0955-2.13360.23311140.22842286X-RAY DIFFRACTION69
2.1336-2.17470.2361240.21312280X-RAY DIFFRACTION69
2.1747-2.2190.23591290.20892286X-RAY DIFFRACTION68
2.219-2.26730.23971260.21662319X-RAY DIFFRACTION70
2.2673-2.320.26141130.21912311X-RAY DIFFRACTION70
2.32-2.3780.25061230.21912408X-RAY DIFFRACTION71
2.378-2.44220.25391240.22382400X-RAY DIFFRACTION72
2.4422-2.51410.27951240.21682445X-RAY DIFFRACTION73
2.5141-2.59520.22691350.21572495X-RAY DIFFRACTION75
2.5952-2.68790.24031320.21652566X-RAY DIFFRACTION77
2.6879-2.79540.21641400.22342657X-RAY DIFFRACTION80
2.7954-2.92250.23991540.21352754X-RAY DIFFRACTION83
2.9225-3.07640.27211590.21542860X-RAY DIFFRACTION86
3.0764-3.26890.17831630.19562985X-RAY DIFFRACTION89
3.2689-3.52090.19581650.18483129X-RAY DIFFRACTION93
3.5209-3.87450.18891550.1643278X-RAY DIFFRACTION97
3.8745-4.43350.15411820.13913351X-RAY DIFFRACTION99
4.4335-5.57930.13731830.13563385X-RAY DIFFRACTION100
5.5793-29.14550.19551780.18393448X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2882-0.17070.96111.5094-0.41422.6807-0.0783-0.06840.31020.1021-0.0107-0.111-0.217-0.04210.04710.14490.00540.00070.0724-0.00360.182747.3147-29.698950.1589
22.42820.2061.03131.8937-0.71192.20020.13350.2448-0.5947-0.3602-0.0216-0.3010.55290.0095-0.15180.25140.00070.02110.1356-0.04170.26250.0773-46.479148.1181
31.5779-0.20511.33961.6965-1.43053.75330.0367-0.0101-0.28980.01040.0053-0.07270.3738-0.1475-0.13080.19140.00280.00990.0979-0.0270.243443.1794-44.530552.9857
44.1786-0.9604-1.63942.51941.25934.7625-0.00680.5761-0.2575-0.44120.1808-0.31830.48520.56180.00270.37220.009-0.00040.4509-0.08010.255553.9792-37.436116.6248
55.0223-0.24545.36951.79040.10835.8944-0.0756-0.0072-0.1228-0.0129-0.0414-0.26810.4114-0.0838-0.18610.15510.00720.04020.34990.0290.258861.1438-27.462631.8383
62.5932-0.96890.80724.2987-2.70843.78810.05450.43220.1586-0.38050.03880.0541-0.0232-0.0657-0.0780.1652-0.00130.01610.3370.0150.193851.1215-20.599624.2233
73.4932-1.95752.77764.0351-0.46853.7453-0.16760.24430.3950.7092-0.5452-0.4258-0.87360.57240.7030.102-0.0079-0.02340.23380.04680.26660.5715-19.270336.989
82.48351.1307-2.73531.7047-3.59367.5140.29040.11610.59060.8723-0.11660.1334-1.4088-0.1989-0.28790.2345-0.0194-0.03720.22580.03660.476953.9519-16.129135.179
97.9772-1.7881.54317.8013-3.71631.83250.11270.4375-0.7729-0.4094-0.3793-0.77711.1480.41310.14020.26910.00810.01140.1051-0.04190.369756.9973-37.936241.132
101.8805-0.16630.35177.4522-5.87375.1835-0.1310.65480.2038-0.2169-0.2164-0.2049-0.30960.29090.15240.2048-0.0309-0.02690.32180.08820.26553.6759-16.825826.2947
112.7613-4.27664.35917.1186-6.78427.2653-0.20970.22090.3695-0.07160.040.1315-0.64180.27020.25080.1842-0.0518-0.01080.32260.1050.353562.1289-16.397430.1292
125.3358-3.76925.71116.8626-1.42678.44960.0520.12720.1893-0.1525-0.2781-0.234-0.33360.13240.04930.1534-0.02920.0240.16240.00330.22870.1439-22.237137.9673
137.2980.60134.57386.89121.30265.37710.27241.3828-0.0832-1.28360.1298-0.4914-0.17990.4662-0.220.32240.05270.10840.63590.0530.263161.1387-20.556120.4965
142.2281-0.949-0.22690.4310.09970.014-0.2884-0.41820.1490.07060.1638-0.0541-0.1074-0.16330.17970.1429-0.0002-0.01630.1768-0.03340.2745.0857-37.925857.7433
152.28682.0382-2.71242.2642-1.64193.85520.07210.03580.19040.05260.16330.4434-0.2764-0.6266-0.23610.18090.050.00950.26550.01050.289927.5882-50.377774.0795
