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万見
- PDB-5iot: Flavin-dependent thymidylate synthase R174A variant in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iot
タイトルFlavin-dependent thymidylate synthase R174A variant in complex with FAD and dUMP
要素Thymidylate synthase ThyX
キーワードTRANSFERASE / FAD-dependent / nucleotide biosynthesis / reductive methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTTP biosynthetic process / dTMP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #170 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bernard, S.M. / Stull, F.W. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1213620 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM081544 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Deprotonations in the Reaction of Flavin-Dependent Thymidylate Synthase.
著者: Stull, F.W. / Bernard, S.M. / Sapra, A. / Smith, J.L. / Zuiderweg, E.R. / Palfey, B.A.
履歴
登録2016年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase ThyX
B: Thymidylate synthase ThyX
C: Thymidylate synthase ThyX
D: Thymidylate synthase ThyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,04512
ポリマ－109,6704
非ポリマー4,3758
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23000 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.060, 115.860, 141.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA1 - 21613 - 228
21LYSLYSBB1 - 21613 - 228
12GLUGLUAA1 - 21713 - 229
22GLUGLUCC1 - 21713 - 229
13VALVALAA1 - 21813 - 230
23VALVALDD1 - 21813 - 230
14LYSLYSBB1 - 21613 - 228
24LYSLYSCC1 - 21613 - 228
15LEULEUBB1 - 21513 - 227
25LEULEUDD1 - 21513 - 227
16VALVALCC1 - 21813 - 230
26VALVALDD1 - 21813 - 230

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase ThyX / TSase


分子量: 27417.564 Da / 分子数: 4 / 変異: R174A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 40-50% PEG 200, 0-150 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月14日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→89.54 Å / Num. obs: 54863 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 8.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GT9

4gt9


解像度: 2→89.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.938 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21742 2753 5 %RANDOM
Rwork0.18277 ---
obs0.1845 52046 90.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2--1.9 Å2-0 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→89.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 292 263 7723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.99510466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.198316540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9325861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.45822.486366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.523151279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7371564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9553.2293456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9553.2293455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8414.8284313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8414.8294314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7063.5334239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7063.5334240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2995.1516154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.81226.7489429
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.77726.6719346
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A131570.1
12B131570.1
21A132440.1
22C132440.1
31A131840.1
32D131840.1
41B131240.11
42C131240.11
51B135170.1
52D135170.1
61C131770.11
62D131770.11
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 176 -
Rwork0.263 3598 -
obs--85.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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