PDB-5ipo: Solution Structure of Hge36: Scorpine-like Peptide from Hadrurus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ipo

タイトル

Solution Structure of Hge36: Scorpine-like Peptide from Hadrurus Gertschi

要素

Hge-scorpine

キーワード

TOXIN / scorpine-like peptide / Hadrurus gertschi / antiparasitic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hadrurus gertschi (サソリ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Flores-Solis, D. / Rodriguez De La Vega, R. / del Rio-Portilla, F.

資金援助

メキシコ, 2件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Solution structure and antiparasitic activity of scorpine-like peptides from Hoffmannihadrurus gertschi.
著者: Flores-Solis, D. / Toledano, Y. / Rodriguez-Lima, O. / Cano-Sanchez, P. / Ramirez-Cordero, B.E. / Landa, A. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Del Rio-Portilla, F.

履歴

登録	2016年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ipo.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ipo.ent.gz	246.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ipo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ipo_validation.pdf.gz	399.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ipo_full_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示
XML形式データ	5ipo_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5ipo_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ipo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ipo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jyhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3llh-2 3ige-1 2rv1-d 2elm-d 1ss1-d 2i1p-d 2kzi-d 2ruv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30033

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hge-scorpine

5.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	Hge-scorpine / Hg-scorpine-like 1 / Hgscplike1 分子量: 5310.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadrurus gertschi (サソリ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q0GY40

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	2	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	10	2	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	9	2	isotropic	1	3D HNCO
1	8	2	isotropic	1	3D HNCA
1	7	2	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	6	2	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	11	2	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	2	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY
1	13	2	isotropic	2	2D 1H-1H TOCSY
1	15	1	isotropic	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	3.0 mM Hge36, 95% H2O/5% D2O	rHge36	95% H2O/5% D2O
solution	2	3.0 mM [U-13C; U-15N] Hge36, 95% H2O/5% D2O	rlHge36	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
3.0 mM	Hge36	natural abundance	1
3.0 mM	Hge36	[U-13C; U-15N]	2

試料状態

イオン強度: 3 mM / Label: cond_1 / pH: 3 / 圧: 585 mmHg / 温度: 25 C

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Bruker AvanceIII	Bruker	AvanceIII	700	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
CARA	Keller and Wuthrich	データ解析
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
AMBER	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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