+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5imr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of ribosome bound to cofactor at 5.7 angstrom resolution | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME / EF4/LepA / translational GTPase factors / translocation / reverse | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...: / translation elongation factor activity / positive regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. SA20094389 (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, V. / Ero, R. / Jian, G.K. / Ahmed, T. / Zhan, Y. / Bhushan, S. / Gao, Y.G. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016 タイトル: Structure of the GTP Form of Elongation Factor 4 (EF4) Bound to the Ribosome. 著者: Veerendra Kumar / Rya Ero / Tofayel Ahmed / Kwok Jian Goh / Yin Zhan / Shashi Bhushan / Yong-Gui Gao / 要旨: Elongation factor 4 (EF4) is a member of the family of ribosome-dependent translational GTPase factors, along with elongation factor G and BPI-inducible protein A. Although EF4 is highly conserved in ...Elongation factor 4 (EF4) is a member of the family of ribosome-dependent translational GTPase factors, along with elongation factor G and BPI-inducible protein A. Although EF4 is highly conserved in bacterial, mitochondrial, and chloroplast genomes, its exact biological function remains controversial. Here we present the cryo-EM reconstitution of the GTP form of EF4 bound to the ribosome with P and E site tRNAs at 3.8-Å resolution. Interestingly, our structure reveals an unrotated ribosome rather than a clockwise-rotated ribosome, as observed in the presence of EF4-GDP and P site tRNA. In addition, we also observed a counterclockwise-rotated form of the above complex at 5.7-Å resolution. Taken together, our results shed light on the interactions formed between EF4, the ribosome, and the P site tRNA and illuminate the GTPase activation mechanism at previously unresolved detail. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5imr.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5imr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5imr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5imr_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5imr_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5imr_validation.xml.gz | 224.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5imr_validation.cif.gz | 391.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ADE45
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
---|---|
#23: RNA鎖 | 分子量: 940788.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
#24: RNA鎖 | 分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
#55: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. SA20094389 (サルモネラ菌) 参照: GenBank: 998643509 |
#56: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. SA20094389 (サルモネラ菌) 参照: GenBank: 998643509 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 FGHIJKLMNOPQRSTUVWXY
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P24321 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80382 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 Zabcdefghijklmnopqrstuvwxyz123
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 C
#22: タンパク質 | 分子量: 67690.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: lepA, TTHA0741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5SKA7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
---|---|
#57: 化合物 | ChemComp-GCP / |
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Buffer G 5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 22 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |