PDB-5is6: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with Sinefungin at 2....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5is6

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with Sinefungin at 2.0 Angstroms resolution

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.007 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with Sinefungin at 2.0 Angstroms resolution
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5is6.cif.gz	812.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5is6.ent.gz	688.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5is6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5is6_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5is6_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5is6_validation.xml.gz	60.5 KB	表示
CIF形式データ	5is6_validation.cif.gz	88.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lv3-d 6s77-d 5lv2-1 5tbi-d 6s70-d 6s71-d 2y1x-d 6s7b-d 5tbh-d 5dx8-d 2y1w-d 6s79-d 5isg-d 5k8v-d 5dxa-d 6s7a-d 5lv2-2 6s7c-d 5dwq-d 5k8x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.685, 98.090, 206.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-820- HOH
2	1	C-814- HOH
3	1	C-862- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1060分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 28 % NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20.2 Å / Num. obs: 100193 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.007→20.167 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.41

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1772	4976	4.97 %	Random selection
R_work	0.1373	-	-	-
obs	0.1393	100125	98.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.007→20.167 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11000	0	236	1036	12272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	11573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	15640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.198	6845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	1704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0073-2.0301	0.2316	95	0.1637	1652	X-RAY DIFFRACTION	53
2.0301-2.054	0.2158	187	0.1553	3170	X-RAY DIFFRACTION	99
2.054-2.079	0.1825	145	0.1507	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.1053	0.1864	157	0.1493	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.133	0.2241	161	0.1472	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.133-2.1622	0.2016	173	0.1413	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1622-2.193	0.1946	170	0.1377	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.2257	0.1885	190	0.1261	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2257-2.2604	0.1797	161	0.1311	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2604-2.2975	0.1628	153	0.126	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2975-2.337	0.1747	163	0.1305	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.337-2.3794	0.2072	147	0.1259	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3794-2.4251	0.1744	183	0.13	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4251-2.4746	0.1886	173	0.1308	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4746-2.5283	0.1918	152	0.1267	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5283-2.587	0.1813	177	0.1282	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.6515	0.1698	165	0.1281	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6515-2.723	0.1792	162	0.1299	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.723-2.803	0.1747	168	0.1357	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.803-2.8932	0.177	167	0.1397	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8932-2.9963	0.1958	154	0.1468	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9963-3.1158	