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- PDB-6q94: Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase (S156D) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q94
タイトルCrystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase (S156D) in complex with GDP-Man
要素GDP-mannose 4,6 dehydratase
キーワードLYASE / GDP-mannose 4 / 6 dehydratase / fucosylation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-L-fucose biosynthetic process / GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notch signaling pathway / extracellular exosome / identical protein binding ...GDP-L-fucose biosynthetic process / GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notch signaling pathway / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6 dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pfeiffer, M. / Krojer, T. / Johansson, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Nidetzky, B. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: A Parsimonious Mechanism of Sugar Dehydration by Human GDP-Mannose-4,6-dehydratase.
著者: Pfeiffer, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Nidetzky, B.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
A: GDP-mannose 4,6 dehydratase
C: GDP-mannose 4,6 dehydratase
D: GDP-mannose 4,6 dehydratase
E: GDP-mannose 4,6 dehydratase
F: GDP-mannose 4,6 dehydratase
G: GDP-mannose 4,6 dehydratase
H: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,71428
ポリマ－320,6768
非ポリマー11,03820
水724
1
B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
A: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子

B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
A: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,73312
ポリマ－160,3384
非ポリマー5,3958
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area20210 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area48650 Å2
手法PISA
2
C: GDP-mannose 4,6 dehydratase
D: GDP-mannose 4,6 dehydratase
E: GDP-mannose 4,6 dehydratase
F: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,85714
ポリマ－160,3384
非ポリマー5,51910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20760 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA
3
G: GDP-mannose 4,6 dehydratase
H: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子

G: GDP-mannose 4,6 dehydratase
H: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,98116
ポリマ－160,3384
非ポリマー5,64312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z+1/21
Buried area22080 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area47630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.620, 231.060, 383.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
GDP-mannose 4,6 dehydratase / GDP-D-mannose dehydratase / GMD


分子量: 40084.473 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60547, GDP-mannose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE


分子量: 605.341 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O16P2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→115.53 Å / Num. obs: 111281 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→115.53 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 5446 4.9 %
Rwork0.1863 --
obs0.1887 111161 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→115.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22128 0 648 4 22780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06631687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1413902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8230.923-0.59861.01320.74122.0356-0.0016-0.06590.3154-0.2407-0.00650.2369-0.6134-0.0514-0.01250.7778-0.00320.01290.46390.10680.63994.5505255.858-5.9538
20.3354-0.1266-0.0510.87360.5861.12820.02320.02120.0998-0.04250.1152-0.1948-0.14810.235-0.11970.6286-0.05030.02560.5250.04590.6322106.7205245.56590.262
30.812-0.296-0.18762.07661.51661.2820.0491-0.0310.1440.27430.3497-0.40860.09250.3668-0.32780.5836-0.0325-0.02840.5991-0.04420.7601114.6599253.406117.9075
43.5605-1.61240.053.60870.75563.25420.0092-0.16140.7874-0.43960.1166-0.6137-0.8780.2227-0.04190.8372-0.14160.08260.5475-0.06320.7832105.3084266.047813.8033
51.64680.18960.01810.97920.15130.79410.01140.04370.41010.02120.0237-0.0776-0.2810.0063-0.03140.6842-0.00450.03740.53510.03130.63881.0284247.643319.3092
61.28150.6347-0.31651.2473-0.35180.83140.2367-0.32790.20190.48790.3347-0.7043-0.20980.382-0.7740.7408-0.0614-0.02290.5396-0.08710.648786.5858248.894121.7311
