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- PDB-5ipf: Crystal structure of Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ipf
タイトルCrystal structure of Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase from Schistosoma mansoni in complex with IMP
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT)
キーワードTRANSFERASE / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding ...guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Romanello, L. / Torini, J.R.S. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / DeMarco, R. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14223-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474402/2013-4 ブラジル
引用ジャーナル: Mol. Biochem. Parasitol. / 年: 2019
タイトル: In vitro and in vivo characterization of the multiple isoforms of Schistosoma mansoni hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferases.
著者: Romanello, L. / Zeraik, A.E. / de Freitas Fernandes, A. / Torini, J.R. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Rada, H. / Reddivari, Y. / Owens, R.J. / Serrao, V.H.B. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.D.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT)
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT)
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT)
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3358
ポリマ－112,9424
非ポリマー1,3934
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.953, 117.957, 139.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT) / HGPRTase


分子量: 28235.527 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-249 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: HGPRT, Smp_103560 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BH
参照: UniProt: G4LWQ2, UniProt: P09383*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 % / 解説: small plates
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 100mM MES/imidazole pH 6.5 30mM magnesium chloride, 30mM calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60 Å / Num. obs: 24452 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 61.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.953.80.9321.4199.2
8.85-603.70.03229.9196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HMP

1hmp


解像度: 2.8→59.996 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1167 4.78 %Random selection
Rwork0.2317 ---
obs0.2344 24416 97.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.19 Å2 / Biso mean: 69.7105 Å2 / Biso min: 24.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→59.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5604 0 92 123 5819
Biso mean--74.83 68.05 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5447911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046944
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.833422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.92750.39561640.33072857302199
2.9275-3.08180.40231460.30392848299497
3.0818-3.27490.34941590.27982894305399
3.2749-3.52770.3061580.25272902306098
3.5277-3.88270.28911380.222900303898
3.8827-4.44440.21421350.19282899303497
4.4444-5.59880.26941300.19942934306496
5.5988-60.00990.28261370.23253015315295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1002-0.8712-1.10221.8304-0.12794.0747-0.12350.0128-0.09960.0447-0.0262-0.09660.31750.15440.13160.4092-0.06770.00260.2274-0.0710.4489-6.9256-0.5679-4.6828
22.3786-0.26990.5040.833-1.42062.41210.31310.54610.2401-0.0754-0.0651-0.2610.76090.8518-0.17180.84910.36290.09980.5982-0.05831.268711.6404-15.4437-3.135
33.10210.6375-1.35913.10660.36125.10690.2486-0.8457-0.59750.36480.0044-0.16530.69191.0645-0.15860.51970.0255-0.07110.5410.07430.4104-2.423-5.21036.4351
43.8776-0.90331.33674.5959-0.53821.8964-0.0995-0.9459-1.37130.65050.23091.03271.7153-0.6393-0.13640.8652-0.14430.19380.46980.13550.8768-20.3267-11.76513.9832
53.8733-0.29670.45741.4997-0.3813.1657-0.23330.45230.12690.03970.2021-0.0175-0.0426-0.37080.01270.3302-0.1152-0.00540.4151-0.01860.4956-26.61119.5519-13.1343
61.51621.8917-0.41262.61780.31442.9997-0.12360.06941.43670.0208-0.02930.5525-0.8053-0.51160.00590.52550.0329-0.0280.17760.01820.9593-28.319419.7077-9.0699
70.12360.1473-0.31420.1572-0.34680.7643-0.2880.3475-0.3879-0.45230.1212-0.25780.2640.33830.04921.1638-0.44480.43491.4776-0.67140.7583-6.3916-11.128-36.8021
81.4757-1.21490.76821.8384-0.27940.5388-0.18351.22120.0069-0.2674-0.1628-0.8544-0.01090.52630.26650.4346-0.25850.10011.1753-0.14490.6853.2117-1.8414-28.287
