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万見
- PDB-5in4: Crystal Structure of GDP-mannose 4,6 dehydratase bound to a GDP-f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5in4
タイトルCrystal Structure of GDP-mannose 4,6 dehydratase bound to a GDP-fucose based inhibitor
要素GDP-mannose 4,6 dehydratase
キーワードLYASE/INHIBITOR / GDP-mannose 4 / 6 dehydratase / antibody fucosylation / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notch signaling pathway / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6CK / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6 dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sickmier, E.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Facile Modulation of Antibody Fucosylation with Small Molecule Fucostatin Inhibitors and Cocrystal Structure with GDP-Mannose 4,6-Dehydratase.
著者: Allen, J.G. / Mujacic, M. / Frohn, M.J. / Pickrell, A.J. / Kodama, P. / Bagal, D. / San Miguel, T. / Sickmier, E.A. / Osgood, S. / Swietlow, A. / Li, V. / Jordan, J.B. / Kim, K.W. / Rousseau, ...著者: Allen, J.G. / Mujacic, M. / Frohn, M.J. / Pickrell, A.J. / Kodama, P. / Bagal, D. / San Miguel, T. / Sickmier, E.A. / Osgood, S. / Swietlow, A. / Li, V. / Jordan, J.B. / Kim, K.W. / Rousseau, A.C. / Kim, Y.J. / Caille, S. / Achmatowicz, M. / Thiel, O. / Fotsch, C.H. / Reddy, P. / McCarter, J.D.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose 4,6 dehydratase
B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
C: GDP-mannose 4,6 dehydratase
D: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,92016
ポリマ－166,6014
非ポリマー7,32012
水25,5811420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22450 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area45760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.028, 140.077, 85.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GDP-mannose 4,6 dehydratase / GDP-D-mannose dehydratase / GMD


分子量: 41650.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMDS / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: O60547, GDP-mannose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-6CK / [(2R,3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4R,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(trifluoromethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 643.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22F3N5O15P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium fluoride and 20% PEG 3350. The crystals were briefly transferred to a cryoprotectant consisting of 0.2 M potassium fluoride, 20% PEG 3350, and 20% glycerol and flash frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 184649 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.825 / Net I/av σ(I): 14.367 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 600654
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.662.60.525189.9
1.66-1.722.90.518197
1.72-1.83.20.442199.9
1.8-1.93.30.3161100
1.9-2.023.30.1941100
2.02-2.173.40.125199.9
2.17-2.393.40.089199.9
2.39-2.743.40.065199.9
2.74-3.453.40.049199.9
3.45-303.50.045199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2142精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.6→29.575 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1762 8630 4.97 %
Rwork0.1461 --
obs0.1476 173795 90.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.25 Å2 / Biso mean: 18.5988 Å2 / Biso min: 4.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→29.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11288 0 468 1420 13176
Biso mean--12.71 31.14 -
残基数----1408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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