PDB-5iqa: Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia (CTD of AAC(6')-Ie/APH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iqa

タイトル

Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia (CTD of AAC(6')-Ie/APH(2'')-Ia) in complex with GMPPNP and Magnesium

要素

Bifunctional AAC/APH

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside 2''-phosphotransferase / aminoglycoside phosphotransferase activity / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Antibiotic Binding Drives Catalytic Activation of Aminoglycoside Kinase APH(2)-Ia.
著者: Caldwell, S.J. / Huang, Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iqa.cif.gz	529.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iqa.ent.gz	435.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iqa_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iqa_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5iqa_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	5iqa_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/5iqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bylC 5iqbC 5iqcC 5iqdC 5iqeC 5iqfC 5iqgC 5iqhC 5iqiC 3uzrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iqc-3 6ch4-1 5iqi-1 5iqb-4 6cav-4 5iqh-1 6cgg-3 5iqf-2 5iqb-2 6c5u-2 5iqd-2 6cav-1 6cgg-2 5iqf-4 6cgg-4 5iqb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional AAC/APH

B: Bifunctional AAC/APH

C: Bifunctional AAC/APH

D: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.170, 100.320, 94.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	LYS	LYS	A	A	182 - 478	8 - 304
2	1	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	182 - 478	8 - 304
1	2	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	182 - 479	8 - 305
2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	C	C	182 - 479	8 - 305
1	3	ASN	ASN	LYS	LYS	A	A	182 - 478	8 - 304
2	3	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	182 - 478	8 - 304
1	4	ASN	ASN	LYS	LYS	B	B	182 - 478	8 - 304
2	4	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	182 - 478	8 - 304
1	5	TYR	TYR	ASP	ASP	B	B	179 - 479	5 - 305
2	5	TYR	TYR	ASP	ASP	D	D	179 - 479	5 - 305
1	6	ASN	ASN	LYS	LYS	C	C	182 - 478	8 - 304
2	6	ASN	ASN	LYS	LYS	D	D	182 - 478	8 - 304

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Bifunctional AAC/APH 分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 175-479) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3) 参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月5日
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→56.04 Å / Num. obs: 83016 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.211 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
MOSFLM	0.1.27	データ削減
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
Coot	0.7.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UZR

