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- PDB-5imk: Nanobody targeting human Vsig4 in Spacegroup C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5imk
タイトルNanobody targeting human Vsig4 in Spacegroup C2
要素
  • Nanobody
  • V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody / Complement Receptor / Vsig4 CRIg
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, alternative pathway / negative regulation of macrophage activation / complement component C3b binding / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell proliferation / protein-containing complex / membrane
類似検索 - 分子機能
VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Camelidae (哺乳類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.227 Å
データ登録者Wen, Y.
引用ジャーナル: Immunobiology / 年: 2017
タイトル: Structural evaluation of a nanobody targeting complement receptor Vsig4 and its cross reactivity
著者: Wen, Y. / Ouyang, Z. / Schoonooghe, S. / Luo, S. / De Baetselier, P. / Lu, W. / Muyldermans, S. / Raes, G. / Zheng, F.
履歴
登録2016年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nanobody
A: V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2062
ポリマ－39,2062
非ポリマー00
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)126.791, 30.369, 84.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

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要素

#1: 抗体 Nanobody


分子量: 14599.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Protein Z39Ig


分子量: 24606.785 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 19-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIG4, CRIg, Z39IG, UNQ317/PRO362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y279
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH5.6, 20% 2-Propanol, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.227→42.011 Å / Num. obs: 74605 / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 11.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.227→42.011 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 2000 2.68 %
Rwork0.1716 --
obs0.172 74570 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.227→42.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 0 451 2361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2912654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.646707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.242281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2272-1.25790.29281370.27914819X-RAY DIFFRACTION92
1.2579-1.2920.26841170.2374474X-RAY DIFFRACTION87
1.292-1.330.21461560.20935256X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.37290.21961290.20015220X-RAY DIFFRACTION100
1.3729-1.4220.21151510.18965216X-RAY DIFFRACTION100
1.422-1.47890.19211460.18285212X-RAY DIFFRACTION100
1.4789-1.54620.19331430.17455243X-RAY DIFFRACTION100
1.5462-1.62770.18371410.16795268X-RAY DIFFRACTION100
1.6277-1.72970.21611400.16955234X-RAY DIFFRACTION100
1.7297-1.86330.18191530.17035276X-RAY DIFFRACTION100
1.8633-2.05080.17911470.15675257X-RAY DIFFRACTION100
2.0508-2.34750.17961410.1665320X-RAY DIFFRACTION100
2.3475-2.95750.18291520.17515295X-RAY DIFFRACTION100
2.9575-42.0360.16491470.15945480X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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