PDB-5iru: Crystal structure of avidin in complex with 1-biotinylpyrene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iru

タイトル

Crystal structure of avidin in complex with 1-biotinylpyrene

要素

Avidin

キーワード

biotin binding protein / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Strzelczyk, P. / Bujacz, G.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2016
タイトル: Structural Characterization of the Avidin Interactions with Fluorescent Pyrene-Conjugates: 1-Biotinylpyrene and 1-Desthiobiotinylpyrene.
著者: Strzelczyk, P. / Plazuk, D. / Zakrzewski, J. / Bujacz, G.

履歴

登録	2016年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iru.cif.gz	212.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iru.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iru_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iru_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5iru_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5iru_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5iru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5iru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5irwC 3vgwS 1vyo 4i60 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1y55-1 2of8-1 3vhm-d 5irw-d 4zc6-d 2fhl-1 2of9-1 2avi-1 6bh9-d 1wbi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avidin

B: Avidin

C: Avidin

D: Avidin

ヘテロ分子

60 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.160, 81.950, 107.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	3 - 122	3 - 122
2	1	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	3 - 122	3 - 122
1	2	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	3 - 122	3 - 122
2	2	LYS	LYS	ARG	ARG	C	C	3 - 122	3 - 122
1	3	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	3 - 122	3 - 122
2	3	LYS	LYS	ARG	ARG	D	D	3 - 122	3 - 122
1	4	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	2 - 123	2 - 123
2	4	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	2 - 123	2 - 123
1	5	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	2 - 122	2 - 122
2	5	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	2 - 122	2 - 122
1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	C	C	2 - 122	2 - 122
2	6	ARG	ARG	ARG	ARG	D	D	2 - 122	2 - 122

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質

Avidin

分子量: 14349.097 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-B9P / 1-biotinylpyrene / 1-[5-[(3aβ,6aβ)-2-オキソヘキサヒドロ-1H-チエノ[3,4-d]イミダゾ-ル-4α-イル]ペンタノイ(以下略)

分子量: 428.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₄N₂O₂S

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M trimethylamine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34767 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.41 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.48
反射シェル	冗長度: 6.62 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VGW

3vgw

解像度: 2→46.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 15.654 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26495	1739	5 %	RANDOM
R_work	0.22186	-	-	-
obs	0.22401	33028	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.584 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.33 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→46.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3828	0	180	227	4235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.979	1.937	5584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.822	3	8732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.241	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.629	23.721	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.763	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.802	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.817	2.044	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.808	2.042	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.127	3.041	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.128	3.044	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.151	2.551	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.151	2.551	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.381	3.735	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.53	21.539	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.529	21.547	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12788	0.09
1	2	B	12788	0.09
2	1	A	12968	0.08
2	2	C	12968	0.08
3	1	A	12768	0.1
3	2	D	12768	0.1
4	1	B	13154	0.09
4	2	C	13154	0.09
5	1	B	13074	0.08
5	2	D	13074	0.08
6	1	C	12918	0.1
6	2	D	12918	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	127	-
R_work	0.342	2402	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.218	-1.9416	4.0571	6.0614	0.1314	12.5926	0.177	0.4084	-0.1432	-0.3247	-0.1698	-0.02	0.8777	0.5137	-0.0072	0.12	0.0344	0.0072	0.3154	-0.1283	0.1084	31.274	-5.131	0.896
2	5.5787	1.139	1.0248	10.8658	-0.3226	8.2342	-0.0776	0.3364	0.7663	-1.6789	0.2879	-0.5501	-0.1241	0.1553	-0.2102	0.28	0.0202	0.093	0.295	-0.0437	0.1892	28.598	2.923	1.089
3	11.7227	0.5141	-6.1376	2.0599	-1.2517	8.5393	-0.0426	-0.3497	-0.308	0.0451	0.0975	0.1612	0.3315	0.092	-0.055	0.0592	-0.0004	-0.0252	0.1769	-0.0141	0.0473	20.868	-3.687	15.203
4	3.3273	-1.7867	-2.8197	11.1318	6.4482	17.0019	-0.3611	0.7266	0.2484	-1.8397	0.0376	0.8194	-0.33	-1.4542	0.3235	0.474	-0.1178	-0.2371	0.5812	-0.0016	0.1338	8.354	1.712	-0.027
5	3.9597	0.6851	-0.494	8.9132	2.3399	8.3591	-0.123	0.3813	-0.3435	-0.1365	0.2194	0.4342	0.4507	-1.0152	-0.0964	0.0728	-0.0319	-0.0563	0.3849	-0.0618	0.1201	11.639	-4.365	5.411
6	8.6117	2.0812	2.1796	2.1751	1.1371	4.6375	0.2178	0.0977	0.7649	-0.14	-0.0232	0.1788	-0.6096	-0.3096	-0.1947	0.1217	0.0799	0.0763	0.2532	0.0104	0.1105	20.862	10.283	9.101
7	3.4099	1.0349	0.9294	8.5443	3.5215	9.3002	0.1869	0.075	0.2069	1.837	-0.2448	0.9493	0.0498	-0.4573	0.0578	0.4589	-0.0131	0.2346	0.3454	0.0008	0.1238	11.875	7.612	34.823
8	3.4494	-1.0646	1.6136	9.5636	-2.7385	6.0817	0.2852	0.0218	0.5427	1.1075	-0.0298	0.8629	-0.632	-0.6866	-0.2554	0.2255	0.0709	0.2039	0.3105	0.0333	0.2146	13.167	13.882	28.839
9	9.0518	-1.9526	-0.7473	2.9839	0.5051	2.9447	-0.0476	0.4234	-0.1351	0.1702	-0.0798	-0.0996	0.7016	-0.2876	0.1274	0.1722	-0.0724	0.0225	0.1663	0.0038	0.0189	22.769	-0.046	23.216
10	1.0612	1.7517	-0.8358	9.8392	1.4709	4.6267	0.1733	-0.1171	-0.1211	0.7906	-0.2286	-0.2257	-0.9572	0.5434	0.0554	0.4623	-0.1349	-0.0413	0.2159	-0.0537	0.0458	33.378	16.545	28.992
11	0.6704	-1.3346	0.5615	9.8021	-2.8724	6.8632	-0.0011	0.0149	0.0733	0.782	-0.0648	-0.6625	-0.0238	0.3241	0.066	0.0976	-0.0212	-0.064	0.1949	-0.0151	0.0574	31.428	7.963	29.872
12	12.1112	0.9289	3.4118	1.1138	0.85	4.205	-0.0393	0.009	0.2738	-0.3932	0.147	0.1868	-0.4156	-0.1729	-0.1077	0.1749	-0.0063	-0.0437	0.1647	0.0166	0.0791	20.194	13.805	17.304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	47 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	96 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	47 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	96 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 46
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	47 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	96 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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