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- PDB-5b1r: Crystal structure of mouse CD72a CTLD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b1r
タイトルCrystal structure of mouse CD72a CTLD
要素B-cell differentiation antigen CD72
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type lectin / B-cell
機能・相同性
機能・相同性情報


Other semaphorin interactions / transmembrane signaling receptor activity / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B-cell differentiation antigen CD72-like / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / B-cell differentiation antigen CD72
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Shinagawa, K. / Numoto, N. / Tsubata, T. / Ito, N.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2016
タイトル: CD72 negatively regulates B lymphocyte responses to the lupus-related endogenous toll-like receptor 7 ligand Sm/RNP
著者: Akatsu, C. / Shinagawa, K. / Numoto, N. / Liu, Z. / Ucar, A.K. / Aslam, M. / Phoon, S. / Adachi, T. / Furukawa, K. / Ito, N. / Tsubata, T.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell differentiation antigen CD72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3663
ポリマ－15,2151
非ポリマー1512
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.472, 65.472, 61.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 B-cell differentiation antigen CD72 / Lyb-2 / Lymphocyte antigen 32 / Ly-32


分子量: 15215.128 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 232-354 / 変異: C234S, C338S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd72, Ly-32, Ly32, Lyb-2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P21855
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細This sequence is based on GenBank entry AAA37237.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: imidazole, sodium acetate trihydrate, hexamine cobalt (III) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 46533 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FM5

1fm5


解像度: 1.2→26.936 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1479 2354 5.06 %
Rwork0.1284 --
obs0.1294 46487 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数985 0 10 170 1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081048
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2061406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.12399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2001-1.22460.22621500.20582596X-RAY DIFFRACTION100
1.2246-1.25120.24391430.18812567X-RAY DIFFRACTION100
1.2512-1.28030.20991420.17272586X-RAY DIFFRACTION100
1.2803-1.31230.15241370.16022607X-RAY DIFFRACTION100
1.3123-1.34780.15791390.14522566X-RAY DIFFRACTION100
1.3478-1.38740.16881550.12922584X-RAY DIFFRACTION100
1.3874-1.43220.15551420.12092592X-RAY DIFFRACTION100
1.4322-1.48340.13261280.10832595X-RAY DIFFRACTION100
1.4834-1.54280.13051300.09522618X-RAY DIFFRACTION100
1.5428-1.6130.11541260.09262598X-RAY DIFFRACTION100
1.613-1.6980.12291500.09952593X-RAY DIFFRACTION100
1.698-1.80440.11431500.10112587X-RAY DIFFRACTION100
1.8044-1.94370.13261370.10692595X-RAY DIFFRACTION100
1.9437-2.13920.14541380.10862620X-RAY DIFFRACTION100
2.1392-2.44860.14151280.1282612X-RAY DIFFRACTION100
2.4486-3.08420.16781190.14132643X-RAY DIFFRACTION100
3.0842-26.94230.14531400.1452574X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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