70.76660.253-0.381.1987-0.37761.36720.0011-0.10640.14560.05950.04290.2534-0.1077-0.0779-0.0450.5884-0.00110.02390.51320.09580.642772.0475243.15127.8839
80.61440.7254-0.0661.54250.26060.17820.0249-0.08110.3249-0.1232-0.06680.3643-0.3626-0.07330.00560.79390.15360.00860.58830.14080.931964.1656262.2715-1.468
90.66890.5053-0.08410.5832-0.19550.22360.10380.02230.46060.0687-0.13660.3712-0.6355-0.5651-0.16150.76710.16590.03430.7550.10390.939759.4427247.37737.8867
105.38773.21340.71497.36550.02284.9740.5064-0.50050.80391.1718-0.34450.6489-0.609-0.2476-0.14940.82570.04680.09140.5499-0.03260.977373.105267.52739.9666
112.2793-0.945-0.5940.7262-0.41641.7407-0.1235-0.1418-0.58610.03320.1790.28020.1765-0.2746-0.0110.6668-0.19570.01160.71460.0510.641882.085279.906542.0655
120.95820.2117-0.53010.8846-0.43490.98350.0995-0.04750.15060.09380.06730.1656-0.1388-0.2154-0.14390.5973-0.09450.05620.67850.03510.623382.2757295.737348.79
131.3427-0.0224-1.43991.0234-0.72792.09880.1464-0.13770.23960.32960.24370.3422-0.333-0.3392-0.34040.7735-0.0760.16570.80450.02640.763970.61297.478762.4682
142.3778-2.20160.37439.4851-1.67123.4986-0.2959-0.5876-0.499-0.97721.20231.43930.7258-1.0698-0.89070.7833-0.23750.03181.01590.20550.725767.7208280.98961.9528
150.944-0.9102-0.01321.2415-0.75031.56530.4243-0.39250.17840.3184-0.1453-0.3215-0.81950.0363-0.02330.9976-0.37470.01820.8259-0.15960.7909114.5792319.975656.2013
160.7082-1.1338-0.12772.0473-0.44671.80570.4362-0.32090.48870.1905-0.6332-0.4325-0.06340.1550.05620.8744-0.32470.01020.7681-0.06220.8467120.4826311.303452.4684
171.1912-0.4504-0.48351.073-0.31831.09640.0945-0.26030.24910.3364-0.1286-0.0221-0.02170.2266-0.08090.6842-0.30440.0550.7227-0.0670.6204106.352305.975652.5382
180.97970.166-0.15180.5494-0.06710.78890.1491-0.24360.4810.2961-0.12280.1209-0.4732-0.0357-0.05680.8164-0.12450.16850.6364-0.0960.742894.414314.099651.6183
191.10970.2827-0.57520.9160.05421.1360.2133-0.02860.30740.4053-0.2009-0.0775-0.3593-0.058-0.00730.8136-0.18160.15370.60610.01690.9059107.801323.242840.0622
201.96020.0745-1.61251.2094-0.69572.91240.8555-0.13580.9870.7391-0.00560.3608-1.6662-0.0406-0.89011.084-0.18970.28850.6118-0.031.1813101.7169329.000740.5365
211.95420.9662-0.65971.8396-0.75310.99290.11690.41090.5716-0.02730.24440.3133-0.0717-0.6505-0.31570.6681-0.08570.09180.73250.21820.9915105.9941325.697917.4157
221.56160.3932-0.84660.2833-0.320.65850.4435-0.48170.65590.2845-0.15010.2497-0.9758-0.304-0.34891.1734-0.05530.24580.7797-0.01421.071796.7615326.446844.4261
234.84450.9196-0.47732.2363-0.24734.45840.7402-0.26541.58320.7545-0.3327-0.3502-1.26450.5012-0.35971.0739-0.30080.15920.7546-0.04211.0466118.3518329.143134.1694
242.2861-0.42670.93482.0047-0.67571.89650.1429-0.461-0.29490.40690.14570.40130.1065-0.1461-0.23050.7617-0.1746-0.00830.88080.05260.538495.7401277.151568.1071
251.1110.47070.071.0812-0.32191.36720.1068-0.2563-0.2580.2219-0.1526-0.14340.28870.16370.05270.6704-0.0867-0.05370.66190.07760.6114104.5743268.020653.4098
261.65460.81670.5981.5074-0.16721.77170.1112-0.5855-0.44350.1067-0.05190.04080.819-0.0263-0.12630.8256-0.0479-0.05870.62850.16390.6709101.2087258.791156.9833
272.7072-0.7895-0.25191.82440.61012.10880.0810.31450.5119-0.0013-0.0698-0.6936-0.24490.4332-0.05290.6377-0.11520.04120.70830.12570.7187120.6884300.825827.8743
281.67340.6789-0.62522.1986-0.55411.17480.2689-0.30510.08450.287-0.381-0.6996-0.01790.45660.10050.5268-0.1122-0.08270.72380.11060.771129.1517291.011842.6834
291.53771.90380.74842.40450.96881.6068-0.00850.0320.1187-0.0733-0.0795-0.70430.02270.72660.11250.6586-0.0045-0.06321.02510.23321.1186138.6335293.986439.3297
302.8562-0.61310.22411.2291-0.36851.86130.33080.4288-0.1197-0.24290.05910.22280.1005-0.5183-0.42010.7825-0.0120.00340.9605-0.01450.5721135.8255266.713476.7142
311.56320.2370.44961.08560.39522.29860.14530.0737-0.053-0.0368-0.06370.2034-0.1679-0.0216-0.08950.6440.03180.08370.7873-0.00020.4567144.2838272.651885.5266
321.77880.0116-0.01360.67470.45252.04730.2576-0.08010.1792-0.0258-0.07150.1214-0.3941-0.7111-0.02160.68660.11780.06841.05220.06160.6393125.0996278.357989.9941
331.8893-0.20380.60560.29130.16331.5916-0.0809-0.18520.2645-0.02940.02140.2046-0.2329-0.87590.01980.82840.18470.06781.1282-0.06020.6297121.5072283.749397.5732
341.55350.6408-0.41481.748-0.05190.1758-0.4123-0.34270.2243-0.18570.2009-0.0931-0.237-0.13790.13850.95750.16990.06570.88390.09390.6827136.0368288.635287.5686
