PDB-5iau: A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iau

タイトル

A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis

要素

Dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / C69 family / cysteine dipeptidase / Ntn hydrolase / Lactobacillus farciminis / Gly-Pro

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.781 Å

データ登録者

Kono, R. / Watanabe, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis; substrate recognition mechanism and autoproteolytic mechanism in enzyme maturation
著者: Kono, R. / Watanabe, K.

履歴

登録	2016年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iau.cif.gz	510.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iau.ent.gz	417.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iau_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iau_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	5iau_validation.xml.gz	103.4 KB	表示
CIF形式データ	5iau_validation.cif.gz	156.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5imgC 5imhC 5inrC 5inxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xka-2 5nks-d 2xkb-9 5gj7-2 2xkb-8 4usu-d 2xka-1 2hrz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dipeptidase

B: Dipeptidase

C: Dipeptidase

D: Dipeptidase

E: Dipeptidase

ヘテロ分子

266 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	167.170, 182.281, 97.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Dipeptidase 分子量: 52904.344 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア) 遺伝子: FC68_GL001211 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R1IQH8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.8 M 1,6-hexanediol, 10 mM CoCl2, 100 mM acetate (pH 4.8)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.781→38.877 Å / Num. obs: 254496 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 5.41 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.781→38.877 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	12819	5.04 %
R_work	0.1522	-	-
obs	0.1537	254496	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.781→38.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18305	0	64	2715	21084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	25594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.87	6867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7811-1.8014	0.24	357	0.2102	7050	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8014-1.8226	0.249	438	0.1972	8074	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8226-1.8448	0.2589	451	0.1944	8018	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8448-1.8681	0.2245	418	0.1872	8002	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8681-1.8927	0.2341	468	0.185	8002	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8927-1.9186	0.2453	410	0.189	8069	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9186-1.9461	0.2188	428	0.1849	7985	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9461-1.9751	0.2094	452	0.1765	8016	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9751-2.006	0.2149	453	0.1753	8022	X-RAY DIFFRACTION	99
2.006-2.0388	0.2155	452	0.1746	7989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0388-2.074	0.2042	417	0.1676	8013	X-RAY DIFFRACTION	99
2.074-2.1117	0.2098	392	0.1696	8062	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1117-2.1523	0.1954	409	0.1619	8013	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1523-2.1963	0.1943	429	0.1644	8056	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1963-2.244	0.1889	406	0.1633	8068	X-RAY DIFFRACTION	99
2.244-2.2962	0.1942	423	0.159	8092	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2962-2.3536	0.2057	478	0.1606	8077	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3536-2.4172	0.188	449	0.1618	8067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4172-2.4884	0.1912	434	0.1597	8132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4884-2.5687	0.1953	426	0.1577	8180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5687-2.6604	0.1769	454	0.153	8040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6604-2.7669	0.1916	423	0.1554	8181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7669-2.8928	0.1799	419	0.1448	8158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8928-3.0453	0.1973	428	0.1501	8165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0453-3.236	0.1673	411	0.1473	8141	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.4857	0.1629	416	0.1443	8175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4857-3.8362	0.1512	413	0.1361	8188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8362-4.3907	0.1396	445	0.1214	8184	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3907-5.5292	0.139	426	0.1249	8176	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5292-38.8859	0.1461	394	0.1341	8282	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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