PDB-5in9: Crystal structure of Grp94 bound to methyl 3-chloro-2-(2-(1-((5-c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5in9

タイトル

Crystal structure of Grp94 bound to methyl 3-chloro-2-(2-(1-((5-chlorofuran-2-yl)methyl)-1H-imidazol-2-yl)ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate, an inhibitor based on the BnIm and Radamide scaffolds.

要素

Endoplasmin

キーワード

CHAPERONE/INHIBITOR / cation-pi interaction / BnIm and Radamide scaffold-based inhibitor / ATP binding site / CHAPERONE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / unfolded protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E. / Kizziah, J.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Development of Glucose Regulated Protein 94-Selective Inhibitors Based on the BnIm and Radamide Scaffold.
著者: Crowley, V.M. / Khandelwal, A. / Mishra, S. / Stothert, A.R. / Huard, D.J. / Zhao, J. / Muth, A. / Duerfeldt, A.S. / Kizziah, J.L. / Lieberman, R.L. / Dickey, C.A. / Blagg, B.S.

履歴

登録	2016年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5in9.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5in9.ent.gz	159.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5in9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5in9_validation.pdf.gz	986.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5in9_full_validation.pdf.gz	999 KB	表示
XML形式データ	5in9_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	5in9_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5in9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/5in9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gfdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yt2-d 6whl-5 6asp-1 6asq-2 5ttz-2 6asp-2 6whl-9 1ysz-d 6whl-4 6aol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (13) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmin

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.020, 65.650, 95.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 分子量: 26187.615 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 69-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41148
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-6C0 / methyl 3-chloro-2-(2-{1-[(5-chlorofuran-2-yl)methyl]-1H-imidazol-2-yl}ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate / 2-[2-[1-(5-クロロフラン-2-イルメチル)-1H-イミダゾ-ル-2-イル]エチル]-3-クロロ-4,6-ジヒ(以下略) 分子量: 411.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆Cl₂N₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystals were grown in 35% PEG 400, 100 mM Tris pH 7.5, 120 mM magnesium chloride. Crystals were harvested and soaked in mother liquor containing 10 mM inhibitor. Glycerol was added and ...詳細: Crystals were grown in 35% PEG 400, 100 mM Tris pH 7.5, 120 mM magnesium chloride. Crystals were harvested and soaked in mother liquor containing 10 mM inhibitor. Glycerol was added and crystals were subsequently cryo-cooled with liquid nitrogen

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were grown in 35% PEG 400, 100 mM Tris pH 7.5, 120 mM magnesium chloride. Crystals were harvested and soaked in mother liquor containing 10 mM inhibitor. Glycerol was added and ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.9 Å / Num. obs: 16605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 22.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GFD

2gfd

解像度: 2.6→47.868 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	3210	9.96 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1827	32229	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3467	0	142	63	3672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3649
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.295	4896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.65	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6002-2.639	0.3181	156	0.2415	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.639-2.6802	0.3284	144	0.2232	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6802-2.7241	0.2757	139	0.2271	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7241-2.7711	0.2899	126	0.2055	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7711-2.8215	0.2796	128	0.2051	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8215-2.8757	0.2709	139	0.1986	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8757-2.9344	0.3307	144	0.1987	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9344-2.9982	0.2865	146	0.178	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9982-3.068	0.2782	136	0.1739	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.068-3.1447	0.2758	150	0.1679	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1447-3.2297	0.257	116	0.166	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2297-3.3247	0.2436	154	0.1566	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3247-3.432	0.2644	131	0.1555	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.432-3.5546	0.2321	146	0.1559	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5546-3.6969	0.2612	142	0.1604	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6969-3.8651	0.2305	150	0.1659	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8651-4.0687	0.2206	118	0.1523	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0687-4.3235	0.2289	154	0.1588	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3235-4.6571	0.2	146	0.1637	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6571-5.1252	0.2276	139	0.1721	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1252-5.8657	0.2684	145	0.2053	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8657-7.3858	0.2642	134	0.2035	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3858-47.8764	0.1941	127	0.1682	1258	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 49.9039 Å / Origin y: -129.3409 Å / Origin z: 118.9747 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2677 Å²	0.0096 Å²	0.0086 Å²	-	0.2684 Å²	-0.0114 Å²	-	-	0.3633 Å²
L	0.2616 °²	0.0266 °²	-0.0287 °²	-	0.9263 °²	-1.0944 °²	-	-	2.9892 °²
S	-0.0188 Å °	-0.077 Å °	-0.0083 Å °	-0.0168 Å °	0.0724 Å °	-0.06 Å °	-0.0343 Å °	-0.2047 Å °	-0.0622 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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