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- PDB-3gkk: Insights into the Alkyl Peroxide Reduction Activity of Xanthomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gkk
タイトルInsights into the Alkyl Peroxide Reduction Activity of Xanthomonas campestris Bacterioferritin Comigratory Protein from the Trapped Intermediate/Ligand Complex Structures
要素Bacterioferritin comigratory protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Xanthomonas campestris / Bcp / Prx / Atypical 2-Cys
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Liao, S.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
著者: Liao, S.-J. / Yang, C.-Y. / Chin, K.-H. / Wang, A.H.-J. / Chou, S.-H.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin comigratory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7643
ポリマ－17,5721
非ポリマー1922
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.835, 54.646, 36.645
Angle α, β, γ (deg.)90, 108.23, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bacterioferritin comigratory protein


分子量: 17572.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: 17 / 遺伝子: BCP / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8P9V9, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2mM DTT, 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M NaCl, 0.1M CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13C110.97622
シンクロトロンSPring-8 BL12B220.96370, 0.97890
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年11月20日
ADSC QUANTUM 4r2CCD2008年8月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976221
20.96371
30.97891
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 11378 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 12.35
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 12.35 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.83→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 564 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 10795 93.1 %-
all-10795 --
原子変位パラメータBiso mean: 17.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1180 0 10 135 1325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004817
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32829
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / % reflection Rfree: 5 % / % reflection obs: 99.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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