PDB-5ip1: Tomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ip1

タイトル

Tomato spotted wilt tospovirus nucleocapsid protein

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein / Bunyavirus / Tospovirus

機能・相同性

Tospovirus nucleocapsid protein / Tospovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein

機能・相同性情報

生物種

Tomato spotted wilt virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Asymmetric Trimeric Ring Structure of the Nucleocapsid Protein of Tospovirus.
著者: Komoda, K. / Narita, M. / Yamashita, K. / Tanaka, I. / Yao, M.

履歴

登録	2016年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ip1.cif.gz	307.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ip1.ent.gz	253 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ip1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ip1_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ip1_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	5ip1_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	5ip1_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ip1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/5ip1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ip2C 5ip3C 4ybx PDB 未公開エントリ 4yby PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j7i-1 3wkt-1 3wkt-2 5j5q-2 5ip2-d 6j79-1 6j7i-2 5zxm-d 3ujp-d 6j7a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.188, 95.960, 71.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)
2	1	chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)
3	1	chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PHE	PHE	chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)	A	A	2 - 23	23 - 44
1	2	PHE	PHE	ASN	ASN	chain A and (resid 2:23 or resid 34:223)	A	A	34 - 223	55 - 244
2	1	SER	SER	PHE	PHE	chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)	B	B	2 - 23	23 - 44
2	2	PHE	PHE	ASN	ASN	chain B and (resid 2:23 or resid 34:223)	B	B	34 - 223	55 - 244
3	1	SER	SER	PHE	PHE	chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)	C	C	2 - 23	23 - 44
3	2	PHE	PHE	ASN	ASN	chain C and (resid 2:23 or resid 34:223)	C	C	34 - 223	55 - 244

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein 分子量: 31971.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tomato spotted wilt virus (ウイルス) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) pRARE2 / 参照: UniProt: F4ZD19
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.83 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 25% (w/v) PEG 1000, 0.05M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97906 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月13日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97906 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→47.98 Å / Num. obs: 41185 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 61.57 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.5 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 157868

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.87	0.733	0.657	2.13	27467	7263	7154	0.763	98.5
2.87-3.06	0.894	0.386	3.67	26369	6733	6721	0.447	99.8
3.06-3.31	0.963	0.21	6.36	24607	6303	6281	0.243	99.7
3.31-3.62	0.982	0.138	9.13	17092	5796	4474	0.16	77.2
3.62-4.05	0.993	0.078	14.19	12356	5195	3366	0.091	64.8
4.05-4.67	0.993	0.061	19.2	17735	4646	4614	0.071	99.3
4.67-5.7	0.995	0.058	20.33	14646	3882	3861	0.067	99.5
5.7-8.01	0.995	0.055	21.48	11424	3068	3046	0.064	99.3
8.01-47.98	0.997	0.039	26.18	6172	1718	1668	0.046	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		data processing
PHENIX	dev_1426	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.703→35.193 Å / FOM work R set: 0.7964 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2552	2995	7.27 %	Random
R_work	0.2104	38176	-	-
obs	0.2136	41171	92.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 239.43 Å² / B_iso mean: 77.67 Å² / B_iso min: 31.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.703→35.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5965	0	0	0	5965
残基数	-	-	-	-	760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.783	8098
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.25	2324

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2914	X-RAY DIFFRACTION	12.354	TORSIONAL
1	2	B	2914	X-RAY DIFFRACTION	12.354	TORSIONAL
1	3	C	2914	X-RAY DIFFRACTION	12.354	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度: 2.7026→2.7469 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3797	115	-
R_work	0.3068	1961	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2752	0.6726	-0.0598	0.9163	-0.1126	1.1787	0.0823	0.1354	-0.0472	0.0029	-0.0799	0.1257	-0.0847	0.0188	-0.0144	0.3925	0.0195	0.0083	0.3645	-0.0293	0.3885	12.7428	48.2872	58.086
2	0.0339	0.2564	0.0086	0.0699	0.0785	1.167	0.0233	-0.0094	0.0301	-0.0257	0.0164	0.1629	0.0349	0.1292	-0.0184	0.2487	0.014	0.0086	0.3119	0.0105	0.3685	14.2974	49.9825	25.4993
3	0.3136	0.0733	-0.326	0.2954	0.4302	0.9688	0.0018	0.1002	0.0815	0.1133	-0.1573	0.3326	-0.0806	-0.416	0.1052	0.5644	0.0341	-0.022	0.4688	-0.0544	0.7594	-6.474	63.4289	38.3527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 247
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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