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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iqc | ||||||
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タイトル | Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia (CTD of AAC(6')-Ie/APH(2'')-Ia) in complex with GMPPNP, Magnesium, and Gentamicin C1 | ||||||
要素 | Bifunctional AAC/APH | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminoglycoside phosphotransferase activity / aminoglycoside 2''-phosphotransferase / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia. 著者: Caldwell, S.J. / Huang, Y. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iqc.cif.gz | 540 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iqc.ent.gz | 444.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 175-479) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3) 参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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-非ポリマー , 6種, 780分子
#2: 化合物 | ChemComp-GNP / #3: 化合物 | ChemComp-51G / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→90.44 Å / Num. obs: 67678 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5BYL 解像度: 2.3→90.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 15.42 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.437 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→90.44 Å
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拘束条件 |
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