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万見
- PDB-5imu: A fragment of conserved hypothetical protein Rv3899c (residues 18... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5imu
タイトルA fragment of conserved hypothetical protein Rv3899c (residues 184-410) from Mycobacterium tuberculosis
要素Tat (Twin-arginine translocation) pathway signal sequence containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha/beta/alpha sandwich / alpha helix bundule
機能・相同性Domain of unknown function DUF5632 / Protein of unknown function DUF5631 / Family of unknown function (DUF5631) / Family of unknown function (DUF5632) / extracellular region / : / Tat (Twin-arginine translocation) pathway signal sequence containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, D.F. / Gao, Y.R. / Liu, Y.Y. / Bi, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Rv3899c(184-410), a hypothetical protein from Mycobacterium tuberculosis
著者: Liu, Y.Y. / Gao, Y.R. / Li, D.F. / Fleming, J. / Li, H.L. / Bi, L.J.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tat (Twin-arginine translocation) pathway signal sequence containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2912
ポリマ－24,2511
非ポリマー391
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.155, 54.973, 75.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tat (Twin-arginine translocation) pathway signal sequence containing protein / Conserved hypothetical protein Rv3899c / Uncharacterized protein


分子量: 24251.449 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 184-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3899c, LH57_21230 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O05446
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M bis-tris (pH 5.5), 25% PEG 3350
PH範囲: 5.0-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.51 Å / Num. obs: 16973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→44.503 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 850 5.02 %
Rwork0.1595 --
obs0.1611 16928 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 1 348 1995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6162294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5561019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.01910.26481350.22412493X-RAY DIFFRACTION95
2.0191-2.1750.21171510.1762649X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.39380.23451230.15972696X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.74020.20541400.16922690X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-3.45210.17941270.15452736X-RAY DIFFRACTION100
3.4521-44.51530.15681740.14042814X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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