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万見
- PDB-5ip3: Tomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein-ssDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ip3
タイトルTomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein-ssDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Nucleoprotein
キーワードViral protein/DNA / Viral protein / nucleocapsid protein / Bunyavirus / Tospovirus / Viral protein-DNA complex
機能・相同性Tospovirus nucleocapsid protein / Tospovirus nucleocapsid protein / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / DNA / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Tomato spotted wilt virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Asymmetric Trimeric Ring Structure of the Nucleocapsid Protein of Tospovirus.
著者: Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2016年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年6月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 2.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
A: Nucleoprotein
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8486
ポリマ－99,8486
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.940, 86.457, 66.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)
21chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)
31chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)B2 - 23
121chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)B34 - 223
211chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)C2 - 23
221chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)C34 - 223
311chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)A2 - 23
321chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)A34 - 223

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 31502.514 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato spotted wilt virus (ウイルス)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) pRARE2 / 参照: UniProt: F4ZD19
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1476.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2084.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 25% (w/v) PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月25日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47 Å / Num. obs: 14540 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.58 % / Biso Wilson estimate: 99.92 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 17.11 / Num. measured all: 110284
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3-3.180.7880.9282.3817177232022730.99698
3.18-3.40.9290.4874.6516968219821940.52299.8
3.4-3.670.980.2638.1915921206120620.282100
3.67-4.020.9950.12414.9914505188818820.13399.7
4.02-4.490.9970.07822.913093171417090.08499.7
4.49-5.170.9980.0628.3411562153015250.06599.7
5.17-6.310.9980.05830.729583128912880.06299.9
6.31-8.850.9990.04238.937393101910150.04599.6
8.85-47.0350.9990.03845.140816045910.04197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
PHENIXdev_1426精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YBW

4ybw
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→37.753 Å / FOM work R set: 0.7153 / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2913 1069 7.36 %Random
Rwork0.2505 13465 --
obs0.2534 14534 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.56 Å2 / Biso mean: 105.19 Å2 / Biso min: 61.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→37.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 328 0 0 5994
残基数----751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9388243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5252349
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B3028X-RAY DIFFRACTION5.971TORSIONAL
12C3028X-RAY DIFFRACTION5.971TORSIONAL
13A3028X-RAY DIFFRACTION5.971TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3→3.134 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3994 145 -
Rwork0.3583 1612 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19320.5784-0.05060.6730.22893.7167-0.0156-0.0822-0.0710.0111-0.00060.12240.27040.2210.06060.90520.06970.05070.63520.1290.795320.418550.318155.3505
21.05820.80190.77870.68570.96334.9817-0.03030.2169-0.053-0.12220.12980.03190.33220.6643-0.18340.7548-0.00170.04340.7952-0.02350.919417.70948.900425.0566
32.81230.14441.31550.215-0.37064.0504-0.42370.08060.86030.12260.05680.2979-0.2862-0.91470.36670.9760.0154-0.08121.1216-0.06931.3573-5.751761.74640.3072
41.1642-0.19040.94290.4238-0.21620.7685-0.8526-0.9510.22160.36550.43110.3462-0.30850.13870.21341.6629-0.1736-0.12961.26930.20831.168615.455646.554833.5355
53.38310.62040.58046.17722.64457.1474-1.22540.8147-0.1077-1.28441.0912-0.6921-1.03420.35490.02111.78170.0137-0.14640.7055-0.07751.196712.330350.275450.4219
62.69321.30920.14723.18941.30030.65670.00570.70710.24640.59540.9246-0.77140.45330.5647-0.70481.2669-0.21820.05781.4402-0.28541.4856-4.180353.159836.8805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain BB4 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2chain CC2 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3chain AA3 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4chain EE1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION5chain DD1 - 5
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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