355.42683.24890.09625.81510.07193.203-0.32680.8774-0.3084-1.0870.278-0.0127-0.2043-1.05040.05910.87480.15090.09131.22050.06440.659115.9695274.26986.3432
361.6815-0.08240.95871.56680.8261.64930.5107-0.1231-0.6033-0.037-0.0410.26160.7526-0.4364-0.06491.0656-0.2353-0.08671.09680.24230.8307126.9923247.3741103.6807
371.13030.30450.01191.15710.10010.8569-0.0037-0.185-0.3574-0.1905-0.09710.26530.2401-0.6015-0.04730.8648-0.1872-0.04351.15390.17850.7143128.7098256.7695100.6675
381.0225-0.01440.47381.5087-0.16642.29880.2487-0.0975-0.40040.06240.12230.09380.1856-0.0409-0.42140.8893-0.0881-0.12670.9050.08030.7462142.2672251.2833100.3515
391.90460.1142-0.48721.8076-0.44591.13630.3396-0.2603-0.9884-0.0051-0.08080.38040.6951-0.3167-0.18481.2564-0.1588-0.37140.78820.14051.1401145.2501237.270999.4049
401.4842-0.03140.64371.6955-0.9151.80960.3426-0.0522-0.6234-0.2148-0.05110.07310.6948-0.6079-0.35491.1602-0.104-0.35230.87890.00121.1715129.0978241.716283.5848
411.45580.0741-0.51741.1263-0.23820.23530.47640.148-0.9235-0.0188-0.04870.01350.58050.1584-0.33621.1888-0.1432-0.42890.88470.00231.2027129.1081234.615182.1355
420.36-0.36940.18670.6072-0.29860.13510.2985-0.1136-0.9130.46390.0289-0.13780.5427-0.1595-0.35281.3589-0.1992-0.37680.91080.09071.4111134.1053229.6493.66
433.8585-0.17510.16491.516-0.10353.1026-0.2309-0.1131-0.4739-0.22630.1488-0.1404-0.1927-0.78840.18911.1121-0.281-0.40831.18440.09661.1663117.5157243.201582.1117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 23 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 90 through 280 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 281 through 350 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 351 through 372 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 23 through 65 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 66 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 264 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 265 through 323 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 324 through 350 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 351 through 372 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 23 through 89 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 90 through 264 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 265 through 350 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 351 through 372 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 23 through 46 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 47 through 89 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 90 through 141 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 142 through 197 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 198 through 264 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 265 through 292 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 293 through 323 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 324 through 350 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 351 through 372 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 23 through 89 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 90 through 323 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 324 through 372 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 23 through 89 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 90 through 323 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 324 through 372 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 23 through 65 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 66 through 218 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 219 through 264 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 265 through 323 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 324 through 350 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 351 through 372 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 23 through 45 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 46 through 89 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 90 through 141 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 142 through 197 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 198 through 245 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 246 through 323 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 324 through 350 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 351 through 372 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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