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万見
- PDB-5ird: Solution structure of Rv1466 from Mycobacterium tuberculosis, a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ird
タイトルSolution structure of Rv1466 from Mycobacterium tuberculosis, a protein associated with [Fe-S] complex assembly and repair - Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target MytuD.17486.a
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / infectious disease / TB / [Fe-S] complexes / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性: / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / MIP18 family-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200025C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of Rv1466, a Mycobacterium tuberculosis protein associated with [Fe-S] cluster assembly and repair.
著者: Buchko, G.W. / Hewitt, S.N. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2016年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6881
ポリマ－12,6881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Rv1466


分子量: 12688.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: MRA_1475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A5U2G9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic32D 1H-15N HSQC
121anisotropic42D 1H-13C HSQC aliphatic
131anisotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
141anisotropic23D HN(CA)CB
151anisotropic33D CBCA(CO)NH
171anisotropic33D HNCO
161anisotropic33D H(CCO)NH
1101anisotropic13D C(CO)NH
191anisotropic32D Delta
182anisotropic3Deuterium exchange
1121anisotropic33D 1H-15N NOESY
1111anisotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
1131anisotropic33D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-13C; U-15N] Rv1466, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 93% H2O/7% D2ORv146693% H2O/7% D2O
solution20.5 mM [U-15N] Rv1466, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 100% D2ORv14666_N15100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRv1466[U-13C; U-15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMRv1466[U-15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
試料状態イオン強度: .12 M / Ionic strength err: 0.005 / Label: Condition_1 / pH: 7 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian VXRSVarianVXRS7503
Varian VXRSVarianVXRS8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.115Goddardデータ解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 5.0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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