PDB-5imd: Xanthomonas campestris Peroxiredoxin Q - Structure F4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5imd

タイトル

Xanthomonas campestris Peroxiredoxin Q - Structure F4

要素

Bacterioferritin comigratory protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PrxQ / BCP / Peroxidase / redox

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution.
著者: Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Ogba, O.M. / Cheong, P.H. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2016年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5imd.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5imd.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5imd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/5imd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iizC 5im9C 5imaC 5imcC 5imfC 5imvC 5imzC 5inyC 5io0C 5io2C 5iowC 5ioxC 5ipgC 5iphC 3gkmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5imv-d 5iny-d 5imf-d 5imc-d 5ima-d 5imz-d 5jp4-d 6ff0-d 1gwn-2 2lr0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin comigratory protein

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.660, 51.510, 40.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bacterioferritin comigratory protein 分子量: 17226.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (バクテリア) 株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: XCC1738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8P9V9
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97648 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→25.75 Å / Num. obs: 46092 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	最高解像度: 1.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3gkm

3gkm

解像度: 1.16→21.152 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 17.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1719	2187	4.74 %
R_work	0.1436	-	-
obs	0.1449	46047	94.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→21.152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1196	0	6	306	1508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.692	1956
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.379	530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.02	263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.16-1.1732	0.2559	95	0.1986	1748	X-RAY DIFFRACTION	59
1.1732-1.187	0.2361	84	0.1892	1969	X-RAY DIFFRACTION	65
1.187-1.2015	0.2013	113	0.1828	2178	X-RAY DIFFRACTION	71
1.2015-1.2167	0.1988	100	0.1804	2288	X-RAY DIFFRACTION	75
1.2167-1.2327	0.2449	134	0.1891	2617	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2327-1.2496	0.2049	124	0.1885	2897	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2496-1.2674	0.217	172	0.2009	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2674-1.2864	0.239	148	0.2057	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2864-1.3065	0.2719	148	0.1829	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3065-1.3279	0.2638	162	0.1678	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3279-1.3508	0.1544	130	0.1509	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3508-1.3753	0.1766	151	0.1602	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3753-1.4018	0.1879	133	0.1402	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4018-1.4304	0.1738	143	0.1487	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4304-1.4615	0.199	146	0.1537	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4615-1.4955	0.1815	145	0.1486	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4955-1.5329	0.1954	151	0.14	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5329-1.5743	0.1355	135	0.1316	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5743-1.6206	0.1533	154	0.1258	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6206-1.6729	0.1939	157	0.1221	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6729-1.7326	0.155	171	0.1237	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7326-1.802	0.1495	137	0.1202	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8839	0.1619	166	0.1356	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8839-1.9832	0.1779	161	0.1535	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9832-2.1073	0.134	181	0.1138	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1073-2.2699	0.1668	151	0.1477	2991	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2699-2.498	0.1642	144	0.1257	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.8587	0.1494	182	0.1341	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8587-3.5988	0.1391	128	0.1273	3045	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5988-21.1559	0.1652	147	0.1439	2840	X-RAY DIFFRACTION	94

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)