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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5img | ||||||
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タイトル | C9A mutant of C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis | ||||||
![]() | Dipeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / C69 family / cysteine dipeptidase / Ntn hydrolase / Lactobacillus farciminis / Gly-Pro | ||||||
機能・相同性 | : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kono, R. / Watanabe, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis; substrate recognition mechanism and autoproteolytic mechanism in enzyme maturation 著者: Kono, R. / Watanabe, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 848.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52872.277 Da / 分子数: 10 / 変異: C9A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KCTC 3681 = DSM 20184 / 遺伝子: FC68_GL001211 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.6 M 1,6-hexanediol, 19 mM CoCl2, 100 mM acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.844→40.526 Å / Num. obs: 449987 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.65 |
反射 シェル | 解像度: 1.844→1.86 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5IAU 解像度: 1.844→40.526 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.844→40.526 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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