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万見
- PDB-5in5: Crystal Structure of GDP-mannose 4,6 dehydratase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5in5
タイトルCrystal Structure of GDP-mannose 4,6 dehydratase in complex with natural inhibitor GDP-Fucose
要素GDP-mannose 4,6 dehydratase
キーワードLYASE/INHIBITOR / GDP-mannose 4 / 6 dehydratase / fucosylation / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notch signaling pathway / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6 dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sickmier, E.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Facile Modulation of Antibody Fucosylation with Small Molecule Fucostatin Inhibitors and Cocrystal Structure with GDP-Mannose 4,6-Dehydratase.
著者: Allen, J.G. / Mujacic, M. / Frohn, M.J. / Pickrell, A.J. / Kodama, P. / Bagal, D. / San Miguel, T. / Sickmier, E.A. / Osgood, S. / Swietlow, A. / Li, V. / Jordan, J.B. / Kim, K.W. / Rousseau, ...著者: Allen, J.G. / Mujacic, M. / Frohn, M.J. / Pickrell, A.J. / Kodama, P. / Bagal, D. / San Miguel, T. / Sickmier, E.A. / Osgood, S. / Swietlow, A. / Li, V. / Jordan, J.B. / Kim, K.W. / Rousseau, A.C. / Kim, Y.J. / Caille, S. / Achmatowicz, M. / Thiel, O. / Fotsch, C.H. / Reddy, P. / McCarter, J.D.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose 4,6 dehydratase
B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
C: GDP-mannose 4,6 dehydratase
D: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,79717
ポリマ－166,6014
非ポリマー7,19613
水27,0951504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22710 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area45380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.137, 140.164, 86.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
GDP-mannose 4,6 dehydratase / GDP-D-mannose dehydratase / GMD


分子量: 41650.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60547, GDP-mannose 4,6-dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 1517分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH5.0, 10% PEG 6000, a final cryoprotectant containing 0.1 M MES pH5.0, 10% PEG6K, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 107619 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.658 / Net I/av σ(I): 13.331 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 388629
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.973.30.609191.3
1.97-2.053.40.446192.4
2.05-2.143.40.352193
2.14-2.253.50.274193.7
2.25-2.393.50.234194.3
2.39-2.583.60.191195.2
2.58-2.843.80.153196
2.84-3.253.90.106196.7
3.25-4.083.90.065197.6
4.08-203.80.052198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2142精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9→19.888 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 5383 5.01 %
Rwork0.1492 --
obs0.1516 107532 94.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.4 Å2 / Biso mean: 20.918 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→19.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11288 0 462 1504 13254
Biso mean--16.44 30.26 -
残基数----1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92516445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9936979
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.893-1.91450.32181420.27112948309081
1.9145-1.9370.29781910.24793220341191
1.937-1.96060.26331760.23093326350292
1.9606-1.98540.29251830.20663298348192
1.9854-2.01150.24761760.19133304348093
2.0115-2.0390.25551610.1893355351692
2.039-2.06810.24321780.18523303348192
2.0681-2.0990.24471680.1783383355193
2.099-2.13170.20791810.1693313349493
2.1317-2.16660.25022010.16783354355594
2.1666-2.2040.23021800.16963344352494
2.204-2.2440.22451700.15953400357094
2.244-2.28710.20451690.15813388355794
2.2871-2.33370.22251930.15553414360794
2.3337-2.38440.22731830.15893373355695
2.3844-2.43970.22981920.15583407359995
2.4397-2.50060.21351780.15033394357295
2.5006-2.56810.18991670.15493467363495
2.5681-2.64350.22051880.15393436362496
2.6435-2.72860.24091760.15163470364696
2.7286-2.82590.18641860.14833428361496
2.8259-2.93870.20311820.14473493367596
2.9387-3.0720.19771760.14263513368997
3.072-3.23330.19341930.14183479367297
3.2333-3.43490.1611520.13843557370997
3.4349-3.69860.18531760.1253535371198
3.6986-4.06790.16342050.12843505371098
4.0679-4.64990.142010.10933521372298
4.6499-5.83380.14971760.12883594377098
5.8338-19.88920.14511830.12983627381099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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