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- PDB-2of9: Crystal structure of apo AVR4 (D39A/C122S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2of9
タイトルCrystal structure of apo AVR4 (D39A/C122S)
要素Avidin-related protein 4/5
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / avidin / streptavidin / AVR4 / high affinity / pseudo catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Avidin-related protein 4/5
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Livnah, O. / Hayouka, R. / Eisenberg-Domovich, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Critical importance of loop conformation to avidin-enhanced hydrolysis of an active biotin ester.
著者: Hayouka, R. / Eisenberg-Domovich, Y. / Hytonen, V.P. / Maatta, J.A. / Nordlund, H.R. / Kulomaa, M.S. / Wilchek, M. / Bayer, E.A. / Livnah, O.
履歴
登録2007年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin-related protein 4/5
B: Avidin-related protein 4/5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,92017
ポリマ－28,2302
非ポリマー69015
水3,225179
1
A: Avidin-related protein 4/5
B: Avidin-related protein 4/5
ヘテロ分子

A: Avidin-related protein 4/5
B: Avidin-related protein 4/5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,84034
ポリマ－56,4604
非ポリマー1,38130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area15660 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.611, 77.611, 110.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: Y+1, -X+1, -Z+0.5

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要素

#1: タンパク質 Avidin-related protein 4/5


分子量: 14114.935 Da / 分子数: 2 / 変異: D39A, C122S, D239A, C322S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: AVR4 / プラスミド: pET101/D-TOPOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AITM / 参照: UniProt: P56734
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.5-1.9M NaFormate, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日 / 詳細: optical hutch ID29
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→63.25 Å / Num. obs: 73560 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 38.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.35→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.689 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19173 3707 5 %RANDOM
Rwork0.16967 ---
all0.1715 ---
obs0.17076 69780 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 45 179 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9172777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88934175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0075259
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4260.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1551.51276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90822037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3533773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.44.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.40122049
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.2342179
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.00822007
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.386 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 227
Rwork0.286 4391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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