PDB-5jyh: Solution Structure of Hge36: Scorpine-like Peptide from Hadrurus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jyh

タイトル

Solution Structure of Hge36: Scorpine-like Peptide from Hadrurus Gertschi

要素

Hge-scorpine

キーワード

TOXIN / scorpine-like peptide / Hadrurus gertschi / antiparasitic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hadrurus gertschi (サソリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Flores-Solis, D. / Rodriguez De La Vega, R. / del Rio-Portilla, F.

資金援助

メキシコ, 2件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Solution structure and antiparasitic activity of scorpine-like peptides from Hoffmannihadrurus gertschi.
著者: Flores-Solis, D. / Toledano, Y. / Rodriguez-Lima, O. / Cano-Sanchez, P. / Ramirez-Cordero, B.E. / Landa, A. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Del Rio-Portilla, F.

履歴

登録	2016年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jyh.cif.gz	256.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jyh.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ipoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b88-d 2ruv-d 1apo-d 2elx-d 2b89-d 6px7-d 2vy5-d 2tgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30089

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hge-scorpine

4.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 400	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Hge-scorpine / Hg-scorpine-like 1 / Hgscplike1 分子量: 4812.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadrurus gertschi (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0GY40
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	2	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	2	2D DQF-COSY
1	4	1	isotropic	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 3.0 mM HgeD, 95% H2O/5% D2O / Label: HgeD / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 3.0 mM / 構成要素: HgeD / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: Std_conditions / pH: 3.5 / 圧: 0.98 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	700	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	9	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.8	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.8	Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: chiral restrains added

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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