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- PDB-5iqw: 1.95A resolution structure of Apo HasAp (R33A) from Pseudomonas a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iqw
タイトル1.95A resolution structure of Apo HasAp (R33A) from Pseudomonas aeruginosa
要素Heme acquisition protein HasAp
キーワードHEME BINDING PROTEIN / HEMOPHORE / H32 LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / Heme acquisition protein HasAp
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kumar, R. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB0818488, MCB1158469 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Replacing Arginine 33 for Alanine in the Hemophore HasA from Pseudomonas aeruginosa Causes Closure of the H32 Loop in the Apo-Protein.
著者: Kumar, R. / Qi, Y. / Matsumura, H. / Lovell, S. / Yao, H. / Battaile, K.P. / Im, W. / Moenne-Loccoz, P. / Rivera, M.
履歴
登録2016年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2125
ポリマ－18,8151
非ポリマー3964
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子

A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,42310
ポリマ－37,6312
非ポリマー7938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.781, 92.781, 95.714
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Heme acquisition protein HasAp


分子量: 18815.418 Da / 分子数: 1 / 断片: HasAp / 変異: R33A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: G3XD33
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M HEPES, 0.05 M Cd(SO4) hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.86 Å / Num. obs: 31128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 34.99 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.95-213.21.7711100
8.94-47.8610.30.035199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.52 Å66.47 Å
Translation6.52 Å66.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ELL

3ell


解像度: 1.95→33.309 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.71
詳細: The number of reflections used during refinement is greater than the number unique reflections reported for data scaling. This is due to the fact that Friedel pairs were kept separate during ...詳細: The number of reflections used during refinement is greater than the number unique reflections reported for data scaling. This is due to the fact that Friedel pairs were kept separate during refinement to refine the anomalous scattering factors for the Cd2+ atoms.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 2853 4.91 %
Rwork0.1852 --
obs0.1865 58073 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.3 Å2 / Biso mean: 47.7509 Å2 / Biso min: 25.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→33.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1284 0 7 72 1363
Biso mean--52.73 51.96 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.141813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.91752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.98360.31311330.291227832916100
1.9836-2.01970.29051150.275427882903100
2.0197-2.05860.30811290.26292755288499
2.0586-2.10060.27961320.252708284099
2.1006-2.14620.32451670.239827472914100
2.1462-2.19610.28231610.229727232884100
2.1961-2.25110.26731300.203727912921100
2.2511-2.31190.22191440.204227592903100
2.3119-2.37990.26621730.202527692942100
2.3799-2.45670.20541440.192927332877100
2.4567-2.54450.19521510.191927342885100
2.5445-2.64630.20981350.189627912926100
2.6463-2.76670.22691700.19227362906100
2.7667-2.91250.23241650.190927602925100
2.9125-3.09480.19461330.193527802913100
3.0948-3.33360.2791120.184627782890100
3.3336-3.66870.17881020.189928272929100
3.6687-4.19870.20131560.159427432899100
4.1987-5.28650.15381380.142227682906100
5.2865-33.31430.19051630.1827472910100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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