0.1993	190	0.1535	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1158-3.2571	0.184	159	0.1508	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.428	0.1625	160	0.1477	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-3.6416	0.1831	158	0.1377	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6416-3.9209	0.1636	189	0.1312	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9209-4.312	0.1474	180	0.1174	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.312-4.928	0.1409	159	0.1105	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
4.928-6.1789	0.1686	176	0.1446	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1789-20.1677	0.1876	202	0.1743	3413	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6043	-0.2713	-0.0842	0.5636	-0.0108	0.8584	0.0307	-0.1008	0.1048	0.0707	-0.0156	0.0365	-0.1268	0.0309	0.0426	0.1492	-0.051	0.0293	0.1487	-0.0558	0.1266	55.1487	40.1383	132.9315
2	0.5307	0.0504	0.231	-0.0571	0.1613	0.3151	0.106	-0.0333	-0.0947	0.0284	-0.0427	0.0148	0.0385	0.0317	0.0167	0.1262	-0.026	0.0105	0.1332	-0.0075	0.1948	47.875	11.8288	118.9404
3	0.1726	-0.0155	-0.1469	1.0422	0.1497	0.7236	0.0311	-0.0388	-0.0367	-0.0643	-0.0081	-0.0592	0.0419	0.0363	0.0155	0.1003	-0.0281	0.0306	0.1522	-0.0163	0.1538	60.3529	19.0269	118.8792
4	0.4623	-0.1862	-0.3946	0.8221	0.5615	1.3008	0.1054	0.0762	0.0312	-0.0517	0.0145	-0.0185	-0.1475	-0.105	0.079	0.1366	0.0248	0.0205	0.1241	0.0215	0.16	19.0637	19.7309	114.7093
5	0.538	0.2147	0.1707	0.141	-0.0879	0.1614	0.1857	-0.2466	-0.2134	0.1548	-0.0894	-0.0651	0.0773	0.056	0.054	0.2401	-0.0596	0.0747	0.287	-0.0325	0.173	38.4684	29.2061	148.0371
6	0.1256	0.0032	0.0058	0.2992	0.3575	0.4066	0.1038	-0.0597	0.155	0.1062	-0.1256	0.0207	0.0907	-0.0653	0	0.1992	-0.0097	0.0473	0.2388	0.0045	0.2357	17.3093	21.7849	137.3837
7	0.4681	-0.0284	-0.1163	0.0592	0.2788	0.9017	0.1306	-0.1045	-0.016	0.052	-0.0455	-0.0192	0.0111	-0.0266	0.0462	0.1899	-0.0233	0.0418	0.1945	0.0162	0.1727	17.1462	22.6435	139.8095
8	0.216	0.0509	0.2214	0.3407	0.0038	0.2175	0.1303	-0.2351	0.046	-0.0323	-0.0443	-0.2125	-0.031	0.1761	0.0025	0.2276	-0.0243	0.0697	0.2502	-0.0227	0.2296	24.9676	29.7215	141.2328
9	0.8041	0.2287	-0.7023	0.4416	-0.1001	0.8401	0.06	0.131	0.1305	-0.0276	0.0074	0.0422	-0.1471	0.0472	0.0001	0.2143	0.0158	0.0186	0.1941	0.0227	0.1699	23.0432	42.312	174.8433
10	0.491	-0.0318	0.2768	0.1611	-0.2238	0.1738	0.0413	-0.0049	-0.1238	0.0343	0.0076	0.1234	-0.0251	-0.0092	0	0.1809	0.0162	0.0214	0.1543	0.0023	0.1691	26.045	21.1522	190.2036
11	0.5338	-0.311	-0.1797	0.6196	-0.2047	0.3065	-0.0146	0.0365	-0.1476	0.0533	0.0098	0.1904	0.0131	-0.011	-0.0051	0.1778	0.0149	0.0306	0.1701	-0.0103	0.2301	16.5411	20.2185	190.0886
12	0.6234	0.3687	-0.2205	0.6918	-0.1427	0.6781	0.0559	-0.0683	-0.0315	0.0297	-0.0339	-0.0655	-0.0599	0.0411	-0	0.1757	-0.0003	0.0022	0.1432	-0.0131	0.1786	57.1924	18.0066	195.1198
13	0.3011	-0.159	0.0342	0.075	0.0332	0.0749	0.1131	0.2052	-0.1101	-0.1194	-0.0684	0.0282	0.0275	-0.0261	-0	0.23	0.014	0.028	0.2975	-0.0171	0.1729	39.6677	28.1331	163.2019
14	0.1149	-0.0671	-0.008	0.1524	-0.2094	0.3634	-0.0695	0.1436	0.0323	0.017	-0.0748	-0.0177	-0.0439	0.2833	-0.0162	0.2367	0.0336	0.0318	0.2498	-0.0209	0.218	63.2176	22.9758	174.0533
15	0.2411	0.1439	-0.1115	0.1222	-0.1988	0.2411	0.0252	0.1404	-0.1226	-0.0842	-0.0288	-0.0569	0.161	0.058	0	0.2339	0.0264	0.0276	0.2214	-0.0361	0.1946	58.2536	17.4987	169.3916
16	0.2002	-0.0454	0.2285	0.2105	0.0372	0.2717	0.0793	0.1732	-0.0986	0.0938	-0.0978	0.0498	-0.135	-0.0688	0.0005	0.2229	0.0364	0.034	0.2825	-0.0263	0.1835	54.8665	29.9839	168.0611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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