91.5729-0.11150.91070.0113-0.06160.5275-0.20710.5818-0.14480.02230.22190.59110.8688-0.4149-0.13140.8345-0.48190.25030.9576-0.37070.9277-18.8984-14.666-21.5794
105.107-0.86610.75020.1552-0.05252.42290.1432-0.2548-0.67760.06710.0595-0.01060.5024-0.2504-0.20030.7073-0.12150.09220.3544-0.17460.8387-15.3407-17.4698-11.2651
112.5431-1.2435-1.10973.71711.20133.2331-0.0937-0.0928-0.25240.37760.05910.22560.41920.04820.08070.9518-0.06390.28710.3182-0.26641.0855-7.7329-23.6284-19.0475
121.4060.17950.18510.0235-0.01091.0284-0.14670.0441-0.63290.8131-0.06490.71590.677700.22971.46340.29080.01510.5246-0.53091.3874-4.2136-32.2004-15.8432
130.9537-0.4915-1.1991.66320.85213.1646-0.29520.2241-0.7409-0.11870.0808-0.4130.90590.791-0.3180.8050.00340.21041.0867-0.68380.977-0.8099-16.2635-24.8415
147.14741.76061.55312.16270.81451.3016-0.4061.62110.0068-0.27610.4327-0.4795-0.05421.0379-0.04290.7457-0.414-0.00631.4849-0.28660.6239-9.8285-1.8995-40.6013
152.066-1.85750.16622.0859-0.61062.1779-0.02311.186-0.38560.16320.109-0.02770.0563-0.01630.04350.5396-0.30460.07961.0725-0.06190.4793-14.34212.3409-30.5049
161.32020.1077-0.39581.61080.18670.6795-0.07330.31071.02940.01150.20660.2389-0.36220.24940.04090.5032-0.4815-0.10210.77640.19220.612-12.734816.2159-24.4714
170.57320.3384-0.37620.7326-0.13150.26360.08730.14260.25390.00050.1053-0.0826-0.0516-0.0453-0.04510.3626-0.4698-0.08810.9670.3460.815-11.987521.772-21.711
181.21360.5878-0.39262.5966-0.9062.25450.2066-0.17880.1575-0.094-0.3753-0.6674-0.33280.21310.17450.5776-0.4335-0.0261.12040.37030.5208-15.067819.4034-35.4869
190.067-0.0683-0.28090.55840.14851.20980.0857-0.08580.07470.1646-0.077-0.0833-0.93380.1175-0.09970.6327-0.2340.01011.33550.55810.5932-17.664924.3756-41.3717
202.4210.2936-0.430.5109-0.38881.2685-0.0570.65750.84970.0452-0.00220.1309-0.61720.3412-0.30150.7267-0.5216-0.08611.1390.33210.6401-12.26119.7348-36.9768
211.14090.1276-1.42211.4386-0.02482.9863-0.27411.1661-0.068-0.65110.40730.15320.2923-1.0907-0.15810.8107-0.62660.02091.67490.32810.5871-8.889312.5794-43.458
220.31850.65870.03221.40160.09490.0718-0.11530.2760.0695-0.19760.01850.6160.039-0.3890.19550.5189-0.411-0.05651.4118-0.070.5761-21.22614.388-39.6708
230.28930.53680.10711.010.20040.0408-0.19520.609-0.0431-0.20180.1230.51230.0405-0.05390.0760.5455-0.49280.0781.3425-0.16850.6436-24.42370.0674-34.2173
241.34640.3389-0.70371.48740.76210.9960.03450.2453-0.2211-0.28510.05890.64450.1123-0.59850.07890.6402-0.2183-0.20481.989-0.3861.1431-33.8362-1.5574-43.3768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 106 )A8 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 134 )A107 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 204 )A135 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 205 through 224 )A205 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 146 )B8 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 147 through 223 )B147 - 223
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 9 through 21 )C9 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 22 through 41 )C22 - 41
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 42 through 62 )C42 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 63 through 134 )C63 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 135 through 146 )C135 - 146
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 147 through 158 )C147 - 158
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 159 through 224 )C159 - 224
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 8 through 21 )D8 - 21
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 22 through 62 )D22 - 62
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 63 through 94 )D63 - 94
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 95 through 106 )D95 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 107 through 146 )D107 - 146
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 147 through 156 )D147 - 156
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 157 through 172 )D157 - 172
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 173 through 186 )D173 - 186
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 187 through 204 )D187 - 204
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 205 through 215 )D205 - 215
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 216 through 224 )D216 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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