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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5is1
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of sensor histidine kinase YycG from Staphylococcus aureus at 2.0 Angstrom resolution
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / PAS/PDC domain / sensor histidine kinase / nest motif / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Periplasmic sensor-like domain superfamily / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal ...: / Periplasmic sensor-like domain superfamily / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein kinase WalK / Sensor protein kinase WalK
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Kim, T. / Choi, J. / Lee, S. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Studies on the Extracellular Domain of Sensor Histidine Kinase YycG from Staphylococcus aureus and Its Functional Implications
著者: Kim, T. / Choi, J. / Lee, S. / Yeo, K.J. / Cheong, H.K. / Kim, K.K.
履歴
登録2016年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4001
ポリマ－17,4001
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Histidine kinase

A: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7992
ポリマ－34,7992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)50.610, 50.610, 93.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-269-

HOH

21A-270-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase / sensor histidine kinase YycG / PAS domain-containing sensor histidine kinase / Two-component sensor ...sensor histidine kinase YycG / PAS domain-containing sensor histidine kinase / Two-component sensor histidine kinase / Two-component sensor histidine kinase (YycG)


分子量: 17399.508 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domai, UNP residues 33-182 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: RN4220
遺伝子: walK, walK_1, AL493_01420, AL498_11610, AL508_14645, AM595_00105, ASU36_11995, AUC48_00105, AUC49_00105, AUC50_00105, BN1321_430109, CH51_00105, EQ80_000105, ER12_000105, ERS092844_02460, ...遺伝子: walK, walK_1, AL493_01420, AL498_11610, AL508_14645, AM595_00105, ASU36_11995, AUC48_00105, AUC49_00105, AUC50_00105, BN1321_430109, CH51_00105, EQ80_000105, ER12_000105, ERS092844_02460, ERS093009_00906, ERS179246_01836, ERS195423_01765, ERS365775_01678, ERS410449_00558, ERS411009_01438, ERS411017_01103, ERS445051_00023, ERS445052_00659, FE68_05490, NI36_00110, RL02_04070, RT87_00105, SA7112_13655, SASCBU26_00023
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V5YQR2, UniProt: Q2G2U4*PLUS, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 40-55% (w/v) PEG 400, 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→20 Å / Num. obs: 9779 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 41.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 71.355
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.0710.50.3311100
2.07-2.1510.70.2391100
2.15-2.2510.70.1641100
2.25-2.3710.70.1271100
2.37-2.5210.70.0981100
2.52-2.7110.60.0721100
2.71-2.9910.50.0581100
2.99-3.4210.30.051100
3.42-4.39.90.045199.9
4.3-208.70.045194.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.998→19.829 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 986 10.11 %
Rwork0.2035 --
obs0.206 9749 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.55 Å2 / Biso mean: 54.0375 Å2 / Biso min: 18.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.998→19.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1150 0 0 75 1225
Biso mean---69.71 -
残基数----142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3851594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.77461
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9982-2.10340.18321370.130312311368100
2.1034-2.2350.19071360.147112271363100
2.235-2.40730.21031430.158812481391100
2.4073-2.64910.23331370.173212441381100
2.6491-3.03120.20861410.185612511392100
3.0312-3.81460.23471430.208412721415100
3.8146-19.83010.241490.23061290143996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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