PDB-5ilt: Crystal structure of bovine Fab A01

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ilt

タイトル

Crystal structure of bovine Fab A01

要素

bovine Fab A01 heavy chain
bovine Fab A01 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fab ultralong CDR H3

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2016
タイトル: Conservation and diversity in the ultralong third heavy-chain complementarity-determining region of bovine antibodies.
著者: Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Smider, V.V.

履歴

登録	2016年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月14日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ilt.cif.gz	272.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ilt.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ilt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ilt_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ilt_full_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示
XML形式データ	5ilt_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5ilt_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/5ilt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e99C 5ihuC 5ijvC 4k3dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e99-d 5ihu-d 4k34-2 5gl7-d 4aei-1 4k7k-1 5tzt-2 5vig-1 6v7y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: bovine Fab A01 light chain

H: bovine Fab A01 heavy chain

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.490, 72.490, 87.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	bovine Fab A01 light chain 分子量: 22548.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	bovine Fab A01 heavy chain 分子量: 28862.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 20% PEG 6000 0.1M bicine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.422 Å / Num. obs: 31935 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 1.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4k3d

4k3d

解像度: 2→38.422 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2541	1883	5.9 %
R_work	0.2115	-	-
obs	0.214	31931	98.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.422 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3577	0	0	37	3614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.64	5039
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.066	2234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0541	0.3428	148	0.33	2277	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0541-2.1146	0.3799	143	0.3514	2304	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1146-2.1828	0.349	141	0.3385	2280	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1828-2.2608	0.3751	145	0.3254	2325	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2608-2.3513	0.3658	147	0.3079	2299	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3513-2.4583	0.3027	145	0.2656	2316	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4583-2.5879	0.2981	144	0.2522	2308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5879-2.75	0.2949	144	0.2373	2268	X-RAY DIFFRACTION	97
2.75-2.9623	0.2468	144	0.2248	2331	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9623-3.2602	0.2814	144	0.2154	2310	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2602-3.7317	0.2349	142	0.1962	2306	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7317-4.7002	0.2292	148	0.1644	2348	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7002-38.4291	0.1918	148	0.1634	2376	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2865	0.441	-0.1502	5.7183	0.4381	2.712	-0.0084	-0.0383	-0.2916	0.6851	0.0234	0.0281	0.4649	-0.1776	0.0075	0.5465	-0.1059	0.0017	0.4143	0.1142	0.3002	0.9025	-41.0597	30.7685
2	1.9184	0.3596	2.3521	1.9836	1.1533	4.0381	0.1159	-0.149	0.1205	0.074	-0.2494	0.1235	0.0512	-0.2054	0.0863	0.1759	-0.0506	0.1413	0.3638	0.0286	0.3294	-7.9239	-37.2049	10.7935
3	2.4777	-1.3982	-0.3725	7.0913	0.3538	6.6255	-0.1126	-0.0809	-0.1319	0.0551	-0.0775	0.1449	-0.0239	-0.1061	0.1896	0.1338	0.0167	-0.0114	0.2798	-0.0152	0.3933	-13.0572	-42.2534	-4.5887
4	1.4814	0.2729	1.1569	4.4637	-0.4386	5.9259	0.1567	-0.3198	0.094	0.4968	-0.1367	-0.0163	-0.4631	-0.062	0.0085	0.3071	-0.0524	0.0439	0.3153	0.0021	0.2339	-0.9763	-17.8539	26.4122
5	3.0169	0.2208	-0.0115	5.7571	-0.8202	4.6002	-0.0577	-0.5131	-0.7405	0.1874	-0.0732	-0.7891	-1.0245	-0.0784	-0.0188	1.1551	0.0186	-0.2557	0.8002	0.1241	0.9276	14.7108	-33.5752	59.3258
6	1.9393	0.2411	2.1509	3.1747	-0.7812	5.6318	0.1243	-0.2022	0.0242	0.2379	0.0105	-0.0418	0.4883	0.0535	-0.1609	0.2335	0.0618	0.0812	0.2898	-0.0136	0.246	1.234	-23.6185	26.8944
7	4.5627	-0.9402	0.8998	7.7662	-1.271	6.833	-0.1761	0.0328	-0.4676	0.4457	-0.0049	0.6421	0.1937	-0.4029	0.1546	0.3067	-0.0029	0.0996	0.2257	-0.0263	0.4109	-22.2385	-30.4288	3.2848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 3 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 92 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 129 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 101 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 142 through 172 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 173 through 268 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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