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万見
- PDB-5ima: Xanthomonas campestris Peroxiredoxin Q - Structure F2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ima
タイトルXanthomonas campestris Peroxiredoxin Q - Structure F2
要素Bacterioferritin comigratory protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / PrxQ / BCP / Peroxidase / redox
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Peroxiredoxin Bcp
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Peroxiredoxin Catalysis at Atomic Resolution.
著者: Perkins, A. / Parsonage, D. / Nelson, K.J. / Ogba, O.M. / Cheong, P.H. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2016年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin comigratory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3265
ポリマ－17,2111
非ポリマー1154
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.600, 51.295, 40.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bacterioferritin comigratory protein


分子量: 17210.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (バクテリア)
株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: XCC1738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8P9V9
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→29.61 Å / Num. obs: 60848 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.531 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル最高解像度: 1.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gkm

3gkm


解像度: 1.04→29.61 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 12.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1354 2895 4.76 %Imported from 3gkm
Rwork0.1157 ---
obs0.1167 60848 90.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 6 286 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.021257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.04-1.05180.4008660.39891586X-RAY DIFFRACTION37
1.0518-1.06420.35741060.37631909X-RAY DIFFRACTION46
1.0642-1.07720.4151010.37232246X-RAY DIFFRACTION54
1.0772-1.09080.29121280.33492603X-RAY DIFFRACTION62
1.0908-1.10520.32911420.30982937X-RAY DIFFRACTION70
1.1052-1.12030.38181610.28773319X-RAY DIFFRACTION79
1.1203-1.13630.3281930.25163627X-RAY DIFFRACTION87
1.1363-1.15330.18482050.16034017X-RAY DIFFRACTION97
1.1533-1.17130.12712210.12234184X-RAY DIFFRACTION100
1.1713-1.19050.14652020.1094149X-RAY DIFFRACTION100
1.211-1.2330.12662060.09834163X-RAY DIFFRACTION99
1.2824-1.31030.1232020.08544214X-RAY DIFFRACTION100
1.453-1.49990.10332000.07844208X-RAY DIFFRACTION100
2.0355-2.24020.10372430.09794192X-RAY DIFFRACTION100
2.2402-2.56410.12282190.11264165X-RAY DIFFRACTION100
2.5641-3.22950.14691830.13114193X-RAY DIFFRACTION100
3.2295-25.65110.14612140.13893883X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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