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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5irw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of avidin in complex with 1-desthiobiotinylpyrene | |||||||||
![]() | Avidin | |||||||||
![]() | biotin binding protein / complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Strzelczyk, P. / Bujacz, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of the Avidin Interactions with Fluorescent Pyrene-Conjugates: 1-Biotinylpyrene and 1-Desthiobiotinylpyrene. 著者: Strzelczyk, P. / Plazuk, D. / Zakrzewski, J. / Bujacz, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 123 / Label seq-ID: 3 - 123
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14349.097 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-D9P / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus Screen (Molecular Dimensions) A1 solution (0.1 M IMIDAZOLE/MES MONOHYDRATE (ACID) BUFFER PH 6.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20000, 20% V/V PEG 500 MME, 0.03 M MAGNESIUM CHLORIDE ...詳細: Morpheus Screen (Molecular Dimensions) A1 solution (0.1 M IMIDAZOLE/MES MONOHYDRATE (ACID) BUFFER PH 6.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20000, 20% V/V PEG 500 MME, 0.03 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE AND 0.03 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.53 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.34 |
反射 シェル | 冗長度: 6.79 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VGW 解像度: 2.1→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 15.944 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.376 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.68 Å
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拘束条件 |
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