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- PDB-5iqk: Rm3 metallo-beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iqk
タイトルRm3 metallo-beta-lactamase
要素beta-lactamase Rm3
キーワードHYDROLASE / lactamase / metallo / metagenomic / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Salimraj, R. / Spencer, J.
資金援助 英国, 米国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100135 英国
Natural Environment Research CouncilNE/E004482/1 英国
European Regional Development Fund500020 英国
R01AI100560 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Rm3, a Subclass B3 Metallo-beta-Lactamase Identified from a Functional Metagenomic Study.
著者: Salimraj, R. / Zhang, L. / Hinchliffe, P. / Wellington, E.M. / Brem, J. / Schofield, C.J. / Gaze, W.H. / Spencer, J.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase Rm3
B: beta-lactamase Rm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4139
ポリマ－57,9552
非ポリマー4587
水5,441302
1
A: beta-lactamase Rm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2395
ポリマ－28,9781
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase Rm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1744
ポリマ－28,9781
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.880, 74.450, 77.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase Rm3


分子量: 28977.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pLHZRM3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ArcticExpress / 参照: UniProt: A0A059Q5E8*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 14% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris, 0.15 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→53.321 Å / Num. obs: 50630 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QDT

2qdt


解像度: 1.75→53.321 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 2574 5.09 %
Rwork0.2028 --
obs0.2042 50593 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→53.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4051 0 7 302 4360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.095665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6321494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.78370.32181180.31152662X-RAY DIFFRACTION97
1.7837-1.82010.31141460.27942667X-RAY DIFFRACTION97
1.8201-1.85970.27281390.26232653X-RAY DIFFRACTION98
1.8597-1.90290.33971490.25552676X-RAY DIFFRACTION98
1.9029-1.95050.31491500.24062606X-RAY DIFFRACTION97
1.9505-2.00330.25351390.2422662X-RAY DIFFRACTION97
2.0033-2.06220.25321460.24122621X-RAY DIFFRACTION97
2.0622-2.12880.24261580.22622641X-RAY DIFFRACTION97
2.1288-2.20490.25331450.21672679X-RAY DIFFRACTION98
2.2049-2.29320.23581480.21752680X-RAY DIFFRACTION98
2.2932-2.39750.26211150.21652663X-RAY DIFFRACTION97
2.3975-2.52390.24881580.21342645X-RAY DIFFRACTION98
2.5239-2.6820.22251320.20682700X-RAY DIFFRACTION97
2.682-2.88910.25731310.21062693X-RAY DIFFRACTION99
2.8891-3.17980.24291510.21392686X-RAY DIFFRACTION98
3.1798-3.63990.21061600.20122662X-RAY DIFFRACTION98
3.6399-4.58550.17811470.16362713X-RAY DIFFRACTION98
4.5855-53.34550.17431420.14062710X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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