161.99632.0134-1.46993.6439-1.38186.2288-0.06320.0593-0.051-0.33240.05180.10380.4196-0.26980.09030.1156-0.02520.00910.24-0.0370.250829.5247-58.365771.6343
171.4032.0149-2.70122.779-3.97877.9180.15730.16570.20190.25710.10170.4406-0.6237-0.7234-0.22140.21410.04050.02290.18720.00270.271830.155-43.440369.4423
183.42732.4711-4.44612.5666-3.34186.35860.1916-0.24990.08220.29540.09-0.22860.37750.2337-0.27480.3762-0.0784-0.00480.4049-0.10780.210321.089-59.162494.4356
191.89730.11730.17392.2013-0.09640.02160.1974-1.0351.03071.60190.0219-0.02890.107-0.2786-0.10950.593-0.13320.01091.1275-0.22560.548919.7717-43.2617116.5095
208.5164-2.59120.76337.1514-2.13287.6909-0.04180.11290.01880.2106-0.1270.43220.06480.12880.1580.2706-0.11330.04920.4214-0.04570.226215.241-52.1991102.2092
216.6153-3.11030.92383.4252-0.73884.40240.4515-0.03440.3936-0.3012-0.4575-0.11640.0309-0.21210.10780.2559-0.08470.0140.4248-0.13430.306221.5324-50.4848102.2341
223.29220.46210.50274.0052-2.38255.19930.3703-0.95690.59221.0909-0.28720.4328-0.3469-0.197-0.43770.4019-0.08450.05730.598-0.19830.39869.3299-48.6551109.1279
233.1340.691-0.78870.8211-0.36474.08050.012-0.61380.47050.7704-0.08770.0917-0.4662-0.2183-0.09370.5495-0.04470.02170.3544-0.1170.299738.9412-27.983585.4305
241.7859-0.4431-0.73835.04241.06884.18530.05030.01180.18510.2583-0.13840.4024-0.565-0.21610.05160.2322-0.00610.00760.1744-0.02960.197137.2289-31.898874.0871
253.71120.5053-0.45170.07840.11154.5007-0.02360.32460.64140.1627-0.10150.5509-0.6974-0.4908-0.10160.83710.02650.25690.3928-0.23870.541127.5625-23.599795.2803
262.21780.8771-0.98793.0352-0.14491.74650.2897-0.6820.1190.3961-0.1151-0.0898-0.24670.0962-0.21680.353-0.09-0.01540.5404-0.1110.22327.2002-44.0624108.8061
272.31520.0063-0.02084.984-0.84992.16590.2207-0.37190.29190.1493-0.0018-0.119-0.56060.165-0.1820.4515-0.11790.09040.5142-0.16930.270130.7135-37.4489106.5191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 275 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 41 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 56 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 62 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 78 through 83 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 84 through 90 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 91 through 99 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 9 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 2 through 50 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 51 through 85 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 86 through 104 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 105 through 118 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 119 through 131 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 132 through 147 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 148 through 174 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 175 through 201 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 3 through 27 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 28 through 108 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 109 through 123 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 124 through 161 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 162 through 243 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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