3uzr

解像度: 2.15→56.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 10.798 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20567	4160	5 %	RANDOM
R_work	0.16687	-	-	-
obs	0.16882	78819	94.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→56.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9813	0	139	721	10673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	10170
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	9266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.562	1.968	13772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.289	3	21400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.714	5	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.258	25.604	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.707	15	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.18	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.802	3.091	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.802	3.09	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.125	4.611	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.125	4.612	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.988	3.496	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.988	3.496	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.268	5.074	7809
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.839	25.924	12208
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.84	25.872	12180
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17745	0.1
1	2	B	17745	0.1
2	1	A	17882	0.09
2	2	C	17882	0.09
3	1	A	17682	0.1
3	2	D	17682	0.1
4	1	B	17663	0.1
4	2	C	17663	0.1
5	1	B	18106	0.08
5	2	D	18106	0.08
6	1	C	17616	0.1
6	2	D	17616	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	305	-
R_work	0.291	6131	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5491	4.3113	1.8205	8.4443	1.804	2.7277	0.0094	0.0648	0.1347	-0.3244	0.1764	0.4778	0.3472	-0.0205	-0.1858	0.2425	0.0332	-0.0211	0.3153	0.0196	0.0933	46.558	-2.864	55.901
2	7.7409	1.8903	-4.7174	8.361	-2.2497	7.2158	0.0227	0.0004	0.0524	-0.1718	0.0251	0.5899	0.1922	-0.2112	-0.0478	0.0655	-0.0173	-0.0228	0.0964	-0.0085	0.1022	44.745	-2.563	36.67
3	1.2058	0.0854	0.8409	2.0253	-0.9831	4.8528	0.0587	0.0826	0.1636	-0.2759	-0.2354	-0.1907	0.1481	0.5246	0.1768	0.0615	0.0416	0.0503	0.2869	0.0287	0.0531	54.814	2.485	51.557
4	8.61	-2.1945	-8.9793	17.8922	4.6808	9.7104	0.0847	0.6336	0.1216	0.1201	-0.0862	0.7553	-0.0151	-0.6719	0.0015	0.2376	0.0106	0.0137	0.3262	-0.0195	0.1658	41.683	0.127	49.988
5	6.9187	-3.1875	3.6465	1.7346	-0.4103	8.1796	0.0624	0.0842	0.2469	-0.1266	-0.1725	-0.135	-0.2967	-0.5451	0.1101	0.2599	-0.0261	0.0726	0.1958	-0.0558	0.3025	43.004	14.047	53.035
6	2.4324	-0.9191	0.0969	3.1105	-1.0092	1.7793	0.0764	0.0213	-0.1063	-0.0605	-0.0463	0.1422	0.0121	-0.0169	-0.03	0.0339	-0.027	0.0027	0.1155	-0.0063	0.0304	46.002	-6.012	71.176
7	3.1043	-1.7544	0.5789	1.7804	-0.4348	0.975	-0.002	-0.0886	0.1679	0.1535	0.0013	0.0934	-0.2344	-0.0013	0.0006	0.1038	-0.0016	0.0565	0.0913	0.0049	0.1281	29.052	11.177	71.359
8	7.7376	3.9159	-2.9344	7.5759	-2.8766	4.7847	-0.1086	0.3399	-0.4874	-0.4782	-0.0522	-0.3584	0.1551	-0.0591	0.1609	0.0999	0.0551	0.0589	0.1258	-0.0219	0.0773	24.35	6.303	59.285
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17	0.4815	-1.5316	-1.0324	16.936	1.3602	2.5273	0.0573	0.0748	0.0416	-0.8202	-0.0055	-0.5503	-0.0141	-0.223	-0.0518	0.1483	0.0323	0.0019	0.322	-0.0143	0.2109	64.314	35.714	75.249
18	11.8495	1.9707	10.6453	6.8463	6.7922	14.2715	-0.0161	0.1719	0.1681	-0.5816	0.0819	-0.6469	-0.5174	0.2694	-0.0659	0.0989	-0.0319	0.0469	0.1229	0.0264	0.2805	66.301	35.06	56.069
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23	2.3189	-1.0104	-0.4955	1.9225	0.4648	1.3722	-0.1735	-0.0556	-0.2603	0.0146	0.0319	0.182	0.1369	-0.0953	0.1416	0.0318	-0.0081	0.045	0.0573	-0.0064	0.1259	81.898	22.402	92.009
24	6.6324	2.3064	1.4169	5.4816	2.3125	6.526	-0.2137	0.2314	0.2894	-0.2319	0.0133	0.4125	0.0848	-0.3287	0.2005	0.0492	0.0031	-0.0061	0.1145	-0.0255	0.0609	86.843	26.519	79.898
25	12.4916	-5.2895	-7.2268	3.372	3.561	4.4158	-0.3858	-0.676	-0.0917	0.1037	0.311	0.2114	0.1796	0.3779	0.0748	0.1901	0.0334	0.0375	0.2746	0.0676	0.2654	74.502	28.93	40.823
26	9.5071	4.5589	1.2993	16.8401	3.3223	0.7092	0.1439	-0.6693	0.3928	-0.1922	-0.173	-0.2285	-0.0054	-0.0554	0.0292	0.0627	-0.0152	0.0366	0.1355	-0.019	0.111	73.309	29.948	60.951
27	0.3545	0.182	-1.0693	2.4241	-1.3047	6.0395	-0.0898	-0.1026	-0.173	-0.0948	-0.1246	-0.0039	0.169	-0.1824	0.2144	0.1133	0.0166	0.0122	0.287	0.0062	0.2352	68.461	20.22	43.483
28	34.8159	-3.7226	-3.0711	1.4264	3.1398	11.5441	-0.3273	0.3848	2.2214	-0.3461	-0.2087	-0.3346	-0.9878	-0.2588	0.5359	0.4806	-0.0003	-0.0463	0.4249	0.1197	0.4421	71.324	32.788	47.157
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31	4.2429	-3.4709	-0.0836	3.9798	0.2211	0.4051	-0.1884	0.0906	0.4329	0.2275	0.1427	-0.2953	-0.0734	-0.0169	0.0457	0.0755	-0.0289	-0.06	0.196	0.0343	0.1368	61.346	49.268	28.421
32	11.3577	5.9574	-4.1021	8.9037	-3.1905	9.7755	-0.9612	-1.0335	0.2745	1.2727	0.4009	-1.2412	0.6881	1.1872	0.5603	0.6902	0.403	-0.4299	0.7056	-0.1124	0.3828	66.937	52.667	40.616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	700 - 702
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	900 - 906
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	182 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	188 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	217 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	237 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	230 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	278 - 318
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	367 - 431
12	X-RAY DIFFRACTION	7	A	319 - 366
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	432 - 447
14	X-RAY DIFFRACTION	8	A	448 - 479
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	500
16	X-RAY DIFFRACTION	9	B	700 - 702
17	X-RAY DIFFRACTION	9	B	900 - 909
18	X-RAY DIFFRACTION	10	B	179 - 187
19	X-RAY DIFFRACTION	11	B	188 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	11	B	217 - 229
21	X-RAY DIFFRACTION	11	B	237 - 277
22	X-RAY DIFFRACTION	12	B	208 - 216
23	X-RAY DIFFRACTION	13	B	230 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	14	B	278 - 318
25	X-RAY DIFFRACTION	14	B	367 - 431
26	X-RAY DIFFRACTION	15	B	319 - 366
27	X-RAY DIFFRACTION	15	B	432 - 447
28	X-RAY DIFFRACTION	16	B	448 - 479
29	X-RAY DIFFRACTION	17	C	500
30	X-RAY DIFFRACTION	17	C	700 - 702
31	X-RAY DIFFRACTION	17	C	900 - 906
32	X-RAY DIFFRACTION	18	C	182 - 187
33	X-RAY DIFFRACTION	19	C	188 - 207
34	X-RAY DIFFRACTION	19	C	217 - 229
35	X-RAY DIFFRACTION	19	C	237 - 277
36	X-RAY DIFFRACTION	20	C	208 - 216
37	X-RAY DIFFRACTION	21	C	230 - 236
38	X-RAY DIFFRACTION	22	C	278 - 318
39	X-RAY DIFFRACTION	22	C	367 - 431
40	X-RAY DIFFRACTION	23	C	319 - 366
41	X-RAY DIFFRACTION	23	C	432 - 447
42	X-RAY DIFFRACTION	24	C	448 - 479
43	X-RAY DIFFRACTION	25	D	500
44	X-RAY DIFFRACTION	25	D	700 - 702
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47	X-RAY DIFFRACTION	27	D	188 - 207
48	X-RAY DIFFRACTION	27	D	217 - 229
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50	X-RAY DIFFRACTION	28	D	208 - 216
51	X-RAY DIFFRACTION	29	D	230 - 236
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53	X-RAY DIFFRACTION	30	D	367 - 431
54	X-RAY DIFFRACTION	31	D	319 - 366
55	X-RAY DIFFRACTION	31	D	432 - 447
56	X-RAY DIFFRACTION	32	D	448